Contribution à la caractérisation génétique des parodontites dans la population Algérienne / BOUKORTT Kawther Nourelhouda 

Public ISBD Titre : Contribution à la caractérisation génétique des parodontites dans la population Algérienne Type de document : document électronique Auteurs : BOUKORTT Kawther Nourelhouda, Auteur ; SAIDI-OUAHRANI Nadjia, Directeur de thèse Année de publication : 2016 Importance : 166 p. Accompagnement : CD Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :Génétique moléculaire et cellulaire. Mots-clés : parodontite, héritabilité, polymorphismes, IL-1A, IL-1B, population Algérienne periodontitis, heritability, polymorphisms IL-1A, IL-1B, Algerian population التهاب اللثة، التوريث,تعدد اشكال الجينات, الانترلوكين واحد الفا, الانترلوكين واحد بيتا, الشعب الجزائري Résumé : Les parodontites agressives (PA) et chroniques (PC) sont des pathologies infectieuses buccales ayant une étiologie complexe et multifactorielle. La destruction inflammatoire de la structure porteuse de la dent causant les parodontites résulte de l'interaction entre les facteurs microbiens et les facteurs immunogénétiques. Le mécanisme d'action exact par lequel les facteurs génétiques modifient le cours de ces pathologies est encore mal compris. Nous avons fait appel à différentes approches d’études, dans le but de contribuer à la caractérisation génétique des parodontites au sein des familles Algériennes. Dans la première partie de notre étude, nous avons analysé des arbres généalogiques de 100 familles présentant ces affections. Cette première approche est appuyée par une étude de génétique quantitative, permettant d’estimer l’héritabilité des deux formes de la parodontite. Dans la seconde partie, nous avons recherché l’association entre les deux polymorphismes génétiques IL-1A (C-889T) (rs1800587), IL-1B (C+3954T) (rs1143634) et l’apparition des parodontites, par le biais d’une étude cas/ témoin. Nous avons génotypé 297 sujets (128 témoins sains et 151 cas dont 60 sujets souffrants de la PA et 91 présentant la PC). Le génotypage a été réalisé par discrimination allélique TaqMan. Les différents paramètres cliniques et environnementaux pouvant accroitre le risque de pathogenèse et de survenue de la maladie ont été également étudiés. La comparaison des fréquences alléliques, génotypiques et haplotypiques entre les deux groupes a été établi par le calcul de l’odds ratio (OR) avec un intervalle de confiance de 95%. L’analyse familiale a montré que le mode de transmission des parodontites n’est pas simple mais complexe. En outre, l’approche quantitative a montré que le développement de la PA et la PC dans ces familles est dû à une part génétique considérable de 46% et de 84% respectivement. Concernant l’étude moléculaire, des différences significatives ont été rapportées concernant l’allèle mineur "T "des deux polymorphismes. Nous avons trouvé que les polymorphismes IL-1A (C-889T) et IL-1B (C+3954T) jouent un rôle significatif dans le risque de développement des parodontites dans la population Algérienne. Nous concluons dans cette étude que le mode de transmission des parodontites est complexe, incluant une part importante de la composante génétique représentée par des valeurs d’héritabilité de 46% pour la PA et à 84% pour la PC. Les polymorphismes IL-1A (C-889T) et IL-1B (C+3954T) semblent être associés à la survenue de la forme agressive de la parodontite. Il serait intéressant d’explorer d’autres polymorphismes des gènes intervenants dans la réponse inflammatoire. Mais il est surtout important d’accroitre le nombre de familles étudiées afin de caractériser d’une manière plus précise la susceptibilité et le déterminisme génétique des parodontites dans la population Algérienne. Chronic aggressive periodontitis (PA) and periodontitis (PC) are oral infectious diseases having a complex and multifactorial etiology. Inflammatory destruction of the supporting structure of the tooth causing periodontitis results from the interaction between the microbial and the immunogenetic factors. The exact mechanism of action by which genetic factors modify the course of PA and PC, is still poorly understood. We have used different approaches to studies, to contribute to the genetic characterization of chronic and aggressive periodontitis among Algerian families. In the first part of our study, we looked at two genetic approaches, analysis of a hundred families’ trees and a quantitative genetic study. This first approach is supported by the second, quantitative genetic study to estimate the heritability of both forms of periodontitis. In the second part of this study, we genotyped the two genetic variants IL-1A (C-889T) (rs1800587) and IL-1B (C+3954T) (rs1143634) by means of cases / controls including 297 subjects (128 healthy controls and 151 cases including 91 with chronic form and 60 subjects with aggressive). Genotyping was performed by TaqMan allelic discrimination to seek a possible association between these polymorphisms and the occurrence of periodontitis in the Algerian population. The various clinical and environmental factors that may increases the risk reports of its pathogenesis and its occurrence were also studied. Comparison of alleles, genotypes and haplotypes frequencies between the two groups was determined by calculating the odds ratio with a 95% confidence interval. The family analysis showed that the mode of transmission of periodontitis is not simple but complex. In addition, the quantitative approach has shown that the development of the PA or the PC in these families is due to a considerable genetic contribution of 46% and 84% respectively. In the