Documents disponibles écrits par cet auteur

Caractérisation génétique des populations d’abeilles en Algérie / FRIDI Riad 

Public ISBD Titre : Caractérisation génétique des populations d’abeilles en Algérie Type de document : document électronique Auteurs : FRIDI Riad, Auteur Année de publication : 2021-2022 Accompagnement : CD Langues : Français (fre) Catégories : Biologie Mots-clés : AApis mellifera, bee, haplodiploidy, CSD, polymorphism, subspecies, genetic diversity, haplotype, apiculture.pis mellifera, abeille, haplodiploïdie, CSD, polymorphisme, sous-espèces, diversité génétique, haplotype, apiculture. Résumé : Le choix du thème sur l’abeille s’explique par l’importance de cet insecte en tant qu’élément indispensable à l’environnement ainsi qu’à la production agricole, ainsi, leur disparition impactera à très court terme, l’équilibre des écosystèmes. Il est à souligner qu’au cours de ces dernières années, des affaiblissements du cheptel apicole sont recensés dans le monde. En Algérie, rares sont les études et les enquêtes sur la situation des colonies des abeilles, bien que, des phénomènes de mortalités des abeilles sont signalés. Ainsi, ce travail de thèse a essayé de mettre en évidence la situation des colonies des abeilles en Algérie. Une enquête sur terrain a été menée avec 29 apiculteurs de 14 villes algériennes. Il a été constaté que l’apiculture en Algérie demeure une activité secondaire pratiquée par un nombre très important d’amateurs. De plus, un constat amer qui est l’importation des reines étrangères ??, ce qui menace la pureté des populations locales et peut contribuer au déclin des abeilles constaté. La génétique, au sens large, est l’un des leviers mobilisables pour maîtriser et enrayer la mortalité des abeilles. Ainsi, dans le but de contribuer à la caractérisation de la diversité génétique des sous populations des abeilles locales algériennes, nous avons examiné la structure et la diversité génétique de ces dernières par l’analyse de la région d’intérêt du locus CSD. Cette région a été amplifiée puis séquencée pour 146 abeilles mâles issues des 2 sous populations algériennes (Apis. mellifera. intermissa ; Apis. mellifera. sahariensis). Les séquences obtenues ont été analysées avec l’addition de 183 séquences de la même région d’intérêt obtenues à partir de 5 sous populations européennes étudiées dans le cadre du projet français SeqApiPop. Nous avons pu constater qu’à l’instar des abeilles mellifères déjà étudiées, nos abeilles présentent une variabilité importante au locus CSD. En effet, 119 haplotypes différents ont été mis en évidence et la confrontation de ces derniers aux bases de données internationales a permis l’identification de 85 nouveaux haplotypes. Afin d’étudier si la région d’intérêt de la protéine CSD présente des signatures de sélection, les séquences ont été testées pour les différences non synonymes Ka et synonymes Ks. Le nombre de substitutions non synonymes était beaucoup plus élevé que le nombre de substitutions synonymes, ce qui va dans le sens d’une sélection positive. Cependant, l'analyse de la structuration des sous populations d’Apis mellifera étudiées concernant la région d’intérêt du locus CSD, n’a révélé aucun regroupement logique, toutes les sous populations semblent être mélangés. En conclusion, les nouveaux haplotypes identifiés lors de cette étude pourront servir ultérieurement à d’autres chercheurs pour des études diverses et variées sur le locus CSD. Nos résultats peuvent être utilisés pour fournir plus d'informations sur la diversité du locus CSD à inclure dans les programmes de sélection des populations des abeilles domestiques. En termes de perspectives, il serait très enrichissant d’élargir l’analyse de la diversité génétique sur tout le long du locus CSD afin de trouver une éventuelle structuration entre sous populations des abeilles. En plus de continuer à introduire des abeilles algériennes dans les études de diversité génétique afin d’identifier d’autres nouvelles séquences. The choice of the theme on the bee is explained by the importance of this insect as an essential element of the environment and agricultural production, so their disappearance will impact in the very short term, the balance of ecosystems. It should be noted that in recent years, the weakening of the bee population is recorded in the world. In Algeria, studies and surveys on the situation of bee colonies are rare, although phenomena of bee mortality are reported. Thus, this thesis work has tried to highlight the situation of bee colonies in Algeria. A field survey was conducted on 29 beekeepers in 14 Algerian cities. It was found that beekeeping in Algeria remains a secondary activity practiced by a very