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Titre : Caractérisation des déterminants génétiques du risque Cardiovasculaire : Impact de polymorphismes du gène de l’APOE -Etude ISOR- Type de document : document électronique Auteurs : Houssam BOULENOUAR, Auteur Année de publication : 2014 Importance : 155 p. Accompagnement : CD Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :biologie moléculaire Mots-clés : APOE, Polymorphisme génétique, Haplotype, Population Algérienne, Risque cardiovasculaire, Syndrome métabolique, Profil lipidique, Etude ISOR
APOE, Genetic polymorphism, Haplotype, Algerian population, cardiovascular risk, Métabolic syndrome, lipid profile, ISOR Study.
APOE، تعدد أشكال النيوكليوتيدة ، النمط الفرداني، سكان الجزائر، مخاطر القلب والأوعية الدموية، متلازمة الأيض، الملف الشخصي الدهون، دراسة ISOR.Résumé : Le gène de l’APOE joue un rôle important dans le métabolisme des lipides et des lipoprotéines. Dans ce travail, nous avons évalué, l’impact de polymorphismes du gène de l’APOE sur le bilan lipidique, et sur le risque cardiovasculaire dans la population oranaise.
Nous avons réalisé ce travail à partir de deux études épidémiologiques; l’étude ECTOR (N=193) menée entre 1994 et 1996; et l’étude transversale ISOR (N=787) réalisée entre 2007 et 2009.
Les résultats obtenus pour l’étude ECTOR ont montré l’effet protecteur de l’allèle ε2 sur les variables du bilan lipidique, notamment de total cholestérol (p=0,001), de LDL-cholestérol (p=0,006), et de ratio LDL Cholestérol/HDL Cholestérol (p=0,04). Aucun effet n’a été rapporté pour l’allèle ε4. Dans l’étude ISOR, aucune association significative n'a pu être détectée pour l’allèle ε2. En revanche, les porteurs de l’allèle ε4 ont des concentrations significativement plus élevées de triglycérides (p=0,0002), de cholestérol total (p=0,009), de LDL-cholestérol (p=0,003) et de rapport LDL-cholestérol/HDL-cholestérol (p=0,001) que les porteurs de l’allèle ε3. Le rs439401 a été significativement associé aux variations des concentrations de triglycérides (p=0,006), et au risque d’hypertension artérielle (p=0,006). Le rs4420638 confère une protection contre l'obésité (p=0,005). Les analyses haplotypiques et de déséquilibre de liaison confirment l’effet protecteur et délétère des allèles ε2 et ε4 sur le LDL-cholestérol, et montrent que l’allèle G du rs4420638 exerce un effet protecteur chez les sujets porteurs de l’allèle ε4.
Les résultats nous ont permis de montrer que (i) le polymorphisme epsilon a le même effet sur le bilan lipidique quelque soit la population, mais qu’il peut être sujet aux variations environnementales, notamment l’alimentation, (ii) le rs439401 constitue un facteur de risque génétique à la survenue de l’obésité et de l’hypertension artérielle, alors que le rs4420638 présente un effet protecteur sur l’obésité dans la population oranaise, (iii) l’allèle G du rs4420638 peut contrebalancer l’effet délétère de l’allèle ε4 sur les concentrations de LDL-cholestérol, (iiii) La population algérienne est différente des populations caucasiennes sur le plan génétique, en matière de déséquilibre de liaison des polymorphismes de l’APOE
The APOE gene plays an important role in lipid and lipoprotein metabolism. In this work, we evaluated the impact of APOE gene polymorphisms on the lipid profile, and cardiovascular risk in the Oran population.
We performed this work using two epidemiological studies; the ECTOR study (N=193), conducted between 1994 and 1996; and the ISOR cross-sectional study (N=787), conducted between 2007 and 2009.
The results obtained for the ECTOR study showed the protective effect of the ε2 allele on lipid variables, including total cholesterol (p=0.001), LDL-Cholesterol (p=0.006) and LDL-cholesterol/HDL-cholesterol ratio (p=0.04). No effects have been reported for the ε4 allele. In the ISOR study, no significant association could be detected for the ε2 allele. However, ε4 allele carriers had significantly higher concentrations of triglycerides (p=0.0002), Total cholesterol (p=0.009), LDL-cholesterol (p=0.003) and LDL-cholesterol/HDL-cholesterol ratio (p=0.001), than carriers of the ε3 allele. The rs439401 was significantly associated with variations in triglycerides concentrations (p=0.006) and the hypertension risk (p=0.006). The rs4420638 confers protection against obesity (p=0.005). Haplotype and linkage disequilibrium analyses confirm the protective and deleterious effects of ε2 and ε4 alleles on LDL-cholesterol, and show that the G allele of rs4420638 has a protective effect in ε4carriers.
The results allowed us to show that (i) the epsilon polymorphism has the same effect on the lipid profile, regardless of the population, but may be subject to environmental variations, including food, (ii) the rs439401 was a genetic risk factor in the onset of obesity, and hypertension, while the rs4420638 showed a protective effect on obesity in the Oran population, (iii) the rs4420638 G allele could counterbalance the deleterious effect of the APOE ε4 allele on LDL-cholesterol levels, (iiii) The Algerian population is different from Caucasian populations genetically, for linkage disequilibrium between APOE polymorphisms
يلعب الجين APOE دورا هاما في عملية الاستقلاب الغذائي للدهون والبروتينات الدهنية. سعينا في هذه الدراسة لتقييم مدى تأثير تعدد أشكال النيوكليوتيدة للجين APOE على مستوى الدهون وخطر الإصابة بأمراض القلب والأوعية الدموية لدى سكان وهران.
لقد أنجز هذا العمل من دراستين وبائياتين: الدراسة ECTOR (ن=193) أجريت بين عامي 1994 و 1996، و الدراسة المستعرضة ISOR (ن=787) التي أجريت بين عامي 2007 و 2009.
أظهرت نتائج الدراسة ECTOR التأثير الوقائي للأليل ε2 على تغيرات مستوى الدهون، بما في ذلك الكوليسترول الكلي (p=0.001)، الكولسترول الضارLDL (p=0.006) ونسبة الكولسترول LDL / الكولسترول HDL (p=0.04). ان الأليل ε4 لا يوجد له أي تأثير. أما في الدراسة ISOR لم يتم الكشف عن أي تأثير للأليل ε2. في المقابل، مقارنة بحاملي الأليل ε3،الحاملين للأليل ε4 كانت لديهم مستويات أعلى بكثير من الدهون الثلاثية (p=0.0002)، الكولسترول الكلي (p=0.009)، الكولسترول LDL (p=0.003) ونسبة الكولسترولLDL /الكولسترول HDL (0.001p=). ان المتغير rs439401 مرتبط بشكل وثيق مع التغيرات في تركيز الدهون الثلاثيةp=0.006) ) وخطر ارتفاع ضغط الدم p=0.006) ). المتغير rs4420638 يمنح حماية ضد السمنة (p=0.005). أكدت دراسة النمط الفرداني و اختلال توازن الربط التأثير الوقائي و الضار للأليلات ε2 و ε4على الكولسترول LDL ، وتبين أن أليل G للمتغير rs4420638 له تأثير وقائي لدى حاملي الأليل ε4.
نتائج البحث بينت لنا أن (I) تعدد أشكال إبسيلون له نفس التأثير على تغيرات مستوى الدهون مهما كان أصل الشعوب، ولكن قد تكون عرضة للتغيرات البيئية، بما في ذلك الغذاء، (II) المتغير rs439401 عامل خطر وراثي لظهور البدانة وارتفاع ضغط الدم، في حين المتغير rs4420638 له تأثير وقائي على البدانة لدى سكان وهران، (III) الأليل G للمتغير rs4420638 قد يوازن الأثر الضار للأليل ε4 على تركيزات الكولسترول LDL، (IIII) الشعب الجزائري يختلف عن شعوب القوقاز وراثيا في اختلال توازن الربط لمتغيرات الجين APOE.