molecular study, significant differences have been reported for the minor allele "T" of the two polymorphisms. We conclude that the IL-1A (C-889T) and IL-1B (C+3954T) polymorphisms have a significant role in the risk of developing periodontitis in the Algerian population. We conclude in this study complex genetic determinism of periodontitis including a significant portion of the genetic component representing heritability values by 46% for the PA and 84% for the PC. Polymorphisms IL-1A (C-889T) and IL-1B (C + 3954T) appear to be associated with the occurrence of the aggressive form of periodontitis. It would be interesting to explore other polymorphisms genes of the inflammatory response. Also it would be necessary to increase the number of studied families to characterize a more precise genetic determinism of periodontitis in Algerian population. مرض التهاب اللثة هو مرض يصيب الفم لأسباب معقدة. خراب البنية الحاملة للأسنان الناتج عن الالتهاب مسببة مرض التهاب اللثة متعدد العوامل بطبيعته. ينتج عن تفاعل عوامل عدة منها العوامل الميكروبية, العوامل البيئية و المناعية, مع قابلية المرض بالعوامل الوراثية. الآلية الدقيقة لتأثير العوامل الوراثية على مسار مرض التهاب اللثة مازالت غير مفهومة بالكامل. وقد استخدمنا دراسات المناهج المختلفة للمساهمة في توصيف الوراثي للثة المزمن والعدواني بين الأسر الجزائرية. من خلال الجزء الأول لدراستنا، توقفنا عند منهجين للوراثية الرسمية. تحليل الشجرة الوراثية للعائلة ودراسة الوراثة الكمية. اعتمد هذا المنهج علىٰ الفرضية الثانية التي تسمح بإعتبار التوريث دليل علىٰ تطور إلتهاب اللثة المزمن أو العدواني الناتج عن نسبة وراثية. IL-1A (C- 889T و IL-1B (C+3954T ( أما في الجزء الثاني للدراسة حددنا النمط الجيني للمتغيرات الوراثية في اطار بحث حالة /شاهد يظم 297 شخص (سجلنا 128 شاهد معافى و 151 حالة منهم تمثل 91 إلتهاب مزمن و 60 حالة إلتهاب عدواني) . تحقق التنميط الجيني بواسطة التمييز الاليلي تاقمان بهدف البحث عن إحتمالية الإشتراك بين تعد أشكال و ظهور إلتهاب اللثة عند الجزائريين. تمحورت دراستنا حول العوامل العيادية والبيئية التي يمكنها أن ترفع من خطر تقارير المرضية و ظهورها. قمنا بمقارنة التكرار الاليلي الجيني والهبلوتيبي بين المجموعتين بواسطة حساب الاودس راتيو مع قضاء 95 %من الثقة. الدراسة الوراثية تظهر أن إنتقال العدوى ليس بالأمر الهين بل هو جد معقد سواءً في حالة إلتهاب اللثة المزمن أو العدواني. زيادة على دلك الطريقة الكمية اظهرت ان تطورالتهاب اللثة المزمن و العدواني داخل هته العائلات راجع الى حصة وراثية كبيرة من 46٪ و 84٪ على التوالي و تحصلنا بالجزء الثاني من الدراسة علىٰ فوارق معتبرة فيما يتعلق ب الوراثة الطفيفة "ت" الخاصة بتعدد الأشكال . نخلص في هذه الدراسة الحتمية الوراثية المعقدة اللثة بما في ذلك جزء كبير من المكون الجيني تمثل القيم التوريث بنسبة 46٪ لصالح الالتهاب العدواني 84٪ لصالح الالتهاب المزمن و تظهر نختم دراستنا بالقول أن تعدد الأشكال لهم دور فعال في خطر تطور إلتهاب اللثة العدواني عند الجزائريين وفي الأخير يستوجب استكشاف تعدد الأشكال الجينية المتذخلين في حدوث الإلتهاب و زيادة عدد العائلات المدروسة بغرض تمييز علم الوراثة بطريقة مضبوطة إلتهابات اللثة في وسطنا. Contribution à la caractérisation génétique des parodontites dans la population Algérienne [document électronique] / BOUKORTT Kawther Nourelhouda, Auteur ; SAIDI-OUAHRANI Nadjia, Directeur de thèse . - 2016 . - 166 p. + CD. Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :Génétique moléculaire et cellulaire. Mots-clés : parodontite, héritabilité, polymorphismes, IL-1A, IL-1B, population Algérienne periodontitis, heritability, polymorphisms IL-1A, IL-1B, Algerian population التهاب اللثة، التوريث,تعدد اشكال الجينات, الانترلوكين واحد الفا, الانترلوكين واحد بيتا, الشعب الجزائري Résumé : Les parodontites agressives (PA) et chroniques (PC) sont des pathologies infectieuses buccales ayant une étiologie complexe et multifactorielle. La destruction inflammatoire de la structure porteuse de la dent causant les parodontites résulte de l'interaction entre les facteurs microbiens et les facteurs immunogénétiques. Le mécanisme d'action exact par lequel les facteurs génétiques modifient le cours de ces pathologies est encore mal compris. Nous avons fait appel à différentes approches d’études, dans le but de contribuer à la caractérisation génétique des parodontites au sein des familles Algériennes. Dans la première partie de notre étude, nous avons analysé des arbres généalogiques de 100 familles présentant ces affections. Cette première approche est appuyée par une étude de génétique quantitative, permettant d’estimer l’héritabilité des deux formes de la parodontite. Dans la seconde partie, nous avons recherché l’association entre les deux polymorphismes génétiques IL-1A (C-889T) (rs1800587), IL-1B (C+3954T) (rs1143634) et l’apparition des parodontites, par le biais d’une étude cas/ témoin. Nous avons génotypé 297 sujets (128 témoins sains et 151 cas dont 60 sujets souffrants de la PA et 91 présentant la PC). Le génotypage a été réalisé par discrimination allélique TaqMan. Les différents paramètres cliniques et environnementaux pouvant accroitre le risque de pathogenèse et de survenue de la maladie ont été également étudiés. La comparaison des fréquences alléliques, génotypiques et haplotypiques entre les deux groupes a été établi par le calcul de l’odds ratio (OR) avec un intervalle de confiance de 95%. L’analyse familiale a montré que le mode de transmission des parodontites n’est pas simple mais complexe. En outre, l’approche quantitative a montré que le développement de la PA et la PC dans ces familles est dû à une part génétique considérable de 46% et de 84% respectivement. Concernant l’étude moléculaire, des différences significatives ont été rapportées concernant l’allèle mineur "T "des deux polymorphismes. Nous avons trouvé que les polymorphismes IL-1A (C-889T) et IL-1B (C+3954T) jouent un rôle significatif dans le risque de développement des parodontites dans la population Algérienne. Nous concluons dans cette étude que le mode de transmission des parodontites est complexe, incluant une part importante de la composante génétique représentée par des valeurs d’héritabilité de 46% pour la PA et à 84% pour la PC. Les polymorphismes IL-1A (C-889T) et IL-1B (C+3954T) semblent être associés à la survenue de la forme agressive de la parodontite. Il serait intéressant d’explorer d’autres polymorphismes des gènes intervenants dans la réponse inflammatoire. Mais il est surtout important d’accroitre le nombre de familles étudiées afin de caractériser d’une manière plus précise la susceptibilité et le déterminisme génétique des parodontites dans la population Algérienne. Chronic aggressive periodontitis (PA) and periodontitis (PC) are oral infectious diseases having a complex and multifactorial etiology. Inflammatory destruction of the supporting structure of the tooth causing periodontitis results from the interaction between the microbial and the immunogenetic factors. The exact mechanism of action by which genetic factors modify the course of PA and PC, is still poorly understood. We have used different approaches to studies, to contribute to the genetic characterization of chronic and aggressive periodontitis among Algerian families. In the first part of our study, we looked at two genetic approaches, analysis of a hundred families’ trees and a quantitative genetic study. This first approach is supported by the second, quantitative genetic study to estimate the heritability of both forms of periodontitis. In the second part of this study, we genotyped the two genetic variants IL-1A (C-889T) (rs1800587) and IL-1B (C+3954T) (rs1143634) by means of cases / controls including 297 subjects (128 healthy controls and 151 cases including 91 with chronic form and 60 subjects with aggressive). Genotyping was performed by TaqMan allelic discrimination to seek a possible association between these polymorphisms and the occurrence of periodontitis in the Algerian population. The various clinical and environmental factors that may increases the risk reports of its pathogenesis and its occurrence were also studied. Comparison of alleles, genotypes and haplotypes frequencies between the two groups was determined by calculating the odds ratio with a 95% confidence interval. The family analysis showed that the mode of transmission of periodontitis is not simple but complex. In addition, the quantitative approach has shown that the development of the PA or the PC in these families is due to a considerable genetic contribution of 46% and 84% respectively. In the molecular study, significant differences have been reported for the minor allele "T" of the two polymorphisms. We conclude that the IL-1A (C-889T) and IL-1B (C+3954T) polymorphisms have a significant role in the risk of developing periodontitis in the Algerian population. We conclude in this study complex genetic determinism of periodontitis including a significant portion of the genetic component representing heritability values by 46% for the PA and 84% for the PC. Polymorphisms IL-1A (C-889T) and IL-1B (C + 3954T) appear to be associated with the occurrence of the aggressive form of periodontitis. It would be interesting to explore other polymorphisms genes of the inflammatory response. Also it would be necessary to increase the number of studied families to characterize a more precise genetic determinism of periodontitis in Algerian population. مرض التهاب اللثة هو مرض يصيب الفم لأسباب معقدة. خراب البنية الحاملة للأسنان الناتج عن الالتهاب مسببة مرض التهاب اللثة متعدد العوامل بطبيعته. ينتج عن تفاعل عوامل عدة منها العوامل الميكروبية, العوامل البيئية و المناعية, مع قابلية المرض بالعوامل الوراثية. الآلية الدقيقة لتأثير العوامل الوراثية على مسار مرض التهاب اللثة مازالت غير مفهومة بالكامل. وقد استخدمنا دراسات المناهج المختلفة للمساهمة في توصيف الوراثي للثة المزمن والعدواني بين الأسر الجزائرية. من خلال الجزء الأول لدراستنا، توقفنا عند منهجين للوراثية الرسمية. تحليل الشجرة الوراثية للعائلة ودراسة الوراثة الكمية. اعتمد هذا المنهج علىٰ الفرضية الثانية التي تسمح بإعتبار التوريث دليل علىٰ تطور إلتهاب اللثة المزمن أو العدواني الناتج عن نسبة وراثية. IL-1A (C- 889T و IL-1B (C+3954T ( أما في الجزء الثاني للدراسة حددنا النمط الجيني للمتغيرات الوراثية في اطار بحث حالة /شاهد يظم 297 شخص (سجلنا 128 شاهد معافى و 151 حالة منهم تمثل 91 إلتهاب مزمن و 60 حالة إلتهاب عدواني) . تحقق التنميط الجيني بواسطة التمييز الاليلي تاقمان بهدف البحث عن إحتمالية الإشتراك بين تعد أشكال و ظهور إلتهاب اللثة عند الجزائريين. تمحورت دراستنا حول العوامل العيادية والبيئية التي يمكنها أن ترفع من خطر تقارير المرضية و ظهورها. قمنا بمقارنة التكرار الاليلي الجيني والهبلوتيبي بين المجموعتين بواسطة حساب الاودس راتيو مع قضاء 95 %من الثقة. الدراسة الوراثية تظهر أن إنتقال العدوى ليس بالأمر الهين بل هو جد معقد سواءً في حالة إلتهاب اللثة المزمن أو العدواني. زيادة على دلك الطريقة الكمية اظهرت ان تطورالتهاب اللثة المزمن و العدواني داخل هته العائلات راجع الى حصة وراثية كبيرة من 46٪ و 84٪ على التوالي و تحصلنا بالجزء الثاني من الدراسة علىٰ فوارق معتبرة فيما يتعلق ب الوراثة الطفيفة "ت" الخاصة بتعدد الأشكال . نخلص في هذه الدراسة الحتمية الوراثية المعقدة اللثة بما في ذلك جزء كبير من المكون الجيني تمثل القيم التوريث بنسبة 46٪ لصالح الالتهاب العدواني 84٪ لصالح الالتهاب المزمن و تظهر نختم دراستنا بالقول أن تعدد الأشكال لهم دور فعال في خطر تطور إلتهاب اللثة العدواني عند الجزائريين وفي الأخير يستوجب استكشاف تعدد الأشكال الجينية المتذخلين في حدوث الإلتهاب و زيادة عدد العائلات المدروسة بغرض تمييز علم الوراثة بطريقة مضبوطة إلتهابات اللثة في وسطنا.