large number of amateurs. In addition, a bitter finding that is the import of foreign queens, which threatens the purity of local populations and may contribute to the decline of bees found. Genetics, in the broadest sense, is one of the levers that can be mobilized to control and curb bee mortality. Thus, in order to contribute to the characterization of the genetic diversity of local Algerian bee subpopulations, we examined the structure and genetic diversity of the latter by analyzing the region of interest of the CSD locus. This region was amplified and sequenced for 146 male bees from the 2 Algerian subpopulations (Apis mellifera intermissa; Apis mellifera sahariensis). The obtained sequences were analyzed with the addition of 183 sequences of the same region of interest obtained from 5 European subpopulations studied within the framework of the French project SeqApiPop. We were able to observe that, like the honeybees already studied, our bees present a significant variability at the CSD locus. Indeed, 119 different haplotypes have been identified and the comparison of these haplotypes with international databases has allowed the identification of 85 new haplotypes. In order to study whether the CSD protein region of interest shows selection signatures, the sequences were tested for Ka non-synonymous and Ks synonymous differences. The number of nonsynonymous substitutions was much higher than the number of synonymous substitutions, consistent with positive selection. However, the analysis of the structuring of the Apis mellifera subpopulations studied concerning the region of interest of the CSD locus, revealed no logical grouping, all subpopulations seem to be mixed. In conclusion, the new haplotypes identified in this study can be used in the future by other researchers for various studies on the CSD locus. Our results can be used to provide more information on the diversity of the CSD locus for inclusion in honey bee population selection programs. In terms of perspectives, it would be very rewarding to expand the analysis of genetic diversity along the entire CSD locus in order to find possible structuring between subpopulations of bees. In addition to continue to introduce Algerian bees in the genetic diversity studies in order to identify other new sequences. Directeur de thèse : TABET AOUL Nacera Caractérisation génétique des populations d’abeilles en Algérie [document électronique] / FRIDI Riad, Auteur . - 2021-2022 . -  + CD. Langues : Français (fre) Catégories : Biologie Mots-clés : AApis mellifera, bee, haplodiploidy, CSD, polymorphism, subspecies, genetic diversity, haplotype, apiculture.pis mellifera, abeille, haplodiploïdie, CSD, polymorphisme, sous-espèces, diversité génétique, haplotype, apiculture. Résumé : Le choix du thème sur l’abeille s’explique par l’importance de cet insecte en tant qu’élément indispensable à l’environnement ainsi qu’à la production agricole, ainsi, leur disparition impactera à très court terme, l’équilibre des écosystèmes. Il est à souligner qu’au cours de ces dernières années, des affaiblissements du cheptel apicole sont recensés dans le monde. En Algérie, rares sont les études et les enquêtes sur la situation des colonies des abeilles, bien que, des phénomènes de mortalités des abeilles sont signalés. Ainsi, ce travail de thèse a essayé de mettre en évidence la situation des colonies des abeilles en Algérie. Une enquête sur terrain a été menée avec 29 apiculteurs de 14 villes algériennes. Il a été constaté que l’apiculture en Algérie demeure une activité secondaire pratiquée par un nombre très important d’amateurs. De plus, un constat amer qui est l’importation des reines étrangères ??, ce qui menace la pureté des populations locales et peut contribuer au déclin des abeilles constaté. La génétique, au sens large, est l’un des leviers mobilisables pour maîtriser et enrayer la mortalité des abeilles. Ainsi, dans le but de contribuer à la caractérisation de la diversité génétique des sous populations des abeilles locales algériennes, nous avons examiné la structure et la diversité génétique de ces dernières par l’analyse de la région d’intérêt du locus CSD. Cette région a été amplifiée puis séquencée pour 146 abeilles mâles issues des 2 sous populations algériennes (Apis. mellifera. intermissa ; Apis. mellifera. sahariensis). Les séquences obtenues ont été analysées avec l’addition de 183 séquences de la même région d’intérêt obtenues à partir de 5 sous populations européennes étudiées dans le cadre du projet français SeqApiPop. Nous avons pu constater qu’à l’instar des abeilles mellifères déjà étudiées, nos abeilles présentent une variabilité importante au locus CSD. En effet, 119 haplotypes