Directeur de thèse : MEDIENE-BENCHEKOR , Sounnia Caractérisation des déterminants génétiques du risque Cardiovasculaire : Impact de polymorphismes du gène de l’APOE -Etude ISOR- [document électronique] / Houssam BOULENOUAR, Auteur . - 2014 . - 155 p. + CD.
Langues : Français (fre)
Catégories : Biotechnologie :biologie moléculaire Mots-clés : APOE, Polymorphisme génétique, Haplotype, Population Algérienne, Risque cardiovasculaire, Syndrome métabolique, Profil lipidique, Etude ISOR
APOE, Genetic polymorphism, Haplotype, Algerian population, cardiovascular risk, Métabolic syndrome, lipid profile, ISOR Study.
APOE، تعدد أشكال النيوكليوتيدة ، النمط الفرداني، سكان الجزائر، مخاطر القلب والأوعية الدموية، متلازمة الأيض، الملف الشخصي الدهون، دراسة ISOR.Résumé : Le gène de l’APOE joue un rôle important dans le métabolisme des lipides et des lipoprotéines. Dans ce travail, nous avons évalué, l’impact de polymorphismes du gène de l’APOE sur le bilan lipidique, et sur le risque cardiovasculaire dans la population oranaise.
Nous avons réalisé ce travail à partir de deux études épidémiologiques; l’étude ECTOR (N=193) menée entre 1994 et 1996; et l’étude transversale ISOR (N=787) réalisée entre 2007 et 2009.
Les résultats obtenus pour l’étude ECTOR ont montré l’effet protecteur de l’allèle ε2 sur les variables du bilan lipidique, notamment de total cholestérol (p=0,001), de LDL-cholestérol (p=0,006), et de ratio LDL Cholestérol/HDL Cholestérol (p=0,04). Aucun effet n’a été rapporté pour l’allèle ε4. Dans l’étude ISOR, aucune association significative n'a pu être détectée pour l’allèle ε2. En revanche, les porteurs de l’allèle ε4 ont des concentrations significativement plus élevées de triglycérides (p=0,0002), de cholestérol total (p=0,009), de LDL-cholestérol (p=0,003) et de rapport LDL-cholestérol/HDL-cholestérol (p=0,001) que les porteurs de l’allèle ε3. Le rs439401 a été significativement associé aux variations des concentrations de triglycérides (p=0,006), et au risque d’hypertension artérielle (p=0,006). Le rs4420638 confère une protection contre l'obésité (p=0,005). Les analyses haplotypiques et de déséquilibre de liaison confirment l’effet protecteur et délétère des allèles ε2 et ε4 sur le LDL-cholestérol, et montrent que l’allèle G du rs4420638 exerce un effet protecteur chez les sujets porteurs de l’allèle ε4.
Les résultats nous ont permis de montrer que (i) le polymorphisme epsilon a le même effet sur le bilan lipidique quelque soit la population, mais qu’il peut être sujet aux variations environnementales, notamment l’alimentation, (ii) le rs439401 constitue un facteur de risque génétique à la survenue de l’obésité et de l’hypertension artérielle, alors que le rs4420638 présente un effet protecteur sur l’obésité dans la population oranaise, (iii) l’allèle G du rs4420638 peut contrebalancer l’effet délétère de l’allèle ε4 sur les concentrations de LDL-cholestérol, (iiii) La population algérienne est différente des populations caucasiennes sur le plan génétique, en matière de déséquilibre de liaison des polymorphismes de l’APOE
The APOE gene plays an important role in lipid and lipoprotein metabolism. In this work, we evaluated the impact of APOE gene polymorphisms on the lipid profile, and cardiovascular risk in the Oran population.
We performed this work using two epidemiological studies; the ECTOR study (N=193), conducted between 1994 and 1996; and the ISOR cross-sectional study (N=787), conducted between 2007 and 2009.
The results obtained for the ECTOR study showed the protective effect of the ε2 allele on lipid variables, including total cholesterol (p=0.001), LDL-Cholesterol (p=0.006) and LDL-cholesterol/HDL-cholesterol ratio (p=0.04). No effects have been reported for the ε4 allele. In the ISOR study, no significant association could be detected for the ε2 allele. However, ε4 allele carriers had significantly higher concentrations of triglycerides (p=0.0002), Total cholesterol (p=0.009), LDL-cholesterol (p=0.003) and LDL-cholesterol/HDL-cholesterol ratio (p=0.001), than carriers of the ε3 allele. The rs439401 was significantly associated with variations in triglycerides concentrations (p=0.006) and the hypertension risk (p=0.006). The rs4420638 confers protection against obesity (p=0.005). Haplotype and linkage disequilibrium analyses confirm the protective and deleterious effects of ε2 and ε4 alleles on LDL-cholesterol, and show that the G allele of rs4420638 has a protective effect in ε4carriers.
The results allowed us to show that (i) the epsilon polymorphism has the same effect on the lipid profile, regardless of the population, but may be subject to environmental variations, including food, (ii) the rs439401 was a genetic risk factor in the onset of obesity, and hypertension, while the rs4420638 showed a protective effect on obesity in the Oran population, (iii) the rs4420638 G allele could counterbalance the deleterious effect of the APOE ε4 allele on LDL-cholesterol levels, (iiii) The Algerian population is different from Caucasian populations genetically, for linkage disequilibrium between APOE polymorphisms
يلعب الجين APOE دورا هاما في عملية الاستقلاب الغذائي للدهون والبروتينات الدهنية. سعينا في هذه الدراسة لتقييم مدى تأثير تعدد أشكال النيوكليوتيدة للجين APOE على مستوى الدهون وخطر الإصابة بأمراض القلب والأوعية الدموية لدى سكان وهران.
لقد أنجز هذا العمل من دراستين وبائياتين: الدراسة ECTOR (ن=193) أجريت بين عامي 1994 و 1996، و الدراسة المستعرضة ISOR (ن=787) التي أجريت بين عامي 2007 و 2009.
أظهرت نتائج الدراسة ECTOR التأثير الوقائي للأليل ε2 على تغيرات مستوى الدهون، بما في ذلك الكوليسترول الكلي (p=0.001)، الكولسترول الضارLDL (p=0.006) ونسبة الكولسترول LDL / الكولسترول HDL (p=0.04). ان الأليل ε4 لا يوجد له أي تأثير. أما في الدراسة ISOR لم يتم الكشف عن أي تأثير للأليل ε2. في المقابل، مقارنة بحاملي الأليل ε3،الحاملين للأليل ε4 كانت لديهم مستويات أعلى بكثير من الدهون الثلاثية (p=0.0002)، الكولسترول الكلي (p=0.009)، الكولسترول LDL (p=0.003) ونسبة الكولسترولLDL /الكولسترول HDL (0.001p=). ان المتغير rs439401 مرتبط بشكل وثيق مع التغيرات في تركيز الدهون الثلاثيةp=0.006) ) وخطر ارتفاع ضغط الدم p=0.006) ). المتغير rs4420638 يمنح حماية ضد السمنة (p=0.005). أكدت دراسة النمط الفرداني و اختلال توازن الربط التأثير الوقائي و الضار للأليلات ε2 و ε4على الكولسترول LDL ، وتبين أن أليل G للمتغير rs4420638 له تأثير وقائي لدى حاملي الأليل ε4.