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Contribution à la caractérisation moléculaire de la flore du lait maternel et des selles des nouveau nés de la population de l'ouest Algérien. / MEDJAOUI Ikram 

Public ISBD Titre : Contribution à la caractérisation moléculaire de la flore du lait maternel et des selles des nouveau nés de la population de l'ouest Algérien. Type de document : document électronique Auteurs : MEDJAOUI Ikram, Auteur Année de publication : 2017-2018 Accompagnement : CD Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :Génétique moléculaire et cellulaire. Mots-clés : microbiote intestinal  Lait maternel  selles de nourrissons  Bactéries  RISA  ADNr 16S. Résumé : Dans la présente étude, nous nous sommes intéressés à l’impact de certains facteurs sur l’établissement du microbiote intestinal chez les nouveaux nés, essentiellement l’allaitement maternel. Pour cela, nous avons caractérisé les bactéries isolées à partir du lait maternel et des selles de nourrissons de la population de l’ouest algérien (Oran). Des informations concernant l’âge, le poids, le sexe, le mode d’accouchement et la prise d’antibiotiques ont été recueillis. Différentes approches ont été utilisées pour l’identification des souches bactériennes isolées. Un premier tri des isolats a été réalisé sur la base des critères phénotypiques. La technique d’empreinte moléculaire (RISA- Ribosomal Intergenic Spacer Analysis) a permis d’apprécier la diversité bactérienne des différents échantillons. L’analyse de la séquence du gène d’ADNr 16S a permis d’identifier 12 espèces bactériennes appartenant principalement aux genres : Enterococcus, Staphylococcus, Streptococcus et Lactobacillus. Enfin, l’analyse phylogénétique a été réalisée afin de mettre en évidence les liens phylogénétiques entre les communautés bactériennes des échantillons du lait maternel et des selles de nourrissons. Il ressort des résultats des analyses statistiques une distribution homogène, pour les quatre genres, entre les échantillons du lait maternel et des selles de nourrissons ; ainsi qu’une corrélation entre leur prévalence et la prise d’antibiotique au cours de l’allaitement, l’âge, le sexe et le mode d’accouchement dans le lait maternel et/ou les selles des nourrissons. En somme, nos résultats montrent que le lait maternel contient une diversité bactérienne qui peut jouer un rôle important dans l'établissement du microbiote intestinal chez les nourrissons allaités. D’autres facteurs externes et internes liés à l’hôte peuvent aussi influencer ce processus. D’après nos investigations bibliographiques, cette étude préliminaire est la première à comparer les communautés bactériennes du lait maternel et des selles des nourrissons de la population Algérienne. Pour compléter notre étude, il serait intéressant d’élargir l’échantillonnage et d’étudier d’autres genres bactériens afin de déterminer d’une manière plus précise la diversité bactérienne dans notre population. Directeur de thèse : RAHMANI Bouabdellah Contribution à la caractérisation moléculaire de la flore du lait maternel et des selles des nouveau nés de la population de l'ouest Algérien. [document électronique] / MEDJAOUI Ikram, Auteur . - 2017-2018 . -  + CD. Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :Génétique moléculaire et cellulaire. Mots-clés : microbiote intestinal  Lait maternel  selles de nourrissons  Bactéries  RISA  ADNr 16S. Résumé : Dans la présente étude, nous nous sommes intéressés à l’impact de certains facteurs sur l’établissement du microbiote intestinal chez les nouveaux nés, essentiellement l’allaitement maternel. Pour cela, nous avons caractérisé les bactéries isolées à partir du lait maternel et des selles de nourrissons de la population de l’ouest algérien (Oran). Des informations concernant l’âge, le poids, le sexe, le mode d’accouchement et la prise d’antibiotiques ont été recueillis. Différentes approches ont été utilisées pour l’identification des souches bactériennes isolées. Un premier tri des isolats a été réalisé sur la base des critères phénotypiques. La technique d’empreinte moléculaire (RISA- Ribosomal Intergenic Spacer Analysis) a permis d’apprécier la diversité bactérienne des différents échantillons. L’analyse de la séquence du gène d’ADNr 16S a permis d’identifier 12 espèces bactériennes appartenant principalement aux genres : Enterococcus, Staphylococcus, Streptococcus et Lactobacillus. Enfin, l’analyse phylogénétique a été réalisée afin de mettre en évidence les liens phylogénétiques entre les communautés bactériennes des échantillons du lait maternel et des selles de nourrissons. Il ressort des résultats des analyses statistiques une distribution homogène, pour les quatre genres, entre les échantillons du lait maternel et des selles de nourrissons ; ainsi qu’une corrélation entre leur prévalence et la prise d’antibiotique au cours de l’allaitement, l’âge, le sexe et le mode d’accouchement dans le lait maternel et/ou les selles des nourrissons. En somme, nos résultats montrent que le lait maternel contient une diversité bactérienne qui peut jouer un rôle important dans l'établissement du microbiote intestinal chez les nourrissons allaités. D’autres facteurs externes et internes liés à l’hôte peuvent aussi influencer ce processus. D’après nos investigations bibliographiques, cette étude préliminaire est la première à comparer les communautés bactériennes du lait maternel et des selles des nourrissons de la population Algérienne. Pour compléter notre étude, il serait intéressant d’élargir l’échantillonnage et d’étudier d’autres genres bactériens afin de déterminer d’une manière plus précise la diversité bactérienne dans notre population. Directeur de thèse : RAHMANI Bouabdellah

