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Contribution à l’étude théorique de la Streptomycine, agent de lutte contre le Feu Bactérien (Erwinia amylovora) / Abderrahim BEDDOUR 

Public ISBD Titre : Contribution à l’étude théorique de la Streptomycine, agent de lutte contre le Feu Bactérien (Erwinia amylovora) Type de document : texte imprimé Auteurs : Abderrahim BEDDOUR, Auteur Année de publication : 2014 Importance : 100p. Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :Cytochimie, modélisation et simulation des macromolécules à intérêt médical et agronomique Mots-clés : Feu bactérien, Erwinia amylovora, streptomycine, optimisation géométrique et énergétique, étude électronique, HOMO/LUMO, DFT, B3LYP Fire blight, Erwinia amylovora, streptomycin, geometric and energy optimization, electronics study. HOMO/LUMO, DFT, B3LYP اللفحة النا رية، amylovora Erwinia ،الستربتوميسين، التركيبة الهندسية والطاقوية االمثلى ،الدراسة . B3LYP.DFT. HOMO/LUMO. ،اإللكتروني Résumé : Le feu bactérien est une bactériose provoquée par la l’entérobactérie Erwinia amylovora, La lutte contre le feu bactérien, comme toute lutte contre des organismes de quarantaine, se fait d’une part sur les mesures préventives et d’autre part sur l’assainissement des foyers contaminés ; on utilise dans certains pays des antibiotiques, notamment la streptomycine, pour combattre cette maladie. L’efficacité de la streptomycine contre le feu bactérien se situe entre 70 et 90 %. Dans des essais comparatifs, elle a présenté systématiquement une efficacité supérieure à celle des autres produits phytosanitaire autorisés. La streptomycine est donc en ce moment le moyen le plus efficace de lutte contre le feu bactérien. Dans ce travail, nous avons contribué à l’étude théorique de la streptomycine, en exploitant le progrès de la chimie théorique dite computationnelle, avec une approche ab-initio de modélisation moléculaire. Avec l’utilisation du logiciel de chimie quantique Gaussian09, nous avons réalisés une série de calculs d’optimisation géométriques et énergétique avec la méthode DFT. Afin d’apporter des réponses sur la meilleure fonctionnelle pour l’étude théorique de la molécule, nous avons utilisé plusieurs fonctionnelles de calcul à savoir la B3LYP, la B3PW91 et la MPW1PW91. Ainsi nous avons exploité les données énergétiques et structurales pour étudier la stabilité de la streptomycine et son comportement, dans les conditions d’usage, à savoir dans le vide et dans le solvant (Eau). Pour cela en plus des calculs réalisés sur la forme neutre de la molécule, des calculs sur les formes de protonation de la streptomycine ont été réalisés, sous vide et dans l’eau en utilisant le modèle CPCM de solvatation, en vue d’étudier la structure électronique des orbitales moléculaire frontières HOMO/LUMO pour mieux expliquer le comportement de la molécule. Fire blight is a bacterial disease caused by the bacterium Erwinia amylovora. The struggle against fire blight, as any struggle against quarantine pests, gets a hand on preventive measures and secondly on the remediation of contaminated homes. In some countries, they use antibiotics, especially streptomycin, to struggle this disease. The effectiveness of streptomycin against fire blight is between 70 and 90%. In comparative tests, streptomycin has systematically shown superior efficacy to the other authorized phytosanitary products. Streptomycin is currently the most effective way to struggle against fire blight. In this work, we contribute to the theoretical study of streptomycin, exploiting advances in theoretical chemistry, called computational chemistry, with an ab-initio approach of molecular modeling. Using Gaussian09 software of quantum chemistry, we have realized series of geometric and energy optimization calculations with the DFT method. In order to know