Caractérisation moléculaire et morphologique du figuier (Ficus carica L.) d’Algérie / BENETTAYEB Zine-Eddine 

Public ISBD Titre : Caractérisation moléculaire et morphologique du figuier (Ficus carica L.) d’Algérie Type de document : texte imprimé Auteurs : BENETTAYEB Zine-Eddine, Auteur Année de publication : 2017-2018 Accompagnement : CD Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :Biotechnologie Mots-clés : Algeria, characterization, genetic diversity, Ficus carica L., valuation. Algérie, caractérisation, diversité génétique, Ficus carica L., valorisation. Résumé : The objective of this research is to evaluate the genetic diversity of 73 common fig tree accessions, Ficus carica L. (2n = 26) using five specific microsatellite markers (MFC2, MFC4, MFC5, MFC7 and MFC8) and 66 international morphological descriptors (26 quantitative and 40 qualitative). Molecular analysis revealed a number of alleles per locus of between 2.2 and 3.0 depending on the population, as well as an average total number per population of 2.64. Two homozygous loci (MFC5 and MFC7) were detected while the observed average heterozygosity was higher (0.730) than the expected heterozygosity (0.593). Phylogenetic relationships have divided the five populations into three groups that are characterized by spatial genetic structuring due to the membership of the accessions to a common ancestor and their selection from pre-existing plant material. The analysis of the clustering made it possible to detect several cases of homonymies and synonymies among the accessions, whose structuring is independent of the type of tree or its origin but probably the consequence of the human factor. A list of varieties can hardly be exhaustive, especially since the exchange of plant material from one region to another has been facilitated through cuttings. The results of the analysis of variance, at the threshold of 0.0001, revealed that among the 25 quantitative morphological characters studied, only the number of lobes per leaf and the thickness of the petiole were not significant and not useful for differentiation varietal. Soluble solids content of between 15.33 - 28.23% is a high quality index for most varieties. The evaluation of chemical pomological properties revealed an excellent fruit quality and very good scores in 18 varieties that can thus compete with the best genotypes of fig tree in the world. Among these varieties, 'Meroudji', 'Chetoui' and 'Harcha' offer new opportunities for fig producers and need to be planted on a large scale. The varieties 'Enk El H'mam' and 'Ramliya' record the best qualitative performances with respective scores of 824 and 770 and deserve to be candidates for the labeling. The molecular and morphological markers used in this study have been shown to be efficient for genetic polymorphism analysis of fig tree resources. Their conservation will be used for future research as well as for the establishment of a national database. La présente recherche a pour objectif l’évaluation de la diversité génétique de 73 accessions de figuier commun, Ficus carica L. (2n = 26) à l’aide de cinq marqueurs microsatellites spécifiques (MFC2, MFC4, MFC5, MFC7 et MFC8) et de 66 descripteurs morphologiques internationaux (26 quantitatifs et 40 qualitatifs). L’analyse moléculaire a révélé un nombre d’allèles par locus compris entre 2,2 et 3,0 selon la population ainsi qu’un nombre total moyen par population de 2,64. Deux locus homozygotes (MFC5 et MFC7) ont été détectés alors que l’hétérozygotie moyenne observée est plus élevée (0,730) que l’hétérozygotie attendue (0,593). Les relations phylogénétiques ont répartit les cinq populations en trois groupes qui sont caractérisés par une structuration génétique spatiale en raison de l’appartenance des accessions à un ancêtre commun et à leur sélection à partir d’un matériel végétal préexistant. L’analyse du regroupement a permis de détecter plusieurs cas d’homonymies et de synonymies parmi les accessions, dont la structuration est indépendante du sexe de l’arbre ou de son origine mais probablement la conséquence du facteur humain. Un listing de variétés peut difficilement être exhaustif, surtout que l’échange du matériel végétal d’une région à une autre a été facilité grâce au bouturage. Les résultats de l’analyse de variance ont révélé au seuil de 0,0001 que, parmi les 25 caractères morphologiques quantitatifs étudiés, seuls le nombre de lobes par feuille et l’épaisseur du pétiole se sont pas significatifs pour la différenciation variétale. L’obtention de teneurs en extrait sec soluble comprises entre 15,33 et 28,23 % constitue un indice de qualité élevée chez la plupart des variétés. L’évaluation des propriétés pomologiques chimiques a révélé une excellente qualité des fruits et de très bons scores chez 18 variétés.Parmi ces variétés, ‘Meroudji’, ‘Chetoui’ et ‘Harcha’ offrent de nouvelles opportunités aux producteurs de figues et doivent être plantées à grande échelle. Les variétés ‘Enk El H’mam’ et ‘Ramliya’ enregistrent les meilleures performances qualitatives avec des scores respectifs de 824 et 770 et méritent d’être candidats à la labellisation. Les marqueurs moléculaires et morphologiques utilisés dans cette étude se sont avérés efficients pour l’analyse du polymorphisme génétique des ressources du figuier. Leur conservation servira pour de futurs travaux de recherches ainsi que pour la constitution d’une base de données nationale. Directeur de thèse : BENCHEIKH Mohamed Caractérisation moléculaire et morphologique du figuier (Ficus carica L.) d’Algérie [texte imprimé] / BENETTAYEB Zine-Eddine, