Titre :	Sélection et caractérisation des souches de rhizobia isolées de Retama monosperma (L.) Boiss. à haute capacité de nodulation
Type de document :	document électronique
Auteurs :	HANNANE Fatima Zohra, Auteur
Année de publication :	2017
Importance :	861 p.
Accompagnement :	CD
Langues :	Français (fre)
Catégories :	Biotechnologie :PRODUCTIONS ET VALORISATIONS VEGETALES ET MICROBIENNES
Mots-clés :	Retama monosperma (L.) Boiss., Bradyrhizobium, Symbiose, Nodules racinaires, Fixation d’N2, Légumineuses endémiques, Algérie Retama monosperma (L.) Boiss., Bradyrhizobium, Symbiosis, Root nodules, Nitrogen fixation, Endemic legumes, Algeria
Résumé :	Les espèces du genre Retama sont considérées comme l'un des arbustes légumineux endémiques du bassin méditerranéen. Ils jouent un rôle important dans le cycle de l'azote et par conséquent peuvent être utilisés comme des bio-fertilisants pour restaurer, améliorer et augmenter la qualité des sols dégradés. L’établissement et la croissance de ces plantes sont favorisés par une symbiose efficace avec de multiples espèces de rhizobium. Il a été prouvé que le genre Bradyrhizobium est la bactérie la plus dominante qui entre en association symbiotique avec les différentes espèces du genre Retama. Mais, les recherches restent insuffisantes concernant les conditions climatiques, les propriétés du sol, la répartition géographique et leur influence sur la biodiversité des deux partenaires et sur la symbiose Retama- rhizobium. Dans ce contexte, nous avons entrepris une étude sur le plan phénotypique, symbiotique et extraction d’ADN bactérien d’isolats de R. monosperma prélevés de 4 sites au Nord ouest de l’Algérie (Cap falcon, Bousfer, Mers El Hadjadj et Ghazaouet). Les résultats de cette étude montrent que toutes les souches présentent une croissance très lente dans un milieu YMA, en formant des colonies de moins de 1 mm de diamètre après sept jours d’incubation. Catalase, oxydase et uréase ont été positifs, 3-cétolactose a été négatif. Toutes les souches résistent à un pH alcalin allant jusqu'à 9 et une salinité égale à 2% de NaCl. Elles se développent entre 14 °C et 30 °C avec une croissance optimale à 28 °C, ceci est lié à leur lieu de présence (dunes de sable marin à climat méditerranéen). Les souches utilisent le D-glucose et le D-galactose comme source de carbone d'une part et la L-leucine, la L-tyrosine en tant que source d'azote d'autre part. Les tests de nodulation effectués ont montré que le poids sec total de la plante pourrait aller jusqu'à 1.7g par plante et le nombre maximum de nodules était égal à 5.6 nodules par plante pour la souche RMB1 du site Bousfer. Le niveau de résistance intrinsèque des souches aux 9 antibiotiques a été testé. Elles ont montré une variabilité de résistance à la spectinomycine (10μgml -1), l’érythromycine (15μgml -1), la Rifampicine (30μgml -1), la streptomycine (500μgml -1), la kanamycine (30μgml -1), l'acide Naldixique (30μgml -1), la pénicilline (6μgml -1) et à la tetracycline (30μgml -1) à l'exception de la gentamycine (500μgml -1). Les résultats d’électrophorèse sur gel d'agarose à 0.7% ont montré la présence de chromosomes et l'absence de plasmide. Retama species are considered as one of the endemic leguminous shrubs of the Mediterranean basin. They play an important role in nitrogen cycle and consequently can be used as biofertilizers to restore, improve and increase the degraded soil quality. The establishment and growth of these plants is facilitated by an effective symbiosis with multiple rhizobia species. It has been proven that the Bradyrhizobium genus is the most dominant bacteria having a symbiotic association with different Retama species. However, researches remain insufficient concerning the climatic conditions, soil properties and geographical distribution and their influence on biodiversity and Retama- rhizobia symbiosis. In this paper, we have introduced a preliminary characterization of six slow growing rhizobial strains, isolated from Retama monosperma (L.) Boiss. root nodules sampled from 4 sites along the coast of Oran (Cape Falcon, Bousfer and Mers El Hadjadj and Ghazaouete) in Northwestern Algeria. Results of this study showed that all strains have a very slow growth rate in YM agar medium, forming colonies less than 1 mm in diameter after seven day incubation. Catalase, oxidase and urease were positive, 3-ketolactose was negative. All strains resist to alkaline pH up to 9 and salinity equal to 2 % (w/v) NaCl. They grew from 14°C to 30°C with optimum growth at 28°C which is related to their place of presence (marine sand dunes Mediterranean climate). The strains used are, on the one hand D-glucose and D-galactose as carbon source and on the other hand L-leucine, L-tyrosine as nitrogen source. The nodulation tests performed pointed out that the total dry weight of the plant could go up to 1.7g per plant and the maximum number of nodules was equal to 5.6 nodules per plant for the strain RMB1 from Bousfer site. The intrinsic antibiotic resistance level in all strains was tested against nine antibiotics; they revealed a variability of resistance against Spectinomycin (10µgml^(-1)), Erythromycin (15µgml^(-1)), Rifampicin (30µgml^(-1)), Streptomycin (500µgml^(-1)), Kanamycin (30µgml^(-1)), Naldixic acid (30µgml^(-1)), Penicillin (6µgml^(-1)) and Tetracycline (30µgml^(-1)) except for Gentamycin (500µgml^(-1)). The results of electrophoresis on 0.7 % agarose gel showed the presence of chromosomal DNA and absence of plasmids.
Directeur de thèse :	KACEM Mourad

Sélection et caractérisation des souches de rhizobia isolées de Retama monosperma (L.) Boiss. à haute capacité de nodulation [document électronique] / HANNANE Fatima Zohra, Auteur . - 2017 . - 861 p. + CD.
Langues : Français (fre)

Catégories :	Biotechnologie :PRODUCTIONS ET VALORISATIONS VEGETALES ET MICROBIENNES
Mots-clés :	Retama monosperma (L.) Boiss., Bradyrhizobium, Symbiose, Nodules racinaires, Fixation d’N2, Légumineuses endémiques, Algérie Retama monosperma (L.) Boiss., Bradyrhizobium, Symbiosis, Root nodules, Nitrogen fixation, Endemic legumes, Algeria
Résumé :	Les espèces du genre Retama sont considérées comme l'un des arbustes légumineux endémiques du bassin méditerranéen. Ils jouent un rôle important dans le cycle de l'azote et par conséquent peuvent être utilisés comme des bio-fertilisants pour restaurer, améliorer et augmenter la qualité des sols dégradés. L’établissement et la croissance de ces plantes sont favorisés par une symbiose efficace avec de multiples espèces de rhizobium. Il a été prouvé que le genre Bradyrhizobium est la bactérie la plus dominante qui entre en association symbiotique avec les différentes espèces du genre Retama. Mais, les recherches restent insuffisantes concernant les conditions climatiques, les propriétés du sol, la répartition géographique et leur influence sur la biodiversité des deux partenaires et sur la symbiose Retama- rhizobium. Dans ce contexte, nous avons entrepris une étude sur le plan phénotypique, symbiotique et extraction d’ADN bactérien d’isolats de R. monosperma prélevés de 4 sites au Nord ouest de l’Algérie (Cap falcon, Bousfer, Mers El Hadjadj et Ghazaouet). Les résultats de cette étude montrent que toutes les souches présentent une croissance très lente dans un milieu YMA, en formant des colonies de moins de 1 mm de diamètre après sept jours d’incubation. Catalase, oxydase et uréase ont été positifs, 3-cétolactose a été négatif. Toutes les souches résistent à un pH alcalin allant jusqu'à 9 et une salinité égale à 2% de NaCl. Elles se développent entre 14 °C et 30 °C avec une croissance optimale à 28 °C, ceci est lié à leur lieu de présence (dunes de sable marin à climat méditerranéen). Les souches utilisent le D-glucose et le D-galactose comme source de carbone d'une part et la L-leucine, la L-tyrosine en tant que source d'azote d'autre part. Les tests de nodulation effectués ont montré que le poids sec total de la plante pourrait aller jusqu'à 1.7g par plante et le nombre maximum de nodules était égal à 5.6 nodules par plante pour la souche RMB1 du site Bousfer. Le niveau de résistance intrinsèque des souches aux 9 antibiotiques a été testé. Elles ont montré une variabilité de résistance à la spectinomycine (10μgml -1), l’érythromycine (15μgml -1), la Rifampicine (30μgml -1), la streptomycine (500μgml -1), la kanamycine (30μgml -1), l'acide Naldixique (30μgml -1), la pénicilline (6μgml -1) et à la tetracycline (30μgml -1) à l'exception de la gentamycine (500μgml -1). Les résultats d’électrophorèse sur gel d'agarose à 0.7% ont montré la présence de chromosomes et l'absence de plasmide. Retama species are considered as one of the endemic leguminous shrubs of the Mediterranean basin. They play an important role in nitrogen cycle and consequently can be used as biofertilizers to restore, improve and increase the degraded soil quality. The establishment and growth of these plants is facilitated by an effective symbiosis with multiple rhizobia species. It has been proven that the Bradyrhizobium genus is the most dominant bacteria having a symbiotic association with different Retama species. However, researches remain insufficient concerning the climatic conditions, soil properties and geographical distribution and their influence on biodiversity and Retama- rhizobia symbiosis. In this paper, we have introduced a preliminary characterization of six slow growing rhizobial strains, isolated from Retama monosperma (L.) Boiss. root nodules sampled from 4 sites along the coast of Oran (Cape Falcon, Bousfer and Mers El Hadjadj and Ghazaouete) in Northwestern Algeria. Results of this study showed that all strains have a very slow growth rate in YM agar medium, forming colonies less than 1 mm in diameter after seven day incubation. Catalase, oxidase and urease were positive, 3-ketolactose was negative. All strains resist to alkaline pH up to 9 and salinity equal to 2 % (w/v) NaCl. They grew from 14°C to 30°C with optimum growth at 28°C which is related to their place of presence (marine sand dunes Mediterranean climate). The strains used are, on the one hand D-glucose and D-galactose as carbon source and on the other hand L-leucine, L-tyrosine as nitrogen source. The nodulation tests performed pointed out that the total dry weight of the plant could go up to 1.7g per plant and the maximum number of nodules was equal to 5.6 nodules per plant for the strain RMB1 from Bousfer site. The intrinsic antibiotic resistance level in all strains was tested against nine antibiotics; they revealed a variability of resistance against Spectinomycin (10µgml^(-1)), Erythromycin (15µgml^(-1)), Rifampicin (30µgml^(-1)), Streptomycin (500µgml^(-1)), Kanamycin (30µgml^(-1)), Naldixic acid (30µgml^(-1)), Penicillin (6µgml^(-1)) and Tetracycline (30µgml^(-1)) except for Gentamycin (500µgml^(-1)). The results of electrophoresis on 0.7 % agarose gel showed the presence of chromosomal DNA and absence of plasmids.
Directeur de thèse :	KACEM Mourad