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1526	02-34-106	Version numérique et papier	Bibliothèque USTOMB	Thèse de Doctorat	Exclu du prêt

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Epidémiologie et caractérisation moléculaire de souches cliniques de Klebsiella pneumoniae productrices de β-Lactamases à Spectre Elargie, isolées de l’Etablissement Hospitalo-Universitaire d’Oran, Algérie. / ZEMMOUR Assia 

Public ISBD Titre : Epidémiologie et caractérisation moléculaire de souches cliniques de Klebsiella pneumoniae productrices de β-Lactamases à Spectre Elargie, isolées de l’Etablissement Hospitalo-Universitaire d’Oran, Algérie. Type de document : texte imprimé Auteurs : ZEMMOUR Assia, Auteur ; RAHMANI Bouabdallah, Auteur Année de publication : 2021-2022 Importance : 168 p. Accompagnement : CD Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :Génétique moléculaire et cellulaire. Mots-clés : Klebsiella pneumoniae, antibiotiques, résistome, virulome, infection nosocomiale, génome, Oran, Algérie. Résumé : Les infections à Klebsiella pneumoniae (KP) sont généralement nosocomiales. Les antibiotiques sont de moins en moins efficace dues à leurs utilisations abusives dont la conséquence est l’augmentation de la résistance des bactéries aux antibiotiques. En Algérie, KP est la première productrice de β-lactamases à spectre étendu (BLSE). Nous avons fait la caractérisation moléculaire et génomique de 219 souches de KP-BLSE isolées entre 2011 et 2012 provenant de l'Etablissement Hospitalier Universitaire d'Oran, 1er novembre 1954. Nous avons étudié, le résistome, le virulome, les systèmes CRISPR-Cas, les prophages, la phylogénétique et les relations entre les différents clones. La confirmation du phénotype de résistance BLSE et l’identification des 219 souches a été réalisé par le test de synergie et MALDI-TOF/MS. 193 souches de KP ont fait objet pour la caractérisation moléculaire par PCR en temps réel (SYBR-Green) pour différents gènes de résistances aux antibiotiques. Le typage génomique par électrophorèse en champ pulsé (PFGE) a permis de sélectionner les souches pour le séquençage de leurs génomes. Après trimming et assemblage des contigs, une caractérisation in silico a été effectuée pour le résistome, le virulome, les systèmes CRISPR, les prophages, la phylogénétique et les relations entre les différents clones. Sur un total de 193, 191 souches comportaient des enzymes du groupe CTX-M-1 (99,96%); dont 19 souches séquencées sont confirmées comme blaCTX-M-15. Une prévalence élevée de qnrB1 (63,21%) et acc(6’)Ib-cr (71,5%) a également été observée. Une souche avait blaOXA-48. Une résistance à la céfoxitine a été observée dans six souches, dont quatre avaient CMYII. L'analyse de séquençage de trois souches a révélé deux variantes de pAmpC (blaCMY-2 et blaCMY-16). La PFGE a permis d’identifier les clones dominants faisait partie du groupe C 11 (n= 31). Le typage moléculaire a révélé 16 types de séquences distincts, parmi lesquels les clones pandémiques ST147 (n = 2), ST23 (n = 1) et ST14 (n = 1). ST147 était le clone le plus répandu entre 2011 et 2012. La prévalence du système CRISPR-Cas était de 52,6%, deux sous-types sont trouvés I-E et I-E*. Deux souches avaient blaCTX-M-15 et hébergées un prophage, mettant en évidence le rôle des phages dans la transmission des gènes de résistance. Il serait intéressant de séquencer plus de souches de KP dans le but est la surviellance de la résistance aux antibiotiques et l’hygiène dans les hôpitaux. Epidémiologie et caractérisation moléculaire de souches cliniques de Klebsiella pneumoniae productrices de β-Lactamases à Spectre Elargie, isolées de l’Etablissement Hospitalo-Universitaire d’Oran, Algérie. [texte imprimé] / ZEMMOUR Assia, Auteur ; RAHMANI Bouabdallah, Auteur . - 2021-2022 . - 168 p. + CD. Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :Génétique moléculaire et cellulaire. Mots-clés : Klebsiella pneumoniae, antibiotiques, résistome, virulome, infection nosocomiale, génome, Oran, Algérie. Résumé : Les infections à Klebsiella pneumoniae (KP) sont généralement nosocomiales. Les antibiotiques sont de moins en moins efficace dues à leurs utilisations abusives dont la conséquence est l’augmentation de la résistance des bactéries aux antibiotiques. En Algérie, KP est la première productrice de β-lactamases à spectre étendu (BLSE). Nous avons fait la caractérisation moléculaire et génomique de 219 souches de KP-BLSE isolées entre 2011 et 2012 provenant de l'Etablissement Hospitalier Universitaire d'Oran, 1er novembre 1954. Nous avons étudié, le résistome, le virulome, les systèmes CRISPR-Cas, les prophages, la phylogénétique et les relations entre les différents clones. La confirmation du phénotype de résistance BLSE et l’identification des 219 souches a été réalisé par le test de synergie et MALDI-TOF/MS. 193 souches de KP ont fait objet pour la caractérisation moléculaire par PCR en temps réel (SYBR-Green) pour différents gènes de résistances aux antibiotiques. Le typage génomique par électrophorèse en champ pulsé (PFGE) a permis de sélectionner les souches pour le séquençage de leurs génomes. Après trimming et assemblage des contigs, une caractérisation in silico a été effectuée pour le résistome, le virulome, les systèmes CRISPR, les prophages, la phylogénétique et les relations entre les différents clones. Sur un total de 193, 191 souches comportaient des enzymes du groupe CTX-M-1 (99,96%); dont 19 souches séquencées sont confirmées comme blaCTX-M-15. Une prévalence élevée de qnrB1 (63,21%) et acc(6’)Ib-cr (71,5%) a également été observée. Une souche avait blaOXA-48. Une résistance à la céfoxitine a été observée dans six souches, dont quatre avaient CMYII. L'analyse de séquençage de trois souches a révélé deux variantes de pAmpC (blaCMY-2 et blaCMY-16). La PFGE a permis d’identifier les clones dominants faisait partie du groupe C 11 (n= 31). Le typage moléculaire a révélé 16 types de séquences distincts, parmi lesquels les clones pandémiques ST147 (n = 2), ST23 (n = 1) et ST14 (n = 1). ST147 était le clone le plus répandu entre 2011 et 2012. La prévalence du système CRISPR-Cas était de 52,6%, deux sous-types sont trouvés I-E et I-E*. Deux souches avaient blaCTX-M-15 et hébergées un prophage, mettant en évidence le rôle des phages dans la transmission des gènes de résistance. Il serait intéressant de séquencer plus de souches de KP dans le but est la surviellance de la résistance aux antibiotiques et l’hygiène dans les hôpitaux.