نتائج البحث بينت لنا أن (I) تعدد أشكال إبسيلون له نفس التأثير على تغيرات مستوى الدهون مهما كان أصل الشعوب، ولكن قد تكون عرضة للتغيرات البيئية، بما في ذلك الغذاء، (II) المتغير rs439401 عامل خطر وراثي لظهور البدانة وارتفاع ضغط الدم، في حين المتغير rs4420638 له تأثير وقائي على البدانة لدى سكان وهران، (III) الأليل G للمتغير rs4420638 قد يوازن الأثر الضار للأليل ε4 على تركيزات الكولسترول LDL، (IIII) الشعب الجزائري يختلف عن شعوب القوقاز وراثيا في اختلال توازن الربط لمتغيرات الجين APOE.
Directeur de thèse : MEDIENE-BENCHEKOR , Sounnia Exemplaires
Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité 4648 02-34-61 Version numérique et papier Bibliothèque USTOMB Thèse de Doctorat Exclu du prêt Documents numériques
Caractérisation des déterminants génétiques du risque Cardiovasculaire : Impact de polymorphismes du gène de l’APOE -Etude ISOR-Adobe Acrobat PDF
Titre : Caractérisation des facteurs de risque génétiques et environnementaux de l’hypertension artérielle dans un échantillon de la population Algérienne. -réplique de GWAS- Type de document : document électronique Auteurs : LARDJAM-HETRAF Aicha Sarah, Auteur ; MEDIENE-BENCHEKOR Sounnia, Directeur de thèse Année de publication : 2016 Importance : 180 p. Accompagnement : CD Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :biologie moléculaire Mots-clés : HTA PA étude ISOR GWAS rs1799945 du gène HFE rs3184504 du gène SH2B3 rs1378942 du locus CYP1A1-ULK3. Résumé : L’hypertension artérielle (HTA) que l’on qualifie aujourd’hui de maladie multifactorielle, résulte d’une défaillance de différents mécanismes de régulation de la pression artérielle (PA). Ces mécanismes sont sous le contrôle d’un grand nombre de gènes ce qui rend la compréhension de la physiopathologie de l’HTA complexe. D’autre part, il existe de nombreux facteurs de risque environnementaux ou indicateurs constitutionnels influençant le pronostic lié aux seuls chiffres tensionnels. Lebut du présent travail consiste à caractériser les facteurs de risque environnementaux de la survenue de l’HTA dans un échantillon représentatif de la population Algérienne. De plus, nous avons évalué l’impact des variants génétiques identifiés dans une étude GWA (Genome Wide Association) réalisée chez les caucasiens sur la variation de la PA et sur le risque de survenue de l’HTA (Ehret et al, 2011). Pour cela, nous nous sommes appuyés sur une enquête en population nommée ISOR (InSulinorésistance en ORanie) (n= 786 sujets). Nos résultats indiquent que la prévalence de l’HTA est de 24%. L’âge, l’obésité, les concentrations élevées de la glycémie et de la triglycéridémie à jeun, la sédentarité et le fait d’avoir un antécédent personnel de maladies cardiovasculaires (MCV) sont les facteurs de risque majeurs de l’élévation de la PA et de la survenue de l’HTA dans notre population. Enfin l’analyse génétique indique que le SNP rs1378942 du locus CYP1A1-ULK3 est significativement associé à la pression artérielle systolique (PAS) (p=0,006). Aussi, une association significative a été constatée entre les SNPs rs1799945 du gène HFE et rs3184504 du gène SH2B3 et la pression artérielle diastolique (PAD) (p=0,04 et p=0,05, respectivement). Par ailleurs, l’analyse des scores de prédisposition génétique (GPS) indique que l’effet additionnel de chaque allèle des scores GPS-PAS, GPS-PAD et GPS-HTA augmente significativement la moyenne de la PAD de +0,24 [0,00-0,48] mmHg (p=0,05) ; +0,23 [0,00-0,47] mmHg (p=0,05) et +0,26 [0,03-0,48] mmHg (p=0,03) respectivement. D’autre part, nos résultats indiquent qu’une association significative existe entre le GPS-HTA et le risque de survenue de l’HTA (OR [95% CI]=1,06 [1,00-1,15], p=0,05). En conclusion, nos résultats montrent que parmi les 28 SNPs étudiés seuls 3 semblent avoir un effet sur la PA et l’HTA dans notre population, ce qui pourrait indiquer qu’ils sont impliqués dans des voies physiopathologiques universelles. Par ailleurs, l’absence d’associations significatives des autres SNPs ne peut exclure leur éventuelle contribution. Des études sur des populations plus larges sont nécessaires.
Caractérisation des facteurs de risque génétiques et environnementaux de l’hypertension artérielle dans un échantillon de la population Algérienne. -réplique de GWAS- [document électronique] / LARDJAM-HETRAF Aicha Sarah, Auteur ; MEDIENE-BENCHEKOR Sounnia, Directeur de thèse . - 2016 . - 180 p. + CD.
Langues : Français (fre)
Catégories : Biotechnologie :biologie moléculaire Mots-clés : HTA PA étude ISOR GWAS rs1799945 du gène HFE rs3184504 du gène SH2B3 rs1378942 du locus CYP1A1-ULK3. Résumé : L’hypertension artérielle (HTA) que l’on qualifie aujourd’hui de maladie multifactorielle, résulte d’une défaillance de différents mécanismes de régulation de la pression artérielle (PA). Ces mécanismes sont sous le contrôle d’un grand nombre de gènes ce qui rend la compréhension de la physiopathologie de l’HTA complexe. D’autre part, il existe de nombreux facteurs de risque environnementaux ou indicateurs constitutionnels influençant le pronostic lié aux seuls chiffres tensionnels. Lebut du présent travail consiste à caractériser les facteurs de risque environnementaux de la survenue de l’HTA dans un échantillon représentatif de la population Algérienne. De plus, nous avons évalué l’impact des variants génétiques identifiés dans une étude GWA (Genome Wide Association) réalisée chez les caucasiens sur la variation de la PA et sur le risque de survenue de l’HTA (Ehret et al, 2011). Pour cela, nous nous sommes appuyés sur une enquête en population nommée ISOR (InSulinorésistance en ORanie) (n= 786 sujets). Nos résultats indiquent que la prévalence de l’HTA est de 24%. L’âge, l’obésité, les concentrations élevées de la glycémie et de la triglycéridémie à jeun, la sédentarité et le fait d’avoir un antécédent personnel de maladies cardiovasculaires (MCV) sont les facteurs de risque majeurs de l’élévation de la PA et de la survenue de l’HTA dans notre population. Enfin l’analyse génétique indique que le SNP rs1378942 du locus CYP1A1-ULK3 est significativement associé à la pression artérielle systolique (PAS) (p=0,006). Aussi, une association significative a été constatée entre les SNPs rs1799945 du gène HFE et rs3184504 du gène SH2B3 et la pression artérielle diastolique (PAD) (p=0,04 et p=0,05, respectivement). Par ailleurs, l’analyse des scores de prédisposition génétique (GPS) indique que l’effet additionnel de chaque allèle des scores GPS-PAS, GPS-PAD et GPS-HTA augmente significativement la moyenne de la PAD de +0,24 [0,00-0,48] mmHg (p=0,05) ; +0,23 [0,00-0,47] mmHg (p=0,05) et +0,26 [0,03-0,48] mmHg (p=0,03) respectivement. D’autre part, nos résultats indiquent qu’une association significative existe entre le GPS-HTA et le risque de survenue de l’HTA (OR [95% CI]=1,06 [1,00-1,15], p=0,05). En conclusion, nos résultats montrent que parmi les 28 SNPs étudiés seuls 3 semblent avoir un effet sur la PA et l’HTA dans notre population, ce qui pourrait indiquer qu’ils sont impliqués dans des voies physiopathologiques universelles. Par ailleurs, l’absence d’associations significatives des autres SNPs ne peut exclure leur éventuelle contribution. Des études sur des populations plus larges sont nécessaires.
Exemplaires
Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité 4621 02-34-88 Version numérique et papier Bibliothèque USTOMB Thèse de Doctorat Exclu du prêt Documents numériques
Caractérisation des facteurs de risque génétiques et environnementaux de l’hypertension artérielle dans un échantillon de la population Algérienne. -réplique de GWAS-Adobe Acrobat PDF
Titre : Caractérisation phénotypique et moléculaire des populations de poules locales (Gallus gallus domesticus) de l’Ouest Algérien Type de document : document électronique Auteurs : Fatima Zohra MAHAMMI, Auteur Année de publication : 2015 Importance : 184 p. Accompagnement : CD Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :biologie moléculaire Mots-clés : poules locales, diversité génétique, caractérisation phénotypique, caractérisation moléculaire, microsatellites Résumé : Dans le but de contribuer à la caractérisation des populations de poules locales algériennes, des enquêtes sur le terrain ont été menées dans dix wilayas de l’Ouest algérien regroupées en trois zones agro-écologiques : littoral (LT), plaines intérieures (PI) et hauts plateaux (HP). D’après ces enquêtes, les femmes sont les principales responsables des élevages avicoles, elles utilisent le revenu modeste de ce type d’exploitation pour répondre à certaines charges de leurs maisons et enfants. Les poules sont élevées dans des conditions médiocres et par conséquent leur productivité est faible. La caractérisation phénotypique de 334 poules locales, échantillonnées durant les enquêtes, a permis de révéler une grande diversité phénotypique qui est due à la présence d’un certain nombre de mutations à effet visible. Les mensurations corporelles considérées (poids corporel, longueur des tarses et des barbillons, diamètre des tarses et hauteur des crêtes) confirment le dimorphisme sexuel connu pour cette espèce avec des valeurs de poids corporel significativement plus élevées chez le mâle (1817± 297 g) que chez la femelle (1335 ± 227 g). Les statistiques exploratoires appliquées sur l’ensemble des caractères phénotypiques (qualitatifs et quantitatifs), montrent que les trois écotypes LT, PI, HP, sont semblables.
Pour plus de précisions concernant la diversité génétique des poules locales, 233 spécimens ont été génotypés avec un panel de 23 marqueurs microsatellites. Huit lignées commerciales ont été incluses dans l'étude pour étudier une éventuelle introgression des gènes de ces lignées dans le pool de gènes local. Deux populations de poules sauvages rouges de la jungle ont également été rajoutées pour comparer la gamme de la diversité entre les oiseaux domestiques et sauvages. Pour l’ensemble des populations étudiées, un total de 236 allèles a été détecté, avec une moyenne de 10,26 allèles par locus. Une grande variabilité génétique est observée au sein de la population algérienne qui a présenté un total de 184 allèles, dont 35 lui-sont spécifiques, et une valeur d’hétérozygotie (Ho = 0,557) intermédiaire entre celles observées chez les populations de poules sauvages (Ho varient entre 0,601 et 0,687) et les lignées commerciales (Ho varient entre 0,244 et 0,51). Bien que l'analyse de la structuration des écotypes algériens n'a pas révélé de sous populations, l'approche supervisée, en utilisant des données de la localisation géographique des individus, a montré une différenciation faible (2,56) mais significative (P <0,01) entre les poules des trois écotypes. Ainsi, la diversité génétique des écotypes algériens peut être sous l'influence de deux facteurs ayant des effets contradictoires : l'emplacement géographique peut induire une certaine différenciation tandis que le niveau élevé des échanges et des flux de gènes peut la supprimer. L’originalité de la poule locale de l’Ouest algérien est menacée, un degréd’introgression non négligeable des gènes des souches commerciales au niveau du pool de gènes local a été détecté. Cette introgression peut être due aux croisements non déclarés avec des poulets commerciaux. Il est de ce fait recommandé de mettre en œuvre un programme de gestion et d’amélioration des ressources génétiques des poules locales algériennes
Directeur de thèse : GAOUAR ,Semir Bechir Suheil Caractérisation phénotypique et moléculaire des populations de poules locales (Gallus gallus domesticus) de l’Ouest Algérien [document électronique] / Fatima Zohra MAHAMMI, Auteur . - 2015 . - 184 p. + CD.
Langues : Français (fre)
Catégories : Biotechnologie :biologie moléculaire Mots-clés : poules locales, diversité génétique, caractérisation phénotypique, caractérisation moléculaire, microsatellites Résumé : Dans le but de contribuer à la caractérisation des populations de poules locales algériennes, des enquêtes sur le terrain ont été menées dans dix wilayas de l’Ouest algérien regroupées en trois zones agro-écologiques : littoral (LT), plaines intérieures (PI) et hauts plateaux (HP). D’après ces enquêtes, les femmes sont les principales responsables des élevages avicoles, elles utilisent le revenu modeste de ce type d’exploitation pour répondre à certaines charges de leurs maisons et enfants. Les poules sont élevées dans des conditions médiocres et par conséquent leur productivité est faible. La caractérisation phénotypique de 334 poules locales, échantillonnées durant les enquêtes, a permis de révéler une grande diversité phénotypique qui est due à la présence d’un certain nombre de mutations à effet visible. Les mensurations corporelles considérées (poids corporel, longueur des tarses et des barbillons, diamètre des tarses et hauteur des crêtes) confirment le dimorphisme sexuel connu pour cette espèce avec des valeurs de poids corporel significativement plus élevées chez le mâle (1817± 297 g) que chez la femelle (1335 ± 227 g). Les statistiques exploratoires appliquées sur l’ensemble des caractères phénotypiques (qualitatifs et quantitatifs), montrent que les trois écotypes LT, PI, HP, sont semblables.
Pour plus de précisions concernant la diversité génétique des poules locales, 233 spécimens ont été génotypés avec un panel de 23 marqueurs microsatellites. Huit lignées commerciales ont été incluses dans l'étude pour étudier une éventuelle introgression des gènes de ces lignées dans le pool de gènes local. Deux populations de poules sauvages rouges de la jungle ont également été rajoutées pour comparer la gamme de la diversité entre les oiseaux domestiques et sauvages. Pour l’ensemble des populations étudiées, un total de 236 allèles a été détecté, avec une moyenne de 10,26 allèles par locus. Une grande variabilité génétique est observée au sein de la population algérienne qui a présenté un total de 184 allèles, dont 35 lui-sont spécifiques, et une valeur d’hétérozygotie (Ho = 0,557) intermédiaire entre celles observées chez les populations de poules sauvages (Ho varient entre 0,601 et 0,687) et les lignées commerciales (Ho varient entre 0,244 et 0,51). Bien que l'analyse de la structuration des écotypes algériens n'a pas révélé de sous populations, l'approche supervisée, en utilisant des données de la localisation géographique des individus, a montré une différenciation faible (2,56) mais significative (P <0,01) entre les poules des trois écotypes. Ainsi, la diversité génétique des écotypes algériens peut être sous l'influence de deux facteurs ayant des effets contradictoires : l'emplacement géographique peut induire une certaine différenciation tandis que le niveau élevé des échanges et des flux de gènes peut la supprimer. L’originalité de la poule locale de l’Ouest algérien est menacée, un degréd’introgression non négligeable des gènes des souches commerciales au niveau du pool de gènes local a été détecté. Cette introgression peut être due aux croisements non déclarés avec des poulets commerciaux. Il est de ce fait recommandé de mettre en œuvre un programme de gestion et d’amélioration des ressources génétiques des poules locales algériennes
Directeur de thèse : GAOUAR ,Semir Bechir Suheil Exemplaires
Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité 4639 02-34-70 Version numérique et papier Bibliothèque USTOMB Thèse de Doctorat Exclu du prêt Documents numériques
Caractérisation phénotypique et moléculaire des populations de poules locales (Gallus gallus domesticus) de l’Ouest AlgérienAdobe Acrobat PDF
Titre : Constitution d'une biothéque d'ADN équin. Caractérisation généique des races équines en Algérie par l'étude des microsatellites Type de document : document électronique Auteurs : Naima BERBER, Auteur Année de publication : 2015 Importance : 119 p. Accompagnement : CD Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :biologie moléculaire Mots-clés : Algérie races équines marqueurs microsatellites variabilité génétique.