the best functional of calculation for the theoretical study of this molecule. We used several functional of calculation, namely B3LYP, B3PW91 and the MPW1PW91. So we used the energy and structural data to study the stability and behavior of streptomycin, in the conditions of use, namely in vacuum and in solvent (water). For this, beyond calculations performed on the neutral form of the molecule, calculations on the protonations forms of streptomycin were performed in vacuum and in water using the CPCM solvate model, to study the electronic structure of borders molecular orbitals (HOMO/ LUMO) to better explain the behavior of the molecule. اللفحة النارية هو مرض نباتي تسببه البكتيريا amylovora Erwinia ،مكافحة اللفحة النارية تتطلب اتخاذ تدابير وقائية وأيضا محاربة البكتيريا المسببة للمرض؛ لمكافحة هذا المرض يستخدم في بعض البلدان المضادات الحيوية ، بما في ذلك الستربتوميسين. أوضحت تجارب فعالية الستربتوميسين ما بين 07 و 07 .٪مقارنة مع مواد أخرى، فقد قدمت الستربتومسين كفاءة أعلى و تعتبر الطريقة األكثر فعالية لمكافحة اللفحة النارية. في هذا العمل، قدمنا مساهمة للدراسة النظرية للستربتوميسين، باستغالل تطورات الكيمياء النظرية و باالعتماد على الكمياء الكمية مع انتهاج النمذجة الجزيئية inito-ab. باستخدام برمجيات Gaussian09 للكمياء الكمية، حققنا سلسلة من العمليات الحسابية األمثل لهندسية وطاقة الجزيئة, بطريقة DFT( نظرية الكثافة الوظيفية(. لتقديم إجابات حول أفضل وظيفية للدراسة النظرية للجزيء. استخدمنا عدة حسابات وظيفية وهي B3LYP ،B3PW91 وMPW1PW91 .بذلك استخدمنا بيانات الطاقة والهيكلية لدراسة استقرار الستربتوميسين وسلوكها في ظل ظروف عملها، أي في الفراغ والمذيب )الماء(. باألضافة للعمليات الحسابية التي أجريت على الستربتوميسين على الشكل المحايد، أجريت الحسابات على األشكال البروتونية الشاردية من الستربتوميسين في الفراغ و في الماء ,باستخدام نموذج لالنذياب CPCM ، لدراسة التركيبة االلكترونية للمدارات الحدودية للجزيئية LUMO/HOMO; و كل هدا لفهم أفضل لسلوك جزيئ الستربتومسين. Directeur de thèse : TCHOUAR ,Noureddine Contribution à l’étude théorique de la Streptomycine, agent de lutte contre le Feu Bactérien (Erwinia amylovora) [texte imprimé] / Abderrahim BEDDOUR, Auteur . - 2014 . - 100p. Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :Cytochimie, modélisation et simulation des macromolécules à intérêt médical et agronomique Mots-clés : Feu bactérien, Erwinia amylovora, streptomycine, optimisation géométrique et énergétique, étude électronique, HOMO/LUMO, DFT, B3LYP Fire blight, Erwinia amylovora, streptomycin, geometric and energy optimization, electronics study. HOMO/LUMO, DFT, B3LYP اللفحة النا رية، amylovora Erwinia ،الستربتوميسين، التركيبة الهندسية والطاقوية االمثلى ،الدراسة . B3LYP.DFT. HOMO/LUMO. ،اإللكتروني Résumé : Le feu bactérien est une bactériose provoquée par la l’entérobactérie Erwinia amylovora, La lutte contre le feu bactérien, comme toute lutte contre des organismes de quarantaine, se fait d’une part sur les mesures préventives et d’autre part sur l’assainissement des foyers contaminés ; on utilise dans certains pays des antibiotiques, notamment la streptomycine, pour combattre cette maladie. L’efficacité de la streptomycine contre le feu bactérien se situe entre 70 et 90 %. Dans des essais comparatifs, elle a présenté systématiquement une efficacité supérieure à celle des autres produits phytosanitaire autorisés. La streptomycine est donc en ce moment le moyen le plus efficace de lutte contre le feu bactérien. Dans ce travail, nous avons contribué à l’étude théorique de la streptomycine, en exploitant le progrès de la chimie théorique dite computationnelle, avec une approche ab-initio de modélisation moléculaire. Avec l’utilisation du logiciel de chimie quantique Gaussian09, nous avons réalisés une série de calculs d’optimisation géométriques et énergétique avec la méthode DFT. Afin d’apporter des réponses sur la meilleure fonctionnelle pour l’étude théorique de la molécule, nous