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999999	02-34-127	Version numérique et papier	Bibliothèque USTOMB	Thèse de Doctorat	Exclu du prêt

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Epidémiologie et caractérisation moléculaire de souches cliniques de Klebsiella pneumoniae productrices de β-Lactamases à Spectre Elargie, isolées de l’Etablissement Hospitalo-Universitaire d’Oran, Algérie. Adobe Acrobat PDF

Etude des associations entre la spécificité HLA-B27 et les allèles HLA-DMB avec respectivement la spondylarthrite ankylosante et la polyarthrite rhumatoïde dans un échantillon de la population de l’Ouest algérien / MESSAL Ibtissem 

Public ISBD Titre : Etude des associations entre la spécificité HLA-B27 et les allèles HLA-DMB avec respectivement la spondylarthrite ankylosante et la polyarthrite rhumatoïde dans un échantillon de la population de l’Ouest algérien Type de document : document électronique Auteurs : MESSAL Ibtissem, Auteur Année de publication : 2011 Importance : 59p. Accompagnement : CD Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :Génétique moléculaire et cellulaire. Mots-clés : spondylarthrite ankylosante, polyarthrite rhumatoïde, HLA-B27, HLADMB, Ouest algérien. Résumé : La spondylarthrite ankylosante (SA) et la polyarthrite rhumatoïde (PR) sont des maladies rhumatismales auto-immunes. La spondylarthrite ankylosante est caractérisée par une enthésite du squelette axial (rachis et sacro-iliaques) conduisant à une ankylose. La polyarthrite rhumatoïde pour sa part, affecte principalement les articulations, pouvant conduire à des destructions articulaires. Elles sont toutes les deux des maladies multifactorielles faisant intervenir des facteurs génétiques et environnementaux. Dans la SA certains allèles de HLA-B27 sont fortement associés à la survenue de cette maladie avec un risque relatif élevé. Pour sa part, la PR est associée aux allèles HLA-DR4 et DR1. Le but de notre travail a consisté à rechercher l’association entre le marqueur HLA-B27 et la SA, et le polymorphisme HLA-DMB et la PR. Notre étude a porté sur trois échantillons de sujets non apparentés de l’Ouest algérien, 32 malades atteints de spondylarthrite ankylosante, 46 malades atteins de polyarthrite rhumatoïde et 75 sujets sain servant de contrôle pour les deux études. La recherche d’association entre HLA-DMB et la PR a nécessité l’exploration préalable du polymorphisme du gène HLADRB1 afin d’écarter l’effet de l’épitope partagé (EP) HLA-DRB1 de prédisposition. Les résultats obtenus confirment l’implication du HLA-B27 dans la survenu de la SA sur la population de l’Ouest algérien. En effet, ¾ des SA étaient HLA-B27 pour un peu plus de ¼ de normaux. La spécificité HLA-B27 apporte donc un risque élevé (OR = 7,33) avec une prédominance des l’allèles HLA-B*27 02, *27 03, *27 05 et *27 06. L’étude du déterminisme génétique de la PR que nous avons réalisé, suggère l’implication de l’allèle HLA-DMB*103 et du génotype HLA-DMB*103/103 dans la survenu de la maladie. Cependant, après stratification en fonction de l’EP, il n’y a eu aucune signification. Il apparaît donc que cette spécificité ne serait pas associée à la PR. Par ailleurs, on a trouvé que l’allèle HLADMB* 0105 et le génotype HLA-DMB*0105/0105 avaient un rôle protecteur dans la survenue de cette affection dans la population de l’Ouest algérien. Il serait intéressant de confirmer les résultats de ce travail par l’augmentation de l’échantillon et par l’exploration d’autres gènes candidats. Directeur de thèse : BOUDJEMAA Abdellah Etude des associations entre la spécificité HLA-B27 et les allèles HLA-DMB avec respectivement la spondylarthrite ankylosante et la polyarthrite rhumatoïde dans un échantillon de la population de l’Ouest algérien [document électronique] / MESSAL Ibtissem, Auteur . - 2011 . - 59p. + CD. Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :Génétique moléculaire et cellulaire. Mots-clés : spondylarthrite ankylosante, polyarthrite rhumatoïde, HLA-B27, HLADMB, Ouest algérien. Résumé : La spondylarthrite ankylosante (SA) et la polyarthrite rhumatoïde (PR) sont des maladies rhumatismales auto-immunes. La spondylarthrite ankylosante est caractérisée par une enthésite du squelette axial (rachis et sacro-iliaques) conduisant à une ankylose. La polyarthrite rhumatoïde pour sa part, affecte principalement les articulations, pouvant conduire à des destructions articulaires. Elles sont toutes les deux des maladies multifactorielles faisant intervenir des facteurs génétiques et environnementaux. Dans la SA certains allèles de HLA-B27 sont fortement associés à la survenue de cette maladie avec un risque relatif élevé. Pour sa part, la PR est associée aux allèles HLA-DR4 et DR1. Le but de notre travail a consisté à rechercher l’association entre le marqueur HLA-B27 et la SA, et le polymorphisme HLA-DMB et la PR. Notre étude a porté sur trois échantillons de sujets non apparentés de l’Ouest algérien, 32 malades atteints de spondylarthrite ankylosante, 46 malades atteins de polyarthrite rhumatoïde et 75 sujets sain servant de contrôle pour les deux études. La recherche d’association entre HLA-DMB et la PR a nécessité l’exploration préalable du polymorphisme du gène HLADRB1 afin d’écarter l’effet de l’épitope partagé (EP) HLA-DRB1 de prédisposition. Les résultats obtenus confirment l’implication du HLA-B27 dans la survenu de la SA sur la population de l’Ouest algérien. En effet, ¾ des SA étaient HLA-B27 pour un peu plus de ¼ de normaux. La spécificité HLA-B27 apporte donc un risque élevé (OR = 7,33) avec une prédominance des l’allèles HLA-B*27 02, *27 03, *27 05 et *27 06. L’étude du déterminisme génétique de la PR que nous avons réalisé, suggère l’implication de l’allèle HLA-DMB*103 et du génotype HLA-DMB*103/103 dans la survenu de la maladie. Cependant, après stratification en fonction de l’EP, il n’y a eu aucune signification. Il apparaît donc que cette spécificité ne serait pas associée à la PR. Par ailleurs, on a trouvé que l’allèle HLADMB* 0105 et le génotype HLA-DMB*0105/0105 avaient un rôle protecteur dans la survenue de cette affection dans la population de l’Ouest algérien. Il serait intéressant de confirmer les résultats de ce travail par l’augmentation de l’échantillon et par l’exploration d’autres gènes candidats. Directeur de thèse : BOUDJEMAA Abdellah

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4668	02-34-41	Version numérique et papier	Bibliothèque USTOMB	Mémoire de Magister	Exclu du prêt

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Etude de profil de sensibilisation et du lien avec lespolymorphismes des genes candidats de la réponse immune immédiate de l'allergie aux protéines du lait de vache chez la population pédiatrique de l'Ouest Algérien. / Rahmoune Nesrine 

