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Contribution à l’étude immunogénétique de la spondylarthrite ankylosante dans l’Ouest Algérien par l’exploration de polymorphismes nucléotidiques simples et de variations de nombre de copies / DAHMANI Chahinez Amira 

Public ISBD Titre : Contribution à l’étude immunogénétique de la spondylarthrite ankylosante dans l’Ouest Algérien par l’exploration de polymorphismes nucléotidiques simples et de variations de nombre de copies Type de document : document électronique Auteurs : DAHMANI Chahinez Amira, Auteur Année de publication : 2017-2018 Accompagnement : CD Langues : Français (fre) Catégories : Biologie Mots-clés : Spondylarthrite ankylosante, HLA-B27, SNPs, CNVs, Ouest algérien. Ankylosing spondylitis, HLA-B27, SNPs, CNVs, West Algerian. Résumé : La spondylarthrite ankylosante (SA) est un rhumatisme inflammatoire chronique. Plus d’une vingtaine de locus de susceptibilité à la SA ont été identifiés à ce jour, mais le HLA-B27 reste le facteur de risque génétique majeur. L’objectif de ce travail était de rechercher les associations entre des gènes-candidats et la susceptibilité à la SA. Nous avons tout d’abord, vérifié l’association entre l’antigène HLAB27 et la maladie dans la population de l’Ouest Algérien. Ensuite, nous avons recherché l’association entre les polymorphismes [CTLA4] rs3087243 (A>G), [REL] rs13031237 (G>T), [CD40] rs4810485 (G>T), [PRKCQ] rs4750316 (G>C), [ACE] rs4340 (I/D) et la SA. Nous nous sommes également intéressé à étudier l’impact des variations de nombre de copies (CNVs) au niveau des gènes FCGR3A, FCGR3B et CCL3L1 sur la survenue de cette maladie. La présente étude a été réalisée sur deux échantillons, 83 patients atteints de la SA et 131 contrôles, tous originaire de l’Ouest Algérien. Le génotypage a été réalisé par la technique de discrimination allélique en temps réel (TaqMan) pour l’exploration des SNPs [CTLA4] rs3087243, [REL] rs13031237, [CD40] rs4810485 et [PRKCQ] rs4750316. Par ailleurs, nous avons utilisé la technique de la PCR multiplex pour le génotypage du polymorphisme [ACE] rs4340. Enfin, les marqueurs CNVs ont été explorés par la Droplet Digital PCR (ddPCR). Nous avons confirmé l’association entre la spécificité HLA-B27 et la survenue de la SA dans la population de l’Ouest algérien. De plus, nos résultats suggèrent que l’allèle G du polymorphisme [CTLA4] rs3087243 semble être associé à la susceptibilité de développer la SA. Après stratification selon l’âge et le sexe, ce polymorphisme a été associé à la SA dans le groupe de femmes et le groupe de sujets ayant un âge > 30 ans. Par ailleurs, notre étude a montré que les CNVs < 2 copies du gène FCGR3A semblent être associés à la survenue de la SA dans la population Algérienne. Après stratification selon l’âge et le sexe, les délétions du gène FCGR3A ont été associé à la SA dans le groupe de femmes et celui des sujets ayant plus que 30 ans. Pour conclure, cette étude suggère que le polymorphisme [CTLA4] rs3087243 et les CNVs < 2 copies du gène FCGR3A auraient un effet indépendant de l’antigène HLA-B27 dans la contribution génétique de la SA dans la population de l’Ouest algérien. Cependant, les CNVs > 2 copies du gène CCL3L1 auraient plutôt, un effet additif. En perspectives, il serait nécessaire de confirmer nos résultats sur un échantillon plus large et d’explorer d’autres polymorphismes de nouveaux gènes candidats. Ankylosing spondylitis (AS) is a chronic inflammatory rheumatism. Until now, more than twenty susceptibility loci to AS disease have been identified, but HLA-B27 remains the major genetic risk factor. The aims of this work were to investigate associations between candidate genes