avons utilisé plusieurs fonctionnelles de calcul à savoir la B3LYP, la B3PW91 et la MPW1PW91. Ainsi nous avons exploité les données énergétiques et structurales pour étudier la stabilité de la streptomycine et son comportement, dans les conditions d’usage, à savoir dans le vide et dans le solvant (Eau). Pour cela en plus des calculs réalisés sur la forme neutre de la molécule, des calculs sur les formes de protonation de la streptomycine ont été réalisés, sous vide et dans l’eau en utilisant le modèle CPCM de solvatation, en vue d’étudier la structure électronique des orbitales moléculaire frontières HOMO/LUMO pour mieux expliquer le comportement de la molécule. Fire blight is a bacterial disease caused by the bacterium Erwinia amylovora. The struggle against fire blight, as any struggle against quarantine pests, gets a hand on preventive measures and secondly on the remediation of contaminated homes. In some countries, they use antibiotics, especially streptomycin, to struggle this disease. The effectiveness of streptomycin against fire blight is between 70 and 90%. In comparative tests, streptomycin has systematically shown superior efficacy to the other authorized phytosanitary products. Streptomycin is currently the most effective way to struggle against fire blight. In this work, we contribute to the theoretical study of streptomycin, exploiting advances in theoretical chemistry, called computational chemistry, with an ab-initio approach of molecular modeling. Using Gaussian09 software of quantum chemistry, we have realized series of geometric and energy optimization calculations with the DFT method. In order to know the best functional of calculation for the theoretical study of this molecule. We used several functional of calculation, namely B3LYP, B3PW91 and the MPW1PW91. So we used the energy and structural data to study the stability and behavior of streptomycin, in the conditions of use, namely in vacuum and in solvent (water). For this, beyond calculations performed on the neutral form of the molecule, calculations on the protonations forms of streptomycin were performed in vacuum and in water using the CPCM solvate model, to study the electronic structure of borders molecular orbitals (HOMO/ LUMO) to better explain the behavior of the molecule. اللفحة النارية هو مرض نباتي تسببه البكتيريا amylovora Erwinia ،مكافحة اللفحة النارية تتطلب اتخاذ تدابير وقائية وأيضا محاربة البكتيريا المسببة للمرض؛ لمكافحة هذا المرض يستخدم في بعض البلدان المضادات الحيوية ، بما في ذلك الستربتوميسين. أوضحت تجارب فعالية الستربتوميسين ما بين 07 و 07 .٪مقارنة مع مواد أخرى، فقد قدمت الستربتومسين كفاءة أعلى و تعتبر الطريقة األكثر فعالية لمكافحة اللفحة النارية. في هذا العمل، قدمنا مساهمة للدراسة النظرية للستربتوميسين، باستغالل تطورات الكيمياء النظرية و باالعتماد على الكمياء الكمية مع انتهاج النمذجة الجزيئية inito-ab. باستخدام برمجيات Gaussian09 للكمياء الكمية، حققنا سلسلة من العمليات الحسابية األمثل لهندسية وطاقة الجزيئة, بطريقة DFT( نظرية الكثافة الوظيفية(. لتقديم إجابات حول أفضل وظيفية للدراسة النظرية للجزيء. استخدمنا عدة حسابات وظيفية وهي B3LYP ،B3PW91 وMPW1PW91 .بذلك استخدمنا بيانات الطاقة والهيكلية لدراسة استقرار الستربتوميسين وسلوكها في ظل ظروف عملها، أي في الفراغ والمذيب )الماء(. باألضافة للعمليات الحسابية التي أجريت على الستربتوميسين على الشكل المحايد، أجريت الحسابات على األشكال البروتونية الشاردية من الستربتوميسين في الفراغ و في الماء ,باستخدام نموذج لالنذياب CPCM ، لدراسة التركيبة االلكترونية للمدارات الحدودية للجزيئية LUMO/HOMO; و كل هدا لفهم أفضل لسلوك جزيئ الستربتومسين. Directeur de thèse : TCHOUAR ,Noureddine

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Code-barres	Cote	Support	Localisation	Section	Disponibilité
4652	02-34-57	Version numérique et papier	Bibliothèque USTOMB	Mémoire de Magister	Exclu du prêt

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