Public ISBD Titre : Etude de profil de sensibilisation et du lien avec lespolymorphismes des genes candidats de la réponse immune immédiate de l'allergie aux protéines du lait de vache chez la population pédiatrique de l'Ouest Algérien. Type de document : document électronique Auteurs : Rahmoune Nesrine, Auteur Année de publication : 2017-2018 Accompagnement : CD Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :Génétique moléculaire et cellulaire. Mots-clés : APLV, polymorphismes, IL4, FoxP3, REL. Index. décimale : Biologie Résumé : Résumé La pathogenèse des allergies aux protéines du lait de vache (APLV) implique des mécanismes immunologiques complexes avec la participation de plusieurs cellules et molécules impliquées dans l'allergie alimentaire. La tolérance aux protéines du lait est généralement atteinte à l'âge de 5 ans mais certaine pourraient persister. Le mécanisme d'action exact par lequel les facteurs génétiques modifient le cours de ces pathologies est encore mal compris. Nous avons utilisés différentes approches moléculaires (immunoenzymatiques et génétiques), dans le but de contribuer à la caractérisation génétique de l’APLV au sein de la population pédiatrique de l’Ouest Algérien. Ainsi, dans la première partie de notre étude, nous avons analysé les sérums de 58 enfants allergiques aux protéines de lait de vache par dosage Immuno-Enzymatique des IgE spécifiques (IgEs) anti PLV par technique ELISA fluorimétrique. Nous avons remarqué que 50% des cas présentent une forte sensibilisation contre les deux protéines du lactosérum bovin la -lactoglobuline (BLG) et l’-lactalbumine (ALA), et que cette dernière est corrélée avec une clinique sévère de l’APLV. Dans la seconde partie, nous avons recherché l’association entre trois polymorphismes génétiques sur les gènes de l’interleukine 4 (IL4) (-33 C/T) (rs2070874), FoxP3 (−3279C/A) (rs3761548), REL (+7883G/T) (rs13031237) et le développement de l’APLV, par le biais d’une étude cas/ témoin. Nous avons génotypé 58 sujets (28 témoins sains et 30 cas). Le génotypage a été réalisé par discrimination allélique TaqMan. La comparaison des fréquences alléliques et génotypiques entre les deux groupes a été établi par le calcul de l’Odds ratio (OR) avec un intervalle de confiance de 95%. Aucune différence significative n’a été retrouvé concernant les deux polymorphismes des gènes IL4 (-33 C/T) et FoxP3 (−3279C/A). Cependant notre étude suggère que le polymorphisme du gène REL (+7883G /T) semble être corrélé au risque de développement de l’APLV dans la population pédiatrique de l’Ouest Algérien (p = 0.0001). En conclusion, l’intérêt certain du dosage des IgE spécifiques anti BLG et anti ALA en vue de sa valeur diagnostique et pronostique, n’est plus a démontré et que le polymorphisme REL (+7883G /T) semble être associé à la survenue de l’APLV. Il serait intéressant d’explorer d’autres polymorphismes des gènes intervenants dans la réponse allergique ou du mécanisme de tolérance. En outre, il serait important d’augmenter le nombre d’individus étudiés afin de caractériser d’une manière plus précise la composante immunologique et la susceptibilité génétique de l’APLV dans la population pédiatrique Algérienne. Directeur de thèse : EL MECHERFI Kamel Eddine Etude de profil de sensibilisation et du lien avec lespolymorphismes des genes candidats de la réponse immune immédiate de l'allergie aux protéines du lait de vache chez la population pédiatrique de l'Ouest Algérien. [document électronique] / Rahmoune Nesrine, Auteur . - 2017-2018 . -  + CD. Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :Génétique moléculaire et cellulaire. Mots-clés : APLV, polymorphismes, IL4, FoxP3, REL. Index. décimale : Biologie Résumé : Résumé La pathogenèse des allergies aux protéines du lait de vache (APLV) implique des mécanismes immunologiques complexes avec la participation de plusieurs cellules et molécules impliquées dans l'allergie alimentaire. La tolérance aux protéines du lait est généralement atteinte à l'âge de 5 ans mais certaine pourraient persister. Le mécanisme d'action exact par lequel les facteurs génétiques modifient le cours de ces pathologies est encore mal compris. Nous avons utilisés différentes approches moléculaires (immunoenzymatiques et génétiques), dans le but de contribuer à la caractérisation génétique de l’APLV au sein de la population pédiatrique de l’Ouest Algérien. Ainsi, dans la première partie de notre étude, nous avons analysé les sérums de 58 enfants allergiques aux protéines de lait de vache par dosage Immuno-Enzymatique des IgE spécifiques (IgEs) anti PLV par technique ELISA fluorimétrique. Nous avons remarqué que 50% des cas présentent une forte sensibilisation contre les deux protéines du lactosérum bovin la -lactoglobuline (BLG) et l’-lactalbumine (ALA), et que cette dernière est corrélée avec une clinique sévère de l’APLV. Dans la seconde partie, nous avons recherché l’association entre trois polymorphismes génétiques sur les gènes de l’interleukine 4 (IL4) (-33 C/T) (rs2070874), FoxP3 (−3279C/A) (rs3761548), REL (+7883G/T) (rs13031237) et le développement de l’APLV, par le biais d’une étude cas/ témoin. Nous avons génotypé 58 sujets (28 témoins sains et 30 cas). Le génotypage a été réalisé par discrimination allélique TaqMan. La comparaison des fréquences alléliques et génotypiques entre les deux groupes a été établi par le calcul de l’Odds ratio (OR) avec un intervalle de confiance de 95%. Aucune différence significative n’a été retrouvé concernant les deux polymorphismes des gènes IL4 (-33 C/T) et FoxP3 (−3279C/A). Cependant notre étude suggère que le polymorphisme du gène REL (+7883G /T) semble être corrélé au risque de développement de l’APLV dans la population pédiatrique de l’Ouest Algérien (p = 0.0001). En conclusion, l’intérêt certain du dosage des IgE spécifiques anti BLG et anti ALA en vue de sa valeur diagnostique et pronostique, n’est plus a démontré et que le polymorphisme REL (+7883G /T) semble être associé à la survenue de l’APLV. Il serait intéressant d’explorer d’autres polymorphismes des gènes intervenants dans la réponse allergique ou du mécanisme de tolérance. En outre, il serait important d’augmenter le nombre d’individus étudiés afin de caractériser d’une manière plus précise la composante immunologique et la susceptibilité génétique de l’APLV dans la population pédiatrique Algérienne. Directeur de thèse : EL MECHERFI Kamel Eddine

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Code-barres	Cote	Support	Localisation	Section	Disponibilité
1637	02-34-116	Version numérique et papier	Bibliothèque USTOMB	Thèse de Doctorat	Exclu du prêt

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