and the susceptibility to AS. We first checked the association between the HLA-B27 antigen and the disease in the population of western Algeria. Next, we looked for the association between polymorphisms [CTLA4] rs3087243 (A> G), [REL] rs13031237 (G> T), [CD40] rs4810485 (G> T), [PRKCQ] rs4750316 (G> C), [ACE] rs4340 (I / D) and the AS risk. We have also studied the impact of copy number variations (CNVs) on the FCGR3A, FCGR3B and CCL3L1 genes on the occurrence of this disease. The present study was performed on two samples, 83 patients with AS and 131 controls, all from western Algeria. Genotyping for SNPs [CTLA4] rs3087243, [REL] rs13031237,[CD40] rs4810485 and [PRKCQ] rs4750316 was performed by the real-time allelic discrimination (TaqMan). In addition, we used the multiplex PCR technique for genotyping the [ACE] rs4340 polymorphism. Finally, CNVs polymorphisms have been explored by the Droplet Digital PCR (ddPCR) We confirmed the association between the HLA-B27 specificity and the onset of AS disease in the population of western Algeria. Our results suggest that the G allele of the [CTLA4] polymorphism rs3087243 seems to be associated with the development of AS. After stratification by age and gender, this polymorphism was associated with AS in the group of women and the group of subjects> 30 years of age. Our study also shows that CNVs less than 2 copies (<2 copies) of the FCGR3A gene appear to be associated with the onset of AS. In addition, this study suggested that the [CTLA4] rs3087243 polymorphisms and the CNVs < 2 copies of the FCGR3A gene have an HLA-B27 antigen-independent effect in susceptibility to AS in the western Algerian population. However, CNVs > 2 copies of the CCL3L1 gene have an additive effect. Our results need to be confirmed on a larger sample and other candidate genes polymorphisms should be explored. Directeur de thèse : BOUDJEMA Abdallah Contribution à l’étude immunogénétique de la spondylarthrite ankylosante dans l’Ouest Algérien par l’exploration de polymorphismes nucléotidiques simples et de variations de nombre de copies [document électronique] / DAHMANI Chahinez Amira, Auteur . - 2017-2018 . -  + CD. Langues : Français (fre) Catégories : Biologie Mots-clés : Spondylarthrite ankylosante, HLA-B27, SNPs, CNVs, Ouest algérien. Ankylosing spondylitis, HLA-B27, SNPs, CNVs, West Algerian. Résumé : La spondylarthrite ankylosante (SA) est un rhumatisme inflammatoire chronique. Plus d’une vingtaine de locus de susceptibilité à la SA ont été identifiés à ce jour, mais le HLA-B27 reste le facteur de risque génétique majeur. L’objectif de ce travail était de rechercher les associations entre des gènes-candidats et la susceptibilité à la SA. Nous avons tout d’abord, vérifié l’association entre l’antigène HLAB27 et la maladie dans la population de l’Ouest Algérien. Ensuite, nous avons recherché l’association entre les polymorphismes [CTLA4] rs3087243 (A>G), [REL] rs13031237 (G>T), [CD40] rs4810485 (G>T), [PRKCQ] rs4750316 (G>C), [ACE] rs4340 (I/D) et la SA. Nous nous sommes également intéressé à étudier l’impact des variations de nombre de copies (CNVs) au niveau des gènes FCGR3A, FCGR3B et CCL3L1 sur la survenue de cette maladie. La présente étude a été réalisée sur deux échantillons, 83 patients atteints de la SA et 131 contrôles, tous originaire de l’Ouest Algérien. Le génotypage a été réalisé par la technique de discrimination allélique en temps réel (TaqMan) pour l’exploration des SNPs [CTLA4] rs3087243, [REL] rs13031237, [CD40] rs4810485 et [PRKCQ] rs4750316. Par ailleurs, nous avons utilisé la technique de la PCR multiplex pour le génotypage du polymorphisme [ACE] rs4340. Enfin, les marqueurs CNVs ont été