Caractérisation génétique des populations d’abeilles en Algérie / FRIDI Riad 

Public ISBD Titre : Caractérisation génétique des populations d’abeilles en Algérie Type de document : document électronique Auteurs : FRIDI Riad, Auteur Année de publication : 2021-2022 Accompagnement : CD Langues : Français (fre) Catégories : Biologie Mots-clés : AApis mellifera, bee, haplodiploidy, CSD, polymorphism, subspecies, genetic diversity, haplotype, apiculture.pis mellifera, abeille, haplodiploïdie, CSD, polymorphisme, sous-espèces, diversité génétique, haplotype, apiculture. Résumé : Le choix du thème sur l’abeille s’explique par l’importance de cet insecte en tant qu’élément indispensable à l’environnement ainsi qu’à la production agricole, ainsi, leur disparition impactera à très court terme, l’équilibre des écosystèmes. Il est à souligner qu’au cours de ces dernières années, des affaiblissements du cheptel apicole sont recensés dans le monde. En Algérie, rares sont les études et les enquêtes sur la situation des colonies des abeilles, bien que, des phénomènes de mortalités des abeilles sont signalés. Ainsi, ce travail de thèse a essayé de mettre en évidence la situation des colonies des abeilles en Algérie. Une enquête sur terrain a été menée avec 29 apiculteurs de 14 villes algériennes. Il a été constaté que l’apiculture en Algérie demeure une activité secondaire pratiquée par un nombre très important d’amateurs. De plus, un constat amer qui est l’importation des reines étrangères ??, ce qui menace la pureté des populations locales et peut contribuer au déclin des abeilles constaté. La génétique, au sens large, est l’un des leviers mobilisables pour maîtriser et enrayer la mortalité des abeilles. Ainsi, dans le but de contribuer à la caractérisation de la diversité génétique des sous populations des abeilles locales algériennes, nous avons examiné la structure et la diversité génétique de ces dernières par l’analyse de la région d’intérêt du locus CSD. Cette région a été amplifiée puis séquencée pour 146 abeilles mâles issues des 2 sous populations algériennes (Apis. mellifera. intermissa ; Apis. mellifera. sahariensis). Les séquences obtenues ont été analysées avec l’addition de 183 séquences de la même région d’intérêt obtenues à partir de 5 sous populations européennes étudiées dans le cadre du projet français SeqApiPop. Nous avons pu constater qu’à l’instar des abeilles mellifères déjà étudiées, nos abeilles présentent une variabilité importante au locus CSD. En effet, 119 haplotypes différents ont été mis en évidence et la confrontation de ces derniers aux bases de données internationales a permis l’identification de 85 nouveaux haplotypes. Afin d’étudier si la région d’intérêt de la protéine CSD présente des signatures de sélection, les séquences ont été testées pour les différences non synonymes Ka et synonymes Ks. Le nombre de substitutions non synonymes était beaucoup plus élevé que le nombre de substitutions synonymes, ce qui va dans le sens d’une sélection positive. Cependant, l'analyse de la structuration des sous populations d’Apis mellifera étudiées concernant la région d’intérêt du locus CSD, n’a révélé aucun regroupement logique, toutes les sous populations semblent être mélangés. En conclusion, les nouveaux haplotypes identifiés lors de cette étude pourront servir ultérieurement à d’autres chercheurs pour des études diverses et variées sur le locus CSD. Nos résultats peuvent être utilisés pour fournir plus d'informations sur la diversité du locus CSD à inclure dans les programmes de sélection des populations des abeilles domestiques. En termes de perspectives, il serait très enrichissant d’élargir l’analyse de la diversité génétique sur tout le long du locus CSD afin de trouver une éventuelle structuration entre sous populations des abeilles. En plus de continuer à introduire des abeilles algériennes dans les études de diversité génétique afin d’identifier d’autres nouvelles séquences. The choice of the theme on the bee is explained by the importance of this insect as an essential element of the environment and agricultural production, so their disappearance will impact in the very short term, the balance of ecosystems. It should be noted that in recent years, the weakening of the bee population is recorded in the world. In Algeria, studies and surveys on the situation of bee colonies are rare, although phenomena of bee mortality are reported. Thus, this thesis work has tried to highlight the situation of bee colonies in Algeria. A field survey was conducted on 29 beekeepers in 14 Algerian cities. It was found that beekeeping in Algeria remains a secondary activity practiced by a very large number of amateurs. In addition, a bitter finding that is the import of foreign queens, which threatens the purity of local populations and may contribute to the decline of bees found. Genetics, in the broadest sense, is one of the levers that can be mobilized to control and curb bee mortality. Thus, in order to contribute to the characterization of the genetic diversity of local Algerian bee subpopulations, we examined the structure and genetic diversity of the latter by analyzing the region of interest of the CSD locus. This region was amplified and sequenced for 146 male bees from the 2 Algerian subpopulations (Apis mellifera intermissa; Apis mellifera sahariensis). The obtained sequences were analyzed with the addition of 183 sequences of the same region of interest obtained from 5 European subpopulations studied within the framework of the French project SeqApiPop. We were able to observe that, like the honeybees already studied, our bees present a significant variability at the CSD locus. Indeed, 119 different haplotypes have been identified and the comparison of these haplotypes with international databases has allowed the identification of 85 new haplotypes. In order to study whether the CSD protein region of interest shows selection signatures, the sequences were tested for Ka non-synonymous and Ks synonymous differences. The number of nonsynonymous substitutions was much higher than the number of synonymous substitutions, consistent with positive selection. However, the analysis of the structuring of the Apis mellifera subpopulations studied concerning the region of interest of the CSD locus, revealed no logical grouping, all subpopulations seem to be mixed. In conclusion, the new haplotypes identified in this study can be used in the future by other researchers for various studies on the CSD locus. Our results can be used to provide more information on the diversity of the CSD locus for inclusion in honey bee population selection programs. In terms of perspectives, it would be very rewarding to expand the analysis of genetic diversity along the entire CSD locus in order to find possible structuring between subpopulations of bees. In addition to continue to introduce Algerian bees in the genetic diversity studies in order to identify other new sequences. Directeur de thèse : TABET AOUL Nacera Caractérisation génétique des populations d’abeilles en Algérie [document électronique] / FRIDI Riad, Auteur . - 2021-2022 . -  + CD. Langues : Français (fre) Catégories : Biologie Mots-clés : AApis mellifera, bee, haplodiploidy, CSD, polymorphism, subspecies, genetic diversity, haplotype, apiculture.pis mellifera, abeille, haplodiploïdie, CSD, polymorphisme, sous-espèces, diversité génétique, haplotype, apiculture. Résumé : Le choix du thème sur l’abeille s’explique par l’importance de cet insecte en tant qu’élément indispensable à l’environnement ainsi qu’à la production agricole, ainsi, leur disparition impactera à très court terme, l’équilibre des écosystèmes. Il est à souligner qu’au cours de ces dernières années, des affaiblissements du cheptel apicole sont recensés dans le monde. En Algérie, rares sont les études et les enquêtes sur la situation des colonies des abeilles, bien que, des phénomènes de mortalités des abeilles sont signalés. Ainsi, ce travail de thèse a essayé de mettre en évidence la situation des colonies des abeilles en Algérie. Une enquête sur terrain a été menée avec 29 apiculteurs de 14 villes algériennes. Il a été constaté que l’apiculture en Algérie demeure une activité secondaire pratiquée par un nombre très important d’amateurs. De plus, un constat amer qui est l’importation des reines étrangères ??, ce qui menace la pureté des populations locales et peut contribuer au déclin des abeilles constaté. La génétique, au sens large, est l’un des leviers mobilisables pour maîtriser et enrayer la mortalité des abeilles. Ainsi, dans le but de contribuer à la caractérisation de la diversité génétique des sous populations des abeilles locales algériennes, nous avons examiné la structure et la diversité génétique de ces dernières par l’analyse de la région d’intérêt du locus CSD. Cette région a été amplifiée puis séquencée pour 146 abeilles mâles issues des 2 sous populations algériennes (Apis. mellifera. intermissa ; Apis. mellifera. sahariensis). Les séquences obtenues ont été analysées avec l’addition de 183 séquences de la même région d’intérêt obtenues à partir de 5 sous populations européennes étudiées dans le cadre du projet français SeqApiPop. Nous avons pu constater qu’à l’instar des abeilles mellifères déjà étudiées, nos abeilles présentent une variabilité importante au locus CSD. En effet, 119 haplotypes différents ont été mis en évidence et la confrontation de ces derniers aux bases de données internationales a permis l’identification de 85 nouveaux haplotypes. Afin d’étudier si la région d’intérêt de la protéine CSD présente des signatures de sélection, les séquences ont été testées pour les différences non synonymes Ka et synonymes Ks. Le nombre de substitutions non synonymes était beaucoup plus élevé que le nombre de substitutions synonymes, ce qui va dans le sens d’une sélection positive. Cependant, l'analyse de la structuration des sous populations d’Apis mellifera étudiées concernant la région d’intérêt du locus CSD, n’a révélé aucun regroupement logique, toutes les sous populations semblent être mélangés. En conclusion, les nouveaux haplotypes identifiés lors de cette étude pourront servir ultérieurement à d’autres chercheurs pour des études diverses et variées sur le locus CSD. Nos résultats peuvent être utilisés pour fournir plus d'informations sur la diversité du locus CSD à inclure dans les programmes de sélection des populations des abeilles domestiques. En termes de perspectives, il serait très enrichissant d’élargir l’analyse de la diversité génétique sur tout le long du locus CSD afin de trouver une éventuelle structuration entre sous populations des abeilles. En plus de continuer à introduire des abeilles algériennes dans les études de diversité génétique afin d’identifier d’autres nouvelles séquences. The choice of the theme on the bee is explained by the importance of this insect as an essential element of the environment and agricultural production, so their disappearance will impact in the very short term, the balance of ecosystems. It should be noted that in recent years, the weakening of the bee population is recorded in the world. In Algeria, studies and surveys on the situation of bee colonies are rare, although phenomena of bee mortality are reported. Thus, this thesis work has tried to highlight the situation of bee colonies in Algeria. A field survey was conducted on 29 beekeepers in 14 Algerian cities. It was found that beekeeping in Algeria remains a secondary activity practiced by a very large number of amateurs. In addition, a bitter finding that is the import of foreign queens, which threatens the purity of local populations and may contribute to the decline of bees found. Genetics, in the broadest sense, is one of the levers that can be mobilized to control and curb bee mortality. Thus, in order to contribute to the characterization of the genetic diversity of local Algerian bee subpopulations, we examined the structure and genetic diversity of the latter by analyzing the region of interest of the CSD locus. This region was amplified and sequenced for 146 male bees from the 2 Algerian subpopulations (Apis mellifera intermissa; Apis mellifera sahariensis). The obtained sequences were analyzed with the addition of 183 sequences of the same region of interest obtained from 5 European subpopulations studied within the framework of the French project SeqApiPop. We were able to observe that, like the honeybees already studied, our bees present a significant variability at the CSD locus. Indeed, 119 different haplotypes have been identified and the comparison of these haplotypes with international databases has allowed the identification of 85 new haplotypes. In order to study whether the CSD protein region of interest shows selection signatures, the sequences were tested for Ka non-synonymous and Ks synonymous differences. The number of nonsynonymous substitutions was much higher than the number of synonymous substitutions, consistent with positive selection. However, the analysis of the structuring of the Apis mellifera subpopulations studied concerning the region of interest of the CSD locus, revealed no logical grouping, all subpopulations seem to be mixed. In conclusion, the new haplotypes identified in this study can be used in the future by other researchers for various studies on the CSD locus. Our results can be used to provide more information on the diversity of the CSD locus for inclusion in honey bee population selection programs. In terms of perspectives, it would be very rewarding to expand the analysis of genetic diversity along the entire CSD locus in order to find possible structuring between subpopulations of bees. In addition to continue to introduce Algerian bees in the genetic diversity studies in order to identify other new sequences. Directeur de thèse : TABET AOUL Nacera

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1946	02-34-132	Version numérique et papier	Bibliothèque USTOMB	Thèse de Doctorat	Exclu du prêt

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Caractérisation de la pollution atmosphérique (Pb, Cd et Cr) par quelques bioindicateurs végétaux (un lichen Lobaria pulmonaria et une bryophyte Leucodon sciuroides) dans la région d'Oran, Algérie. / KOUADRIA Nawel 

Public ISBD Titre : Caractérisation de la pollution atmosphérique (Pb, Cd et Cr) par quelques bioindicateurs végétaux (un lichen Lobaria pulmonaria et une bryophyte Leucodon sciuroides) dans la région d'Oran, Algérie. Type de document : document électronique Auteurs : KOUADRIA Nawel, Auteur Année de publication : 2021-2022 Accompagnement : CD Langues : Français (fre) Catégories : Biologie Mots-clés : pollution atmosphérique, éléments traces métalliques, ICP-AES, bio-surveillance, bio- indicateur, biomarqueurs, lichens, mousses, Oran, Algérie. Résumé : La dégradation de la qualité de l’air figure parmi les principales préoccupations environnementales, elle menace à la fois les écosystèmes et la santé humaine. Notre travail concerne la caractérisation de la pollution atmosphérique dans la région d’Oran (N.O de l’Algérie) en utilisant la biosurveillance active des ETM (Pb, Cr, Cd) ; approche simple et économique permettant d’apporter une réponse complète sur la qualité de l’air et sur l’impact des polluants sur les organismes vivants. Pour ce faire, deux espèces végétales bioindicatrices ont été choisies ; un lichen Lobaria pulmonaria et une mousse Leucodon sciuroides, en plus d’une enquête épidémiologique faisant appel à 73 sujets exposés à la pollution dans la région d’Oran. Une stratégie de transplantation et d’échantillonnage pertinente au niveau de 12 sites correctement repartis (urbains et péri-urbains), un suivi spatio-temporel pendant 7 mois (Septembre à Juin) et la mesure de certains paramètres physiologiques tels que (l’activité enzymatique (APX, GPX, CAT), la chlorophylle et le rapport MF/MS) combinés à l’analyse des ETM (Pb, Cr et C) par ICP-AES dans les échantillons de végétaux et les échantillons sanguins, nous ont permis d’évaluer l’état de la pollution atmosphérique par les ETM engendrés par le trafic routier et les rejets industriels, ainsi que son impact sur les bioindicateurs végétaux et sur la population Oranaise exposée. Une corrélation significative a été enregistrée entre les teneurs en ETM dans les transplants végétaux et dans le sang, ainsi qu’entre les ETM et l’induction enzymatique. Par contre, une corrélation significative négative a été notée également entre les concentrations des ETM, d’une part avec les teneurs en chlorophylle, et d’autre part avec le rapport MF/MS. Les niveaux de pollution identifiés révèlent que la ville d’Oran se caractérise globalement par une pollution élevée avec toutes les répercussions et les risques associés sur la population et son environnement. Directeur de thèse : ALIOUA BERREBBAH Amel Caractérisation de la pollution atmosphérique (Pb, Cd et Cr) par quelques bioindicateurs végétaux (un lichen Lobaria pulmonaria et une bryophyte Leucodon sciuroides) dans la région d'Oran, Algérie. [document électronique] / KOUADRIA Nawel, Auteur . - 2021-2022 . -  + CD. Langues : Français (fre) Catégories : Biologie Mots-clés : pollution atmosphérique, éléments traces métalliques, ICP-AES, bio-surveillance, bio- indicateur, biomarqueurs, lichens, mousses, Oran, Algérie. Résumé : La dégradation de la qualité de l’air figure parmi les principales préoccupations environnementales, elle menace à la fois les écosystèmes et la santé humaine. Notre travail concerne la caractérisation de la pollution atmosphérique dans la région d’Oran (N.O de l’Algérie) en utilisant la biosurveillance active des ETM (Pb, Cr, Cd) ; approche simple et économique permettant d’apporter une réponse complète sur la qualité de l’air et sur l’impact des polluants sur les organismes vivants. Pour ce faire, deux espèces végétales bioindicatrices ont été choisies ; un lichen Lobaria pulmonaria et une mousse Leucodon sciuroides, en plus d’une enquête épidémiologique faisant appel à 73 sujets exposés à la pollution dans la région d’Oran. Une stratégie de transplantation et d’échantillonnage pertinente au niveau de 12 sites correctement repartis (urbains et péri-urbains), un suivi spatio-temporel pendant 7 mois (Septembre à Juin) et la mesure de certains paramètres physiologiques tels que (l’activité enzymatique (APX, GPX, CAT), la chlorophylle et le rapport MF/MS) combinés à l’analyse des ETM (Pb, Cr et C) par ICP-AES dans les échantillons de végétaux et les échantillons sanguins, nous ont permis d’évaluer l’état de la pollution atmosphérique par les ETM engendrés par le trafic routier et les rejets industriels, ainsi que son impact sur les bioindicateurs végétaux et sur la population Oranaise exposée. Une corrélation significative a été enregistrée entre les teneurs en ETM dans les transplants végétaux et dans le sang, ainsi qu’entre les ETM et l’induction enzymatique. Par contre, une corrélation significative négative a été notée également entre les concentrations des ETM, d’une part avec les teneurs en chlorophylle, et d’autre part avec le rapport MF/MS. Les niveaux de pollution identifiés révèlent que la ville d’Oran se caractérise globalement par une pollution élevée avec toutes les répercussions et les risques associés sur la population et son environnement. Directeur de thèse : ALIOUA BERREBBAH Amel