Algeria horse breeds microsatellite markers genetic variability.
الجزائر سلالات الخیول الواسمات الوراثیة التنوع الوراثيRésumé : La filière équine occupe une place importante dans l’histoire et l’économie de l’Algérie. Afin d’apporter des outils efficaces à la gestion des races équines algériennes, nous avons réalisé une étude de caractérisation génétique par l’utilisation d’un panel de 14 marqueurs microsatellites. Cette étude préliminaire est la première du genre dans notre pays.
Les marqueurs microsatellites ont été utilisés pour génotyper 201 chevaux appartenant à cinq races (55 Arabe- Barbe, 57 Pur-sang Arabe, 41 Barbe, 22 Pur-sang Anglais et 26 Trotteur français). Les résultats obtenus ont montré que tous les marqueurs microsatellites utilisés étaient fortement polymorphes avec un nombre d’allèles par locus variant de 6 pour le marqueur HTG4 à 14 pour le marqueur ASB17. Une forte diversité génétique a été observée avec des valeurs d’hétérozygoties varient de 0.71 chez le Pur-sang Anglais à 0.77 chez l’Arabe-Barbe. Nos résultats ont permis de bien distinguer les races autochtones Barbe et Arabe-Barbe, des autres races, et de montrer que l’Arabe-Barbe était génétiquement plus proche des Barbes que des Pur- sang Arabes. D’une façon concordante, les analyses de structuration (AFC, approche bayésienne de groupement) donnent des informations plus précises sur les relations entre les différentes races, et montrent une proximité génétique entre les deux races autochtones (Barbe et Arabe-Barbe).
En conclusion, les données et les informations apportées par cette étude, représentent une base de référence, afin de préserver la variabilité génétique de nos races équines et d’améliorer les méthodes de gestion de l’élevage équin en Algerie.
In Algeria, the horse occupies an important space in the history. Genetic structure
and breeding practices, in the horse species, were investigated in order to develop some
management tools for five horse breeds, by analyzing a panel of 14 microsatellite molecular
markers. This preliminary study is the first of this kind realized in Algeria.
The 14 microsatellite markers were used to genotype 201 animals (55 Arab-Barb, 57
Arabian, 41 Barb, 22 Thoroughbred and 26 French Trotter). Results showed that all markers
were highly polymorphic, with a number of alleles per locus ranging between 6 (HTG4) and
14 (ASB17). High gene diversity was observed; indeed, expected heterozygosity values
ranged from 0.71 in the Thoroughbred horses to 0.77 in the Arab-Barb horses. Our results
showed a significant genetic variation between the native horse populations (Barb, ArabBarb)
and the other breeds, and that the Arab-Barb was genetically closer to the Barb than to
the Arabian. Different genetic structure analysis approaches (AFC, Bayesian structuring)
consistently highlighted the Barb and Arab-Barb as genetically more related.
In conclusion, the data and information delivered by this study provide the preliminary
background knowledge needed to preserve genetic variability of the equine breeds in Algeria
and improve methods of livestock management
قطاع الخیول في الجزائر یحتل مكانا ھاما في تاریخ و اقتصاد البلاد. تھدف ھذه الأطروحة إلى وصف
و تحلیل ظروف تربیة الخیول و تنوعھا الوراثي، كما أنھا تھتم أیضا بسبل و آفاق تطویر استغلالھا و
تثمین منتجاتھا في إطار نظم إنتاج مستدیمة. تعتبر ھذه الدراسة الأولى من نوعھا على الخیول
الجزائریة.
في إطار التقییم الوراثي للتنوع البیولوجي قمنا باستعمال 14 واسمات من نوع Microsatellites،
شملت ھذه الدراسة 201 خیل تنتمي الى السلالات التالیة (55 Barbe ،57 Arabe sang-Pur
ھذه مكنت). Trotteur Français 26و Pur-sang Anglais 22 ،Arabe-Barbe 41
الواسمات من الكشف عن 123 ألیل في العشیرة الكلیة و تحدید التنوع داخل و بین العشائر المدروسة،
أظھرت النتائج أن نسبة الواسمات مرتفعة نسبیا فیما یخص التنوع داخل العشیرة الكلیة. كما ان
مصفوفة المسافات الوراثیة اعطت قیم (Hnb (تغایر بین 71.0 في الإنجلیزي الاصیل و 77.0 في
العربي الاصیل. أظھرت النتائج التي توصلنا الیھا تمییز واضح بین السلالات المحلیة و السلالات
الأخرى، وتبین أن Barbe-Arabe أقرب جینیا إلى Barbe منھ إلى العربي الاصیل . باستعمال
طرق دراسة تقارب الاجناس (groupement de bayésienne approche, AFC (و التي
تعطي معلومات أكثر دقة عن العلاقات بین مختلف الأعراق، تبین ان ھناك قرب جیني كبیر بین
السلالتین المحلیة.
في الختام، فإن البیانات والمعلومات التي تقدمھا ھذه الدراسة تمثل الأساس للحفاظ على التنوع الجیني
لسلالات الخیول لدینا وطرق تحسین إدارة تربیة الخیول في الجزائر.
Directeur de thèse : GHOUAR , Samir Bachir souheil Constitution d'une biothéque d'ADN équin. Caractérisation généique des races équines en Algérie par l'étude des microsatellites [document électronique] / Naima BERBER, Auteur . - 2015 . - 119 p. + CD.
Langues : Français (fre)
Catégories : Biotechnologie :biologie moléculaire Mots-clés : Algérie races équines marqueurs microsatellites variabilité génétique.
Algeria horse breeds microsatellite markers genetic variability.
الجزائر سلالات الخیول الواسمات الوراثیة التنوع الوراثيRésumé : La filière équine occupe une place importante dans l’histoire et l’économie de l’Algérie. Afin d’apporter des outils efficaces à la gestion des races équines algériennes, nous avons réalisé une étude de caractérisation génétique par l’utilisation d’un panel de 14 marqueurs microsatellites. Cette étude préliminaire est la première du genre dans notre pays.
Les marqueurs microsatellites ont été utilisés pour génotyper 201 chevaux appartenant à cinq races (55 Arabe- Barbe, 57 Pur-sang Arabe, 41 Barbe, 22 Pur-sang Anglais et 26 Trotteur français). Les résultats obtenus ont montré que tous les marqueurs microsatellites utilisés étaient fortement polymorphes avec un nombre d’allèles par locus variant de 6 pour le marqueur HTG4 à 14 pour le marqueur ASB17. Une forte diversité génétique a été observée avec des valeurs d’hétérozygoties varient de 0.71 chez le Pur-sang Anglais à 0.77 chez l’Arabe-Barbe. Nos résultats ont permis de bien distinguer les races autochtones Barbe et Arabe-Barbe, des autres races, et de montrer que l’Arabe-Barbe était génétiquement plus proche des Barbes que des Pur- sang Arabes. D’une façon concordante, les analyses de structuration (AFC, approche bayésienne de groupement) donnent des informations plus précises sur les relations entre les différentes races, et montrent une proximité génétique entre les deux races autochtones (Barbe et Arabe-Barbe).