explorés par la Droplet Digital PCR (ddPCR). Nous avons confirmé l’association entre la spécificité HLA-B27 et la survenue de la SA dans la population de l’Ouest algérien. De plus, nos résultats suggèrent que l’allèle G du polymorphisme [CTLA4] rs3087243 semble être associé à la susceptibilité de développer la SA. Après stratification selon l’âge et le sexe, ce polymorphisme a été associé à la SA dans le groupe de femmes et le groupe de sujets ayant un âge > 30 ans. Par ailleurs, notre étude a montré que les CNVs < 2 copies du gène FCGR3A semblent être associés à la survenue de la SA dans la population Algérienne. Après stratification selon l’âge et le sexe, les délétions du gène FCGR3A ont été associé à la SA dans le groupe de femmes et celui des sujets ayant plus que 30 ans. Pour conclure, cette étude suggère que le polymorphisme [CTLA4] rs3087243 et les CNVs < 2 copies du gène FCGR3A auraient un effet indépendant de l’antigène HLA-B27 dans la contribution génétique de la SA dans la population de l’Ouest algérien. Cependant, les CNVs > 2 copies du gène CCL3L1 auraient plutôt, un effet additif. En perspectives, il serait nécessaire de confirmer nos résultats sur un échantillon plus large et d’explorer d’autres polymorphismes de nouveaux gènes candidats. Ankylosing spondylitis (AS) is a chronic inflammatory rheumatism. Until now, more than twenty susceptibility loci to AS disease have been identified, but HLA-B27 remains the major genetic risk factor. The aims of this work were to investigate associations between candidate genes and the susceptibility to AS. We first checked the association between the HLA-B27 antigen and the disease in the population of western Algeria. Next, we looked for the association between polymorphisms [CTLA4] rs3087243 (A> G), [REL] rs13031237 (G> T), [CD40] rs4810485 (G> T), [PRKCQ] rs4750316 (G> C), [ACE] rs4340 (I / D) and the AS risk. We have also studied the impact of copy number variations (CNVs) on the FCGR3A, FCGR3B and CCL3L1 genes on the occurrence of this disease. The present study was performed on two samples, 83 patients with AS and 131 controls, all from western Algeria. Genotyping for SNPs [CTLA4] rs3087243, [REL] rs13031237,[CD40] rs4810485 and [PRKCQ] rs4750316 was performed by the real-time allelic discrimination (TaqMan). In addition, we used the multiplex PCR technique for genotyping the [ACE] rs4340 polymorphism. Finally, CNVs polymorphisms have been explored by the Droplet Digital PCR (ddPCR) We confirmed the association between the HLA-B27 specificity and the onset of AS disease in the population of western Algeria. Our results suggest that the G allele of the [CTLA4] polymorphism rs3087243 seems to be associated with the development of AS. After stratification by age and gender, this polymorphism was associated with AS in the group of women and the group of subjects> 30 years of age. Our study also shows that CNVs less than 2 copies (<2 copies) of the FCGR3A gene appear to be associated with the onset of AS. In addition, this study suggested that the [CTLA4] rs3087243 polymorphisms and the CNVs < 2 copies of the FCGR3A gene have an HLA-B27 antigen-independent effect in susceptibility to AS in the western Algerian population. However, CNVs > 2 copies of the CCL3L1 gene have an additive effect. Our results need to be confirmed on a larger sample and other candidate genes polymorphisms should be explored. Directeur de thèse : BOUDJEMA Abdallah

Exemplaires

Code-barres	Cote	Support	Localisation	Section	Disponibilité
1572	02-34-107	Version numérique et papier	Bibliothèque USTOMB	Thèse de Doctorat	Exclu du prêt

Documents numériques

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