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1913	02-34-131	Version numérique et papier	Bibliothèque USTOMB	Thèse de Doctorat	Exclu du prêt

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Contribution à l’étude immunogénétique de la spondylarthrite ankylosante dans l’Ouest Algérien par l’exploration de polymorphismes nucléotidiques simples et de variations de nombre de copies / DAHMANI Chahinez Amira 

Public ISBD Titre : Contribution à l’étude immunogénétique de la spondylarthrite ankylosante dans l’Ouest Algérien par l’exploration de polymorphismes nucléotidiques simples et de variations de nombre de copies Type de document : document électronique Auteurs : DAHMANI Chahinez Amira, Auteur Année de publication : 2017-2018 Accompagnement : CD Langues : Français (fre) Catégories : Biologie Mots-clés : Spondylarthrite ankylosante, HLA-B27, SNPs, CNVs, Ouest algérien. Ankylosing spondylitis, HLA-B27, SNPs, CNVs, West Algerian. Résumé : La spondylarthrite ankylosante (SA) est un rhumatisme inflammatoire chronique. Plus d’une vingtaine de locus de susceptibilité à la SA ont été identifiés à ce jour, mais le HLA-B27 reste le facteur de risque génétique majeur. L’objectif de ce travail était de rechercher les associations entre des gènes-candidats et la susceptibilité à la SA. Nous avons tout d’abord, vérifié l’association entre l’antigène HLAB27 et la maladie dans la population de l’Ouest Algérien. Ensuite, nous avons recherché l’association entre les polymorphismes [CTLA4] rs3087243 (A>G), [REL] rs13031237 (G>T), [CD40] rs4810485 (G>T), [PRKCQ] rs4750316 (G>C), [ACE] rs4340 (I/D) et la SA. Nous nous sommes également intéressé à étudier l’impact des variations de nombre de copies (CNVs) au niveau des gènes FCGR3A, FCGR3B et CCL3L1 sur la survenue de cette maladie. La présente étude a été réalisée sur deux échantillons, 83 patients atteints de la SA et 131 contrôles, tous originaire de l’Ouest Algérien. Le génotypage a été réalisé par la technique de discrimination allélique en temps réel (TaqMan) pour l’exploration des SNPs [CTLA4] rs3087243, [REL] rs13031237, [CD40] rs4810485 et [PRKCQ] rs4750316. Par ailleurs, nous avons utilisé la technique de la PCR multiplex pour le génotypage du polymorphisme [ACE] rs4340. Enfin, les marqueurs CNVs ont été explorés par la Droplet Digital PCR (ddPCR). Nous avons confirmé l’association entre la spécificité HLA-B27 et la survenue de la SA dans la population de l’Ouest algérien. De plus, nos résultats suggèrent que l’allèle G du polymorphisme [CTLA4] rs3087243 semble être associé à la susceptibilité de développer la SA. Après stratification selon l’âge et le sexe, ce polymorphisme a été associé à la SA dans le groupe de femmes et le groupe de sujets ayant un âge > 30 ans. Par ailleurs, notre étude a montré que les CNVs < 2 copies du gène FCGR3A semblent être associés à la survenue de la SA dans la population Algérienne. Après stratification selon l’âge et le sexe, les délétions du gène FCGR3A ont été associé à la SA dans le groupe de femmes et celui des sujets ayant plus que 30 ans. Pour conclure, cette étude suggère que le polymorphisme [CTLA4] rs3087243 et les CNVs < 2 copies du gène FCGR3A auraient un effet indépendant de l’antigène HLA-B27 dans la contribution génétique de la SA dans la population de l’Ouest algérien. Cependant, les CNVs > 2 copies du gène CCL3L1 auraient plutôt, un effet additif. En perspectives, il serait nécessaire de confirmer nos résultats sur un échantillon plus large et d’explorer d’autres polymorphismes de nouveaux gènes candidats. Ankylosing spondylitis (AS) is a chronic inflammatory rheumatism. Until now, more than twenty susceptibility loci to AS disease have been identified, but HLA-B27 remains the major genetic risk factor. The aims of this work were to investigate associations between candidate genes and the susceptibility to AS. We first checked the association between the HLA-B27 antigen and the disease in the population of western Algeria. Next, we looked for the association between polymorphisms [CTLA4] rs3087243 (A> G), [REL] rs13031237 (G> T), [CD40] rs4810485 (G> T), [PRKCQ] rs4750316 (G> C), [ACE] rs4340 (I / D) and the AS risk. We have also studied the impact of copy number variations (CNVs) on the FCGR3A, FCGR3B and CCL3L1 genes on the occurrence of this disease. The present study was performed on two samples, 83 patients with AS and 131 controls, all from western Algeria. Genotyping for SNPs [CTLA4] rs3087243, [REL] rs13031237,[CD40] rs4810485 and [PRKCQ] rs4750316 was performed by the real-time allelic discrimination (TaqMan). In addition, we used the multiplex PCR technique for genotyping the [ACE] rs4340 polymorphism. Finally, CNVs polymorphisms have been explored by the Droplet Digital PCR (ddPCR) We confirmed the association between the HLA-B27 specificity and the onset of AS disease in the population of western Algeria. Our results suggest that the G allele of the [CTLA4] polymorphism rs3087243 seems to be associated with the development of AS. After stratification by age and gender, this polymorphism was associated with AS in the group of women and the group of subjects> 30 years of age. Our study also shows that CNVs less than 2 copies (<2 copies) of the FCGR3A gene appear to be associated with the onset of AS. In addition, this study suggested that the [CTLA4] rs3087243 polymorphisms and the CNVs < 2 copies of the FCGR3A gene have an HLA-B27 antigen-independent effect in susceptibility to AS in the western Algerian population. However, CNVs > 2 copies of the CCL3L1 gene have an additive effect. Our results need to be confirmed on a larger sample and other candidate genes polymorphisms should be explored. Directeur de thèse : BOUDJEMA Abdallah Contribution à l’étude immunogénétique de la spondylarthrite ankylosante dans l’Ouest Algérien par l’exploration de polymorphismes nucléotidiques simples et de variations de nombre de copies [document électronique] / DAHMANI Chahinez Amira, Auteur . - 2017-2018 . -  + CD. Langues : Français (fre) Catégories : Biologie Mots-clés : Spondylarthrite ankylosante, HLA-B27, SNPs, CNVs, Ouest algérien. Ankylosing spondylitis, HLA-B27, SNPs, CNVs, West Algerian. Résumé : La spondylarthrite ankylosante (SA) est un rhumatisme inflammatoire chronique. Plus d’une vingtaine de locus de susceptibilité à la SA ont été identifiés à ce jour, mais le HLA-B27 reste le facteur de risque génétique majeur. L’objectif de ce travail était de rechercher les associations entre des gènes-candidats et la susceptibilité à la SA. Nous avons tout d’abord, vérifié l’association entre l’antigène HLAB27 et la maladie dans la population de l’Ouest Algérien. Ensuite, nous avons recherché l’association entre les polymorphismes [CTLA4] rs3087243 (A>G), [REL] rs13031237 (G>T), [CD40] rs4810485 (G>T), [PRKCQ] rs4750316 (G>C), [ACE] rs4340 (I/D) et la SA. Nous nous sommes également intéressé à étudier l’impact des variations de nombre de copies (CNVs) au niveau des gènes FCGR3A, FCGR3B et CCL3L1 sur la survenue de cette maladie. La présente étude a été réalisée sur deux échantillons, 83 patients atteints de la SA et 131 contrôles, tous originaire de l’Ouest Algérien. Le génotypage a été réalisé par la technique de discrimination allélique en temps réel (TaqMan) pour l’exploration des SNPs [CTLA4] rs3087243, [REL] rs13031237, [CD40] rs4810485 et [PRKCQ] rs4750316. Par ailleurs, nous avons utilisé la technique de la PCR multiplex pour le génotypage du polymorphisme [ACE] rs4340. Enfin, les marqueurs CNVs ont été explorés par la Droplet Digital PCR (ddPCR). Nous avons confirmé l’association entre la spécificité HLA-B27 et la survenue de la SA dans la population de l’Ouest algérien. De plus, nos résultats suggèrent que l’allèle G du polymorphisme [CTLA4] rs3087243 semble être associé à la susceptibilité de développer la SA. Après stratification selon l’âge et le sexe, ce polymorphisme a été associé à la SA dans le groupe de femmes et le groupe de sujets ayant un âge > 30 ans. Par ailleurs, notre étude a montré que les CNVs < 2 copies du gène FCGR3A semblent être associés à la survenue de la SA dans la population Algérienne. Après stratification selon l’âge et le sexe, les délétions du gène FCGR3A ont été associé à la SA dans le groupe de femmes et celui des sujets ayant plus que 30 ans. Pour conclure, cette étude suggère que le polymorphisme [CTLA4] rs3087243 et les CNVs < 2 copies du gène FCGR3A auraient un effet indépendant de l’antigène HLA-B27 dans la contribution génétique de la SA dans la population de l’Ouest algérien. Cependant, les CNVs > 2 copies du gène CCL3L1 auraient plutôt, un effet additif. En perspectives, il serait nécessaire de confirmer nos résultats sur un échantillon plus large et d’explorer d’autres polymorphismes de nouveaux gènes candidats. Ankylosing spondylitis (AS) is a chronic inflammatory rheumatism. Until now, more than twenty susceptibility loci to AS disease have been identified, but HLA-B27 remains the major genetic risk factor. The aims of this work were to investigate associations between candidate genes and the susceptibility to AS. We first checked the association between the HLA-B27 antigen and the disease in the population of western Algeria. Next, we looked for the association between polymorphisms [CTLA4] rs3087243 (A> G), [REL] rs13031237 (G> T), [CD40] rs4810485 (G> T), [PRKCQ] rs4750316 (G> C), [ACE] rs4340 (I / D) and the AS risk. We have also studied the impact of copy number variations (CNVs) on the FCGR3A, FCGR3B and CCL3L1 genes on the occurrence of this disease. The present study was performed on two samples, 83 patients with AS and 131 controls, all from western Algeria. Genotyping for SNPs [CTLA4] rs3087243, [REL] rs13031237,[CD40] rs4810485 and [PRKCQ] rs4750316 was performed by the real-time allelic discrimination (TaqMan). In addition, we used the multiplex PCR technique for genotyping the [ACE] rs4340 polymorphism. Finally, CNVs polymorphisms have been explored by the Droplet Digital PCR (ddPCR) We confirmed the association between the HLA-B27 specificity and the onset of AS disease in the population of western Algeria. Our results suggest that the G allele of the [CTLA4] polymorphism rs3087243 seems to be associated with the development of AS. After stratification by age and gender, this polymorphism was associated with AS in the group of women and the group of subjects> 30 years of age. Our study also shows that CNVs less than 2 copies (<2 copies) of the FCGR3A gene appear to be associated with the onset of AS. In addition, this study suggested that the [CTLA4] rs3087243 polymorphisms and the CNVs < 2 copies of the FCGR3A gene have an HLA-B27 antigen-independent effect in susceptibility to AS in the western Algerian population. However, CNVs > 2 copies of the CCL3L1 gene have an additive effect. Our results need to be confirmed on a larger sample and other candidate genes polymorphisms should be explored. Directeur de thèse : BOUDJEMA Abdallah