En conclusion, les données et les informations apportées par cette étude, représentent une base de référence, afin de préserver la variabilité génétique de nos races équines et d’améliorer les méthodes de gestion de l’élevage équin en Algerie.
In Algeria, the horse occupies an important space in the history. Genetic structure
and breeding practices, in the horse species, were investigated in order to develop some
management tools for five horse breeds, by analyzing a panel of 14 microsatellite molecular
markers. This preliminary study is the first of this kind realized in Algeria.
The 14 microsatellite markers were used to genotype 201 animals (55 Arab-Barb, 57
Arabian, 41 Barb, 22 Thoroughbred and 26 French Trotter). Results showed that all markers
were highly polymorphic, with a number of alleles per locus ranging between 6 (HTG4) and
14 (ASB17). High gene diversity was observed; indeed, expected heterozygosity values
ranged from 0.71 in the Thoroughbred horses to 0.77 in the Arab-Barb horses. Our results
showed a significant genetic variation between the native horse populations (Barb, ArabBarb)
and the other breeds, and that the Arab-Barb was genetically closer to the Barb than to
the Arabian. Different genetic structure analysis approaches (AFC, Bayesian structuring)
consistently highlighted the Barb and Arab-Barb as genetically more related.
In conclusion, the data and information delivered by this study provide the preliminary
background knowledge needed to preserve genetic variability of the equine breeds in Algeria
and improve methods of livestock management
قطاع الخیول في الجزائر یحتل مكانا ھاما في تاریخ و اقتصاد البلاد. تھدف ھذه الأطروحة إلى وصف
و تحلیل ظروف تربیة الخیول و تنوعھا الوراثي، كما أنھا تھتم أیضا بسبل و آفاق تطویر استغلالھا و
تثمین منتجاتھا في إطار نظم إنتاج مستدیمة. تعتبر ھذه الدراسة الأولى من نوعھا على الخیول
الجزائریة.
في إطار التقییم الوراثي للتنوع البیولوجي قمنا باستعمال 14 واسمات من نوع Microsatellites،
شملت ھذه الدراسة 201 خیل تنتمي الى السلالات التالیة (55 Barbe ،57 Arabe sang-Pur
ھذه مكنت). Trotteur Français 26و Pur-sang Anglais 22 ،Arabe-Barbe 41
الواسمات من الكشف عن 123 ألیل في العشیرة الكلیة و تحدید التنوع داخل و بین العشائر المدروسة،
أظھرت النتائج أن نسبة الواسمات مرتفعة نسبیا فیما یخص التنوع داخل العشیرة الكلیة. كما ان
مصفوفة المسافات الوراثیة اعطت قیم (Hnb (تغایر بین 71.0 في الإنجلیزي الاصیل و 77.0 في
العربي الاصیل. أظھرت النتائج التي توصلنا الیھا تمییز واضح بین السلالات المحلیة و السلالات
الأخرى، وتبین أن Barbe-Arabe أقرب جینیا إلى Barbe منھ إلى العربي الاصیل . باستعمال
طرق دراسة تقارب الاجناس (groupement de bayésienne approche, AFC (و التي
تعطي معلومات أكثر دقة عن العلاقات بین مختلف الأعراق، تبین ان ھناك قرب جیني كبیر بین
السلالتین المحلیة.
في الختام، فإن البیانات والمعلومات التي تقدمھا ھذه الدراسة تمثل الأساس للحفاظ على التنوع الجیني
لسلالات الخیول لدینا وطرق تحسین إدارة تربیة الخیول في الجزائر.
Directeur de thèse : GHOUAR , Samir Bachir souheil Exemplaires
Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité 4646 02-34-63 Version numérique et papier Bibliothèque USTOMB Thèse de Doctorat Exclu du prêt Documents numériques
Constitution d'une biothéque d'ADN équin. Caractérisation généique des races équines en Algérie par l'étude des microsatellitesAdobe Acrobat PDF
Titre : Contribution à l’étude moléculaire de l’hémophilie A dans la population Algérienne Type de document : document électronique Auteurs : Meriem ABDI, Auteur Année de publication : 2014 Importance : 192 p. Accompagnement : CD Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :biologie moléculaire Mots-clés : Hémophilie A, F8, FVIII, anomalies moléculaires, PCR Long Rang, PCR triplex, Séquençage, MLPA, inhibiteurs, étude in silico
Heamophilia A, F8, FVIII, mutations, PCR Long Rang, triplex PCR, DNA
Sequencing, MLPA, inhibitor, in silico.
اهليموفيليا )أ( ،PCR، الطفرات،FVIII ،FRésumé : Cette thèse représente une contribution à l’étude moléculaire de l’hémophilie A dans la population Algérienne. Nous avons eu comme premier objectif de caractériser les anomalies moléculaires du gène F8 responsables l’hémophilie A dans un échantillon constitué de 27 patients appartenant à 21 familles par l’utilisation de différentes méthodes de biologie moléculaire (PCR Long Rang, PCR triplex, Séquençage et MLPA). L’analyse moléculaire du gène F8 a permis l’identification des anomalies moléculaires responsables de l’hémophilie A chez 18 familles. Ces mutations sont de cinq types : la micro-inversion de l’intron 22, la micro-inversion de l’intron 1, deux mutations nonsenses (c.322A>T, c.5953C>T), une mutation au niveau d’un site donneur d’épissage (c.5219+1G>T) et trois mutation faux-sens (c.200A>C, c.2189G>A, c.6545G>A). A l’exception de la micro-inversion de l’intron 22 qui est récurrente (57,89%), les autres types de mutations sont spécifiques à chaque famille. Deux nouvelles mutations (c.5219+1G>T, c.2189G>A) ont été rapportées dans cette étude. Ces deux mutations n’ont jamais été décrites dans d’autres populations ; elles sont spécifiques à la population Algérienne. Dans la deuxième partie de cette étude, nous nous sommes intéressés à l’étude de la prédisposition génétique au développement des inhibiteurs. Ainsi, une corrélation entre le statut développement des inhibiteurs et le type de mutation du gène F8 a été réalisée. Aucune association n’a été identifiée entre le type de mutation du gène F8 et le développement des inhibiteurs dans cet échantillon. Dans le troisième volet de cette thèse, nous avons eu comme objectif de contribuer à la compréhension des mécanises moléculaires à l’origine du déficit de la protéine FVIII. Ainsi, les effets délétères des nouvelles mutations identifiées dans la première partie de cette étude et de la mutation c.200 A>C (citée dans les bases de données et non étudiée) ont été prédits en utilisant une combinaison de logiciels d’étude in silico et de modélisation moléculaire en 3D. La mutation c.5219+1G>T a été prédite comme responsable d’un saut de l’exon 14. D’autre part, la mutation c.2189G>A a été prédite comme responsable de la rupture d’un pont disulfure ayant comme effet la dissociation du domaine A2 responsable d’une déstabilisation du FVIII. La mutation c.200A>C a été prédite comme délétère au niveau de la structure ainsi que la fonction du FVIII. Les différences de propriétés physico-chimiques entre les deux aa sont responsables de la perte des interactions moléculaires au sein de la protéine FVIII. L’ensemble des résultats obtenus, plaçant les patients hémophiles au centre de cette thématique de recherche, pourra contribuer à moyen terme à installer un programme « conseil génétique » pour les familles à risque et à améliorer la prise en charge des patients. A long terme ces résultats pourront contribuer à une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires à l’origine de cette pathologie permettant ainsi le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques
This thesis represents a contribution to the molecular analysis of hemophilia A in the Algerian
population. The aim of the first part of the study was to detect the F8 gene alterations in 27
patients belonging to 21 Algerian families using several biomolecular methods (PCR LR,
triplex PCR, DNA sequencing and MLPA). Molecular analysis of the F8 gene led to the
identification of molecular abnormalities responsible for hemophilia A in 18 families. These
mutations include intron 22 inversion, intron 1 inversion, two nonsense mutations (c.322A>T,
c.5953C>T), one splice site mutation (c.5219+1G>T), and three missense mutations
(c.200A>C, c.2189G>A, c.6545G>A). Except for intron 22 inversion that is recurrent
(57.89%), the other identified mutations are specific to each family. Two novel mutations
(c.5219 +1 G> T, c.2189G > A) were reported in this study. Both mutations have never been
described in other populations; they seem to be specific to the Algerian population. In the
second part of this study, we aimed to analyze the relationship between F8 gene mutation
types and inhibitor development. We showed that there was any association between F8 gene
mutations and the inhibitor development in our study-group. However, these findings should
be confirmed in a larger group of patients. Furthermore, deleterious effects of mutations on
FVIII protein were assayed using in silico tools and 3D molecular modeling. Thus, the
deleterious effects of novel mutations identified in the first part of this study and the mutation
c.200 A>C (just cited in databases but not studied) were predicted. The donor splice site
mutation (c.5219+1G>T) was predicted to be responsible of exon 14 skipping. Moreover, the
novel missense mutation (c.2189G>A) was predicted to be responsible of the breakdown of a
disulfide bridge (Cys630-Cys711). Disruption of this disulfide bridge leads to an inactivation
of the FVIII by destabilization of the A2 domain. The mutation c.200A > C was predicted to
be deleterious to the FVIII structure and function. Differences in physicochemical properties
between the two aa are responsible for the loss of molecular interactions within the FVIII
protein. These overall results, placing patients with hemophilia A in the center of this area of
research, can help in the medium term to install a genetic counseling program for affected
families and to improve a better medical care of hemophiliac patient. In the long term, these
results will contribute to a better understanding of the molecular causes of this disease and to
fostering newer therapeutic strategies
ان هذه األطروحة يه عبارة عن مساهمة يف دراسة وراثية جزيئية ملرض اهليموفيليا )أ( يف اجلزائر. كأول هدف هلذه األطروحة
تمثل يف توصيف التشوهات اجلزيئية يف اجلنيF8 املسؤولة عن اهليموفيليا )أ( يف عينة تتكون من 72 مريض ينتمون ل72
أرسة عن طريق استخدام خمتلف تقنيات ابليولوجيا اجلزيئية et Séquençage,triplex PCR, Rang Long PCR(
(MLPA .لقد سمح اتلحليل اجلزييئ بتحديد مخسة أنواع من الطفرات املسؤولة عن اهليموفيليا )أ( يف 21 أرسة انقالب
جزيئ يف اإلنرتون 77 ،انقالب جزيئ يف إنرتون 2 ،طفرتان هرائيتان (T>5953C.c, T>322A.c , (طفرة يف املوقع املانح
طفرة باستثناء) c.200A>C, c.2189G>A, c.6545G>A) مغلطة طفرات وثالثة) c.5219 + 1G> T) للربط
انقالب جزيئ يف اإلنرتون 77 كثرية االنتشار )15.92 )٪فالطفرات األخرى يه حمددة للك أرسة. يف هذه ادلراسة لقد تم
اكتشاف طفرتني جديدتني (A>2189G.c, T>1G+5219.c (لم يسبق وصفهما يف الشعوب األخرى و باتلايل فهما
ختصان الشعب اجلزائري. يف اجلزء اثلاين هلذه ادلراسة، انصب اهتمامنا ىلع دراسة االستعداد الورايث النتاج املثبطات,
وكذااالرتباط بني حالة االنتاج و نوع الطفرة اجلينيةF8. انلتائج أسفرت عن عدم وجود أي ارتباط بني نوع الطفرات و
انتاج املثبطات. يف اجلزء اثلالث و األخري هلذه ادلراسة سعينا لفهم األيلات اجلزيئية اليت تسبب العجز يف الربوتني
FVIII.ذللك تم دراسة اآلثار الضارة للطفرتني اجلديدتني و طفرةC> A 200.C( مقتبسة من قاعدة ابليانات و غري
مدروسة( عن طريق استخدام برجميات لدلراسة يف السيليكون و انلمذجة اجلزيئية ثالثية األبعاد. ان الطفرة
T>1G+5219.c مسؤولة عن ختطي اكسون 21 يف حني أن الطفرة A>2189G.c مسؤولة عن غياب جرس كربييت يف
الربوتني املسؤول عن احنالل امليدان A2 مما يؤدي اىل زعزعة استقرارالربوتني FVIII . الطفرة C>200A.c أظهرت أتار
سلبية ىلع بنية و وظيفة الربوتني FVIII حبيث االختالفات يف اخلصائص الفزييائية والكيميائية للحمضني االمينني )لزيين و
ثريونني( تؤدي اىل فقدان روابط جزيئية ىلع مستوى الربوتني FVIII .انلتائج املتحصل عليها يف هذا ابلحث تساعد ىلع ىلع
املدى املتوسط بوضع برنامج "االستشارة الوراثية" لألرس املعرضة للخطر و حتسني راعية املرىض . أما ىلع املدى الطويل فهذه
انلتائج ستساهم يف فهم أفضل لآليلات اجلزيئية األصلية هلذا املرض مما يسمح بوضع اسرتاتيجيات عالجية جديدة.
Directeur de thèse : ZEMANI-FODIL ,Faouzia Contribution à l’étude moléculaire de l’hémophilie A dans la population Algérienne [document électronique] / Meriem ABDI, Auteur . - 2014 . - 192 p. + CD.
Langues : Français (fre)
Catégories : Biotechnologie :biologie moléculaire Mots-clés : Hémophilie A, F8, FVIII, anomalies moléculaires, PCR Long Rang, PCR triplex, Séquençage, MLPA, inhibiteurs, étude in silico
Heamophilia A, F8, FVIII, mutations, PCR Long Rang, triplex PCR, DNA
Sequencing, MLPA, inhibitor, in silico.
