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Epidémiologie et caractérisation moléculaire de souches cliniques de Klebsiella pneumoniae productrices de β-Lactamases à Spectre Elargie, isolées de l’Etablissement Hospitalo-Universitaire d’Oran, Algérie. / ZEMMOUR Assia 

Public ISBD Titre : Epidémiologie et caractérisation moléculaire de souches cliniques de Klebsiella pneumoniae productrices de β-Lactamases à Spectre Elargie, isolées de l’Etablissement Hospitalo-Universitaire d’Oran, Algérie. Type de document : texte imprimé Auteurs : ZEMMOUR Assia, Auteur ; RAHMANI Bouabdallah, Auteur Année de publication : 2021-2022 Importance : 168 p. Accompagnement : CD Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :Génétique moléculaire et cellulaire. Mots-clés : Klebsiella pneumoniae, antibiotiques, résistome, virulome, infection nosocomiale, génome, Oran, Algérie. Résumé : Les infections à Klebsiella pneumoniae (KP) sont généralement nosocomiales. Les antibiotiques sont de moins en moins efficace dues à leurs utilisations abusives dont la conséquence est l’augmentation de la résistance des bactéries aux antibiotiques. En Algérie, KP est la première productrice de β-lactamases à spectre étendu (BLSE). Nous avons fait la caractérisation moléculaire et génomique de 219 souches de KP-BLSE isolées entre 2011 et 2012 provenant de l'Etablissement Hospitalier Universitaire d'Oran, 1er novembre 1954. Nous avons étudié, le résistome, le virulome, les systèmes CRISPR-Cas, les prophages, la phylogénétique et les relations entre les différents clones. La confirmation du phénotype de résistance BLSE et l’identification des 219 souches a été réalisé par le test de synergie et MALDI-TOF/MS. 193 souches de KP ont fait objet pour la caractérisation moléculaire par PCR en temps réel (SYBR-Green) pour différents gènes de résistances aux antibiotiques. Le typage génomique par électrophorèse en champ pulsé (PFGE) a permis de sélectionner les souches pour le séquençage de leurs génomes. Après trimming et assemblage des contigs, une caractérisation in silico a été effectuée pour le résistome, le virulome, les systèmes CRISPR, les prophages, la phylogénétique et les relations entre les différents clones. Sur un total de 193, 191 souches comportaient des enzymes du groupe CTX-M-1 (99,96%); dont 19 souches séquencées sont confirmées comme blaCTX-M-15. Une prévalence élevée de qnrB1 (63,21%) et acc(6’)Ib-cr (71,5%) a également été observée. Une souche avait blaOXA-48. Une résistance à la céfoxitine a été observée dans six souches, dont quatre avaient CMYII. L'analyse de séquençage de trois souches a révélé deux variantes de pAmpC (blaCMY-2 et blaCMY-16). La PFGE a permis d’identifier les clones dominants faisait partie du groupe C 11 (n= 31). Le typage moléculaire a révélé 16 types de séquences distincts, parmi lesquels les clones pandémiques ST147 (n = 2), ST23 (n = 1) et ST14 (n = 1). ST147 était le clone le plus répandu entre 2011 et 2012. La prévalence du système CRISPR-Cas était de 52,6%, deux sous-types sont trouvés I-E et I-E*. Deux souches avaient blaCTX-M-15 et hébergées un prophage, mettant en évidence le rôle des phages dans la transmission des gènes de résistance. Il serait intéressant de séquencer plus de souches de KP dans le but est la surviellance de la résistance aux antibiotiques et l’hygiène dans les hôpitaux. Epidémiologie et caractérisation moléculaire de souches cliniques de Klebsiella pneumoniae productrices de β-Lactamases à Spectre Elargie, isolées de l’Etablissement Hospitalo-Universitaire d’Oran, Algérie. [texte imprimé] / ZEMMOUR Assia, Auteur ; RAHMANI Bouabdallah, Auteur . - 2021-2022 . - 168 p. + CD. Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :Génétique moléculaire et cellulaire. Mots-clés : Klebsiella pneumoniae, antibiotiques, résistome, virulome, infection nosocomiale, génome, Oran, Algérie. Résumé : Les infections à Klebsiella pneumoniae (KP) sont généralement nosocomiales. Les antibiotiques sont de moins en moins efficace dues à leurs utilisations abusives dont la conséquence est l’augmentation de la résistance des bactéries aux antibiotiques. En Algérie, KP est la première productrice de β-lactamases à spectre étendu (BLSE). Nous avons fait la caractérisation moléculaire et génomique de 219 souches de KP-BLSE isolées entre 2011 et 2012 provenant de l'Etablissement Hospitalier Universitaire d'Oran, 1er novembre 1954. Nous avons étudié, le résistome, le virulome, les systèmes CRISPR-Cas, les prophages, la phylogénétique et les relations entre les différents clones. La confirmation du phénotype de résistance BLSE et l’identification des 219 souches a été réalisé par le test de synergie et MALDI-TOF/MS. 193 souches de KP ont fait objet pour la caractérisation moléculaire par PCR en temps réel (SYBR-Green) pour différents gènes de résistances aux antibiotiques. Le typage génomique par électrophorèse en champ pulsé (PFGE) a permis de sélectionner les souches pour le séquençage de leurs génomes. Après trimming et assemblage des contigs, une caractérisation in silico a été effectuée pour le résistome, le virulome, les systèmes CRISPR, les prophages, la phylogénétique et les relations entre les différents clones. Sur un total de 193, 191 souches comportaient des enzymes du groupe CTX-M-1 (99,96%); dont 19 souches séquencées sont confirmées comme blaCTX-M-15. Une prévalence élevée de qnrB1 (63,21%) et acc(6’)Ib-cr (71,5%) a également été observée. Une souche avait blaOXA-48. Une résistance à la céfoxitine a été observée dans six souches, dont quatre avaient CMYII. L'analyse de séquençage de trois souches a révélé deux variantes de pAmpC (blaCMY-2 et blaCMY-16). La PFGE a permis d’identifier les clones dominants faisait partie du groupe C 11 (n= 31). Le typage moléculaire a révélé 16 types de séquences distincts, parmi lesquels les clones pandémiques ST147 (n = 2), ST23 (n = 1) et ST14 (n = 1). ST147 était le clone le plus répandu entre 2011 et 2012. La prévalence du système CRISPR-Cas était de 52,6%, deux sous-types sont trouvés I-E et I-E*. Deux souches avaient blaCTX-M-15 et hébergées un prophage, mettant en évidence le rôle des phages dans la transmission des gènes de résistance. Il serait intéressant de séquencer plus de souches de KP dans le but est la surviellance de la résistance aux antibiotiques et l’hygiène dans les hôpitaux.

Exemplaires

Code-barres	Cote	Support	Localisation	Section	Disponibilité
999999	02-34-127	Version numérique et papier	Bibliothèque USTOMB	Thèse de Doctorat	Exclu du prêt

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