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1572	02-34-107	Version numérique et papier	Bibliothèque USTOMB	Thèse de Doctorat	Exclu du prêt

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Etude de la diversité bactérienne du lait maternel et des selles des nouveau-nés au sein d’une population de l’ouest Algérien : approche phénotypique et moléculaire / MEKHICI-TALHI Malika 

Public ISBD Titre : Etude de la diversité bactérienne du lait maternel et des selles des nouveau-nés au sein d’une population de l’ouest Algérien : approche phénotypique et moléculaire Type de document : document électronique Auteurs : MEKHICI-TALHI Malika, Auteur Année de publication : 2018-2019 Accompagnement : CD Langues : Français (fre) Catégories : Biologie Microbiologie et Biologie Moléculaire Mots-clés : taux d’Allaitement, lait maternel, selles de nouveau-nés, antagonisme, profils ITS (Internal Transcribed Sequence), ARNr16S, SDS-PAGE, probiotiques Résumé : groupes de bactéries lactiques par les tests phénotypiques et moléculaires. Dans ce travail, nous nous sommes proposé d'explorer les facteurs influençant les durées de l'allaitement maternel exclusif (AM) auprès de 206 mères résidantes de la région d’ORAN. 87,86 % des mamans ont allaité leurs bébés au sein à la naissance. Nous avons déduit que la prévalence d’allaitement maternel dans notre région est importante et fortement liée à l’âge des mères. Le pourcentage d’allaitement jusqu’à 4 mois et de 42,85% chez les mères de plus de 35 ans. Pour mieux connaitre la situation de l’allaitement naturel dans notre région, nous avons comparé nos résultats avec celles qui ont déjà été cités dans les études réalisées précédemment au niveau national et international. Dans la seconde partie de notre travail, nous avons procédé à une analyse microbiologique de 78 échantillons de lait maternel et 62 échantillons de selles de nouveau-nés sélectionnés et récoltées auprès des mères interrogées. L’objectif principal était d’isoler et identifier la flore microbienne lactique et non lactique du lait maternel et des selles des nouveau-nés. Dans ce contexte, plus de 252 souches bactériennes ont été isolées à partir du lait maternel et des selles de nouveau-nés. Dans un premier temps, nous avons sélectionné des isolats qui font partie des Nous avons réalisé un premier tri des souches sur base de leurs l’empreinte ITS (Internal Transcribed Sequence). Ces souches ont été identifiées sur base de la séquence du gène de l’ARNr 16S. Par la suite, nous avons évalué les propriétés technologiques et probiotiques des bactéries lactiques isolées. Les souches isolées appartiennent aux genres Lactobacillus, Enterococcus et Lactococcus, Leuconostoc et Staphylococcus. Enterococcus faecium est l’espèce la plus fréquente dans le lait maternel (40,8%) et dans les selles (42,5%). Selon le mode de vie des mères, nous avons remarqué que le genre Enterococcus est le genre le plus fréquemment isolé du lait des mères des milieux rural et urbain. Nos résultats nous ont permis aussi d’identifier 12 souches qui ont un effet multi antagoniste contre Micrococcus, Pseudomonas et Listeria inocoa. Par la suite, trente souches de bactéries lactiques ont été sélectionnées comme souches potentiellement probiotiques. Il est donc important de poursuivre leur caractérisation pour choisir celles qui pourraient être utilisées comme souches probiotiques contre des troubles gastro-intestinaux. Directeur de thèse : KACEM Mourad Etude de la diversité bactérienne du lait maternel et des selles des nouveau-nés au sein d’une population de l’ouest Algérien : approche phénotypique et moléculaire [document électronique] / MEKHICI-TALHI Malika, Auteur . - 2018-2019 . -  + CD. Langues : Français (fre) Catégories : Biologie Microbiologie et Biologie Moléculaire Mots-clés : taux d’Allaitement, lait maternel, selles de nouveau-nés, antagonisme, profils ITS (Internal Transcribed Sequence), ARNr16S, SDS-PAGE, probiotiques Résumé : groupes de bactéries lactiques par les tests phénotypiques et moléculaires. Dans ce travail, nous nous sommes proposé d'explorer les facteurs influençant les durées de l'allaitement maternel exclusif (AM) auprès de 206 mères résidantes de la région d’ORAN. 87,86 % des mamans ont allaité leurs bébés au sein à la naissance. Nous avons déduit que la prévalence d’allaitement maternel dans notre région est importante et fortement liée à l’âge des mères. Le pourcentage d’allaitement jusqu’à 4 mois et de 42,85% chez les mères de plus de 35 ans. Pour mieux connaitre la situation de l’allaitement naturel dans notre région, nous avons comparé nos résultats avec celles qui ont déjà été cités dans les études réalisées précédemment au niveau national et international. Dans la seconde partie de notre travail, nous avons procédé à une analyse microbiologique de 78 échantillons de lait maternel et 62 échantillons de selles de nouveau-nés sélectionnés et récoltées auprès des mères interrogées. L’objectif principal était d’isoler et identifier la flore microbienne lactique et non lactique du lait maternel et des selles des nouveau-nés. Dans ce contexte, plus de 252 souches bactériennes ont été isolées à partir du lait maternel et des selles de nouveau-nés. Dans un premier temps, nous avons sélectionné des isolats qui font partie des Nous avons réalisé un premier tri des souches sur base de leurs l’empreinte ITS (Internal Transcribed Sequence). Ces souches ont été identifiées sur base de la séquence du gène de l’ARNr 16S. Par la suite, nous avons évalué les propriétés technologiques et probiotiques des bactéries lactiques isolées. Les souches isolées appartiennent aux genres Lactobacillus, Enterococcus et Lactococcus, Leuconostoc et Staphylococcus. Enterococcus faecium est l’espèce la plus fréquente dans le lait maternel (40,8%) et dans les selles (42,5%). Selon le mode de vie des mères, nous avons remarqué que le genre Enterococcus est le genre le plus fréquemment isolé du lait des mères des milieux rural et urbain. Nos résultats nous ont permis aussi d’identifier 12 souches qui ont un effet multi antagoniste contre Micrococcus, Pseudomonas et Listeria inocoa. Par la suite, trente souches de bactéries lactiques ont été sélectionnées comme souches potentiellement probiotiques. Il est donc important de poursuivre leur caractérisation pour choisir celles qui pourraient être utilisées comme souches probiotiques contre des troubles gastro-intestinaux. Directeur de thèse : KACEM Mourad