اهليموفيليا )أ( ،PCR، الطفرات،FVIII ،FRésumé : Cette thèse représente une contribution à l’étude moléculaire de l’hémophilie A dans la population Algérienne. Nous avons eu comme premier objectif de caractériser les anomalies moléculaires du gène F8 responsables l’hémophilie A dans un échantillon constitué de 27 patients appartenant à 21 familles par l’utilisation de différentes méthodes de biologie moléculaire (PCR Long Rang, PCR triplex, Séquençage et MLPA). L’analyse moléculaire du gène F8 a permis l’identification des anomalies moléculaires responsables de l’hémophilie A chez 18 familles. Ces mutations sont de cinq types : la micro-inversion de l’intron 22, la micro-inversion de l’intron 1, deux mutations nonsenses (c.322A>T, c.5953C>T), une mutation au niveau d’un site donneur d’épissage (c.5219+1G>T) et trois mutation faux-sens (c.200A>C, c.2189G>A, c.6545G>A). A l’exception de la micro-inversion de l’intron 22 qui est récurrente (57,89%), les autres types de mutations sont spécifiques à chaque famille. Deux nouvelles mutations (c.5219+1G>T, c.2189G>A) ont été rapportées dans cette étude. Ces deux mutations n’ont jamais été décrites dans d’autres populations ; elles sont spécifiques à la population Algérienne. Dans la deuxième partie de cette étude, nous nous sommes intéressés à l’étude de la prédisposition génétique au développement des inhibiteurs. Ainsi, une corrélation entre le statut développement des inhibiteurs et le type de mutation du gène F8 a été réalisée. Aucune association n’a été identifiée entre le type de mutation du gène F8 et le développement des inhibiteurs dans cet échantillon. Dans le troisième volet de cette thèse, nous avons eu comme objectif de contribuer à la compréhension des mécanises moléculaires à l’origine du déficit de la protéine FVIII. Ainsi, les effets délétères des nouvelles mutations identifiées dans la première partie de cette étude et de la mutation c.200 A>C (citée dans les bases de données et non étudiée) ont été prédits en utilisant une combinaison de logiciels d’étude in silico et de modélisation moléculaire en 3D. La mutation c.5219+1G>T a été prédite comme responsable d’un saut de l’exon 14. D’autre part, la mutation c.2189G>A a été prédite comme responsable de la rupture d’un pont disulfure ayant comme effet la dissociation du domaine A2 responsable d’une déstabilisation du FVIII. La mutation c.200A>C a été prédite comme délétère au niveau de la structure ainsi que la fonction du FVIII. Les différences de propriétés physico-chimiques entre les deux aa sont responsables de la perte des interactions moléculaires au sein de la protéine FVIII. L’ensemble des résultats obtenus, plaçant les patients hémophiles au centre de cette thématique de recherche, pourra contribuer à moyen terme à installer un programme « conseil génétique » pour les familles à risque et à améliorer la prise en charge des patients. A long terme ces résultats pourront contribuer à une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires à l’origine de cette pathologie permettant ainsi le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques
This thesis represents a contribution to the molecular analysis of hemophilia A in the Algerian
population. The aim of the first part of the study was to detect the F8 gene alterations in 27
patients belonging to 21 Algerian families using several biomolecular methods (PCR LR,
triplex PCR, DNA sequencing and MLPA). Molecular analysis of the F8 gene led to the
identification of molecular abnormalities responsible for hemophilia A in 18 families. These
mutations include intron 22 inversion, intron 1 inversion, two nonsense mutations (c.322A>T,
c.5953C>T), one splice site mutation (c.5219+1G>T), and three missense mutations
(c.200A>C, c.2189G>A, c.6545G>A). Except for intron 22 inversion that is recurrent
(57.89%), the other identified mutations are specific to each family. Two novel mutations
(c.5219 +1 G> T, c.2189G > A) were reported in this study. Both mutations have never been
described in other populations; they seem to be specific to the Algerian population. In the
second part of this study, we aimed to analyze the relationship between F8 gene mutation
types and inhibitor development. We showed that there was any association between F8 gene
mutations and the inhibitor development in our study-group. However, these findings should
be confirmed in a larger group of patients. Furthermore, deleterious effects of mutations on
FVIII protein were assayed using in silico tools and 3D molecular modeling. Thus, the
deleterious effects of novel mutations identified in the first part of this study and the mutation
c.200 A>C (just cited in databases but not studied) were predicted. The donor splice site
mutation (c.5219+1G>T) was predicted to be responsible of exon 14 skipping. Moreover, the
novel missense mutation (c.2189G>A) was predicted to be responsible of the breakdown of a
disulfide bridge (Cys630-Cys711). Disruption of this disulfide bridge leads to an inactivation
of the FVIII by destabilization of the A2 domain. The mutation c.200A > C was predicted to
be deleterious to the FVIII structure and function. Differences in physicochemical properties
between the two aa are responsible for the loss of molecular interactions within the FVIII
protein. These overall results, placing patients with hemophilia A in the center of this area of
research, can help in the medium term to install a genetic counseling program for affected
families and to improve a better medical care of hemophiliac patient. In the long term, these
results will contribute to a better understanding of the molecular causes of this disease and to
fostering newer therapeutic strategies
ان هذه األطروحة يه عبارة عن مساهمة يف دراسة وراثية جزيئية ملرض اهليموفيليا )أ( يف اجلزائر. كأول هدف هلذه األطروحة
تمثل يف توصيف التشوهات اجلزيئية يف اجلنيF8 املسؤولة عن اهليموفيليا )أ( يف عينة تتكون من 72 مريض ينتمون ل72
أرسة عن طريق استخدام خمتلف تقنيات ابليولوجيا اجلزيئية et Séquençage,triplex PCR, Rang Long PCR(
(MLPA .لقد سمح اتلحليل اجلزييئ بتحديد مخسة أنواع من الطفرات املسؤولة عن اهليموفيليا )أ( يف 21 أرسة انقالب
جزيئ يف اإلنرتون 77 ،انقالب جزيئ يف إنرتون 2 ،طفرتان هرائيتان (T>5953C.c, T>322A.c , (طفرة يف املوقع املانح
طفرة باستثناء) c.200A>C, c.2189G>A, c.6545G>A) مغلطة طفرات وثالثة) c.5219 + 1G> T) للربط
انقالب جزيئ يف اإلنرتون 77 كثرية االنتشار )15.92 )٪فالطفرات األخرى يه حمددة للك أرسة. يف هذه ادلراسة لقد تم
اكتشاف طفرتني جديدتني (A>2189G.c, T>1G+5219.c (لم يسبق وصفهما يف الشعوب األخرى و باتلايل فهما
ختصان الشعب اجلزائري. يف اجلزء اثلاين هلذه ادلراسة، انصب اهتمامنا ىلع دراسة االستعداد الورايث النتاج املثبطات,
وكذااالرتباط بني حالة االنتاج و نوع الطفرة اجلينيةF8. انلتائج أسفرت عن عدم وجود أي ارتباط بني نوع الطفرات و
انتاج املثبطات. يف اجلزء اثلالث و األخري هلذه ادلراسة سعينا لفهم األيلات اجلزيئية اليت تسبب العجز يف الربوتني
FVIII.ذللك تم دراسة اآلثار الضارة للطفرتني اجلديدتني و طفرةC> A 200.C( مقتبسة من قاعدة ابليانات و غري
مدروسة( عن طريق استخدام برجميات لدلراسة يف السيليكون و انلمذجة اجلزيئية ثالثية األبعاد. ان الطفرة
T>1G+5219.c مسؤولة عن ختطي اكسون 21 يف حني أن الطفرة A>2189G.c مسؤولة عن غياب جرس كربييت يف
الربوتني املسؤول عن احنالل امليدان A2 مما يؤدي اىل زعزعة استقرارالربوتني FVIII . الطفرة C>200A.c أظهرت أتار
سلبية ىلع بنية و وظيفة الربوتني FVIII حبيث االختالفات يف اخلصائص الفزييائية والكيميائية للحمضني االمينني )لزيين و
ثريونني( تؤدي اىل فقدان روابط جزيئية ىلع مستوى الربوتني FVIII .انلتائج املتحصل عليها يف هذا ابلحث تساعد ىلع ىلع
املدى املتوسط بوضع برنامج "االستشارة الوراثية" لألرس املعرضة للخطر و حتسني راعية املرىض . أما ىلع املدى الطويل فهذه
انلتائج ستساهم يف فهم أفضل لآليلات اجلزيئية األصلية هلذا املرض مما يسمح بوضع اسرتاتيجيات عالجية جديدة.
Directeur de thèse : ZEMANI-FODIL ,Faouzia Exemplaires
Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité 4651 02-34-58 Version numérique et papier Bibliothèque USTOMB Thèse de Doctorat Exclu du prêt Documents numériques
Contribution à l’étude moléculaire de l’hémophilie A dans la population AlgérienneAdobe Acrobat PDF
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