différents ont été mis en évidence et la confrontation de ces derniers aux bases de données internationales a permis l’identification de 85 nouveaux haplotypes. Afin d’étudier si la région d’intérêt de la protéine CSD présente des signatures de sélection, les séquences ont été testées pour les différences non synonymes Ka et synonymes Ks. Le nombre de substitutions non synonymes était beaucoup plus élevé que le nombre de substitutions synonymes, ce qui va dans le sens d’une sélection positive. Cependant, l'analyse de la structuration des sous populations d’Apis mellifera étudiées concernant la région d’intérêt du locus CSD, n’a révélé aucun regroupement logique, toutes les sous populations semblent être mélangés. En conclusion, les nouveaux haplotypes identifiés lors de cette étude pourront servir ultérieurement à d’autres chercheurs pour des études diverses et variées sur le locus CSD. Nos résultats peuvent être utilisés pour fournir plus d'informations sur la diversité du locus CSD à inclure dans les programmes de sélection des populations des abeilles domestiques. En termes de perspectives, il serait très enrichissant d’élargir l’analyse de la diversité génétique sur tout le long du locus CSD afin de trouver une éventuelle structuration entre sous populations des abeilles. En plus de continuer à introduire des abeilles algériennes dans les études de diversité génétique afin d’identifier d’autres nouvelles séquences. The choice of the theme on the bee is explained by the importance of this insect as an essential element of the environment and agricultural production, so their disappearance will impact in the very short term, the balance of ecosystems. It should be noted that in recent years, the weakening of the bee population is recorded in the world. In Algeria, studies and surveys on the situation of bee colonies are rare, although phenomena of bee mortality are reported. Thus, this thesis work has tried to highlight the situation of bee colonies in Algeria. A field survey was conducted on 29 beekeepers in 14 Algerian cities. It was found that beekeeping in Algeria remains a secondary activity practiced by a very large number of amateurs. In addition, a bitter finding that is the import of foreign queens, which threatens the purity of local populations and may contribute to the decline of bees found. Genetics, in the broadest sense, is one of the levers that can be mobilized to control and curb bee mortality. Thus, in order to contribute to the characterization of the genetic diversity of local Algerian bee subpopulations, we examined the structure and genetic diversity of the latter by analyzing the region of interest of the CSD locus. This region was amplified and sequenced for 146 male bees from the 2 Algerian subpopulations (Apis mellifera intermissa; Apis mellifera sahariensis). The obtained sequences were analyzed with the addition of 183 sequences of the same region of interest obtained from 5 European subpopulations studied within the framework of the French project SeqApiPop. We were able to observe that, like the honeybees already studied, our bees present a significant variability at the CSD locus. Indeed, 119 different haplotypes have been identified and the comparison of these haplotypes with international databases has allowed the identification of 85 new haplotypes. In order to study whether the CSD protein region of interest shows selection signatures, the sequences were tested for Ka non-synonymous and Ks synonymous differences. The number of nonsynonymous substitutions was much higher than the number of synonymous substitutions, consistent with positive selection. However, the analysis of the structuring of the Apis mellifera subpopulations studied concerning the region of interest of the CSD locus, revealed no logical grouping, all subpopulations seem to be mixed. In conclusion, the new haplotypes identified in this study can be used in the future by other researchers for various studies on the CSD locus. Our results can be used to provide more information on the diversity of the CSD locus for inclusion in honey bee population selection programs. In terms of perspectives, it would be very rewarding to expand the analysis of genetic diversity along the entire CSD locus in order to find possible structuring between subpopulations of bees. In addition to continue to introduce Algerian bees in the genetic diversity studies in order to identify other new sequences. Directeur de thèse : TABET AOUL Nacera

Exemplaires

Code-barres	Cote	Support	Localisation	Section	Disponibilité
1946	02-34-132	Version numérique et papier	Bibliothèque USTOMB	Thèse de Doctorat	Exclu du prêt

Documents numériques

02-34-132.pdf Adobe Acrobat PDF