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Code-barres	Cote	Support	Localisation	Section	Disponibilité
1652	02-34-114	Version numérique et papier	Bibliothèque USTOMB	Thèse de Doctorat	Exclu du prêt

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Système informatisé d’enregistrement séquentiel des potentiels évoques auditifs précoces, adapte à la surveillance des malades comateux. / Olivier BERTRAND

Public ISBD Titre : Système informatisé d’enregistrement séquentiel des potentiels évoques auditifs précoces, adapte à la surveillance des malades comateux. Type de document : texte imprimé Auteurs : Olivier BERTRAND, Auteur Année de publication : 1985 Langues : Français (fre) Catégories : Biologie Mots-clés : Génie Biologique et Médical  Potentiels évoqués cérébraux  Monitoring  Coma  Filtrage. Résumé : Ce travail présente la définition et la réalisation d’un système informatisé d’enregistrement séquentiel des potentiels évoqués auditifs précoces (potentiels évoqués du tronc cérébral), adapté à la surveillance des malades comateux en réanimation. Il est en effet important de suivre l’état fonctionnel du tronc cérébral chez ces malades sujets à des hypertensions intracrâniennes rapides (hernie cérébrale). Le problème consistait à enregistrer ces potentiels évoqués dans un temps assez court, et à répéter ces enregistrements de façon régulière, avec une cadence rapide. Nous avons pour cela développé et évalué expérimentalement une nouvelle technique numérique de filtrage optimal et adaptatif, issue de la théorie de WIENNER. Cette méthode consiste à calculer le filtre à appliquer à des moyennes élémentaires obtenues après 200 stimulations seulement pour éliminer le bruit de fond. Après chaque nouveau potentiel enregistré, le filtre est réactualisé en fonction des caractéristiques fréquentielles du signal et du bruit au cours du temps. Il est ainsi possible d’obtenir, en 10 secondes toutes les 2 minutes, un potentiel évoqué auditif précoce parfaitement interprétable. Un algorithme de détection automatique des pics formant le potentiel a été également développé et testé. Un système complet micro-informatisé a été réalisé et est opérationnel en réanimation. Les latences des pics de la réponse sont présentées en temps réel sous forme de courbes de tendance sur plusieurs heures. Des modifications rapides et lentes des réponses ont été observées au cours d’enregistrement chez des malades dans le coma. Des interprétations des phénomènes ont été proposées à partir des corrélations avec les courbes de pression artérielle, de pression intracrânienne, et d’autres paramètres physiologiques et cliniques. Directeur de thèse : BERNARD Marc Système informatisé d’enregistrement séquentiel des potentiels évoques auditifs précoces, adapte à la surveillance des malades comateux. [texte imprimé] / Olivier BERTRAND, Auteur . - 1985. Langues : Français (fre) Catégories : Biologie Mots-clés : Génie Biologique et Médical  Potentiels évoqués cérébraux  Monitoring  Coma  Filtrage. Résumé : Ce travail présente la définition et la réalisation d’un système informatisé d’enregistrement séquentiel des potentiels évoqués auditifs précoces (potentiels évoqués du tronc cérébral), adapté à la surveillance des malades comateux en réanimation. Il est en effet important de suivre l’état fonctionnel du tronc cérébral chez ces malades sujets à des hypertensions intracrâniennes rapides (hernie cérébrale). Le problème consistait à enregistrer ces potentiels évoqués dans un temps assez court, et à répéter ces enregistrements de façon régulière, avec une cadence rapide. Nous avons pour cela développé et évalué expérimentalement une nouvelle technique numérique de filtrage optimal et adaptatif, issue de la théorie de WIENNER. Cette méthode consiste à calculer le filtre à appliquer à des moyennes élémentaires obtenues après 200 stimulations seulement pour éliminer le bruit de fond. Après chaque nouveau potentiel enregistré, le filtre est réactualisé en fonction des caractéristiques fréquentielles du signal et du bruit au cours du temps. Il est ainsi possible d’obtenir, en 10 secondes toutes les 2 minutes, un potentiel évoqué auditif précoce parfaitement interprétable. Un algorithme de détection automatique des pics formant le potentiel a été également développé et testé. Un système complet micro-informatisé a été réalisé et est opérationnel en réanimation. Les latences des pics de la réponse sont présentées en temps réel sous forme de courbes de tendance sur plusieurs heures. Des modifications rapides et lentes des réponses ont été observées au cours d’enregistrement chez des malades dans le coma. Des interprétations des phénomènes ont été proposées à partir des corrélations avec les courbes de pression artérielle, de pression intracrânienne, et d’autres paramètres physiologiques et cliniques. Directeur de thèse : BERNARD Marc

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4610	02-34-102	version papier	Bibliothèque USTOMB	Thèse de Doctorat	Exclu du prêt

Typologie et caractérisation des populations de poules locales dans le Sud-Ouest algérien / BOUDALI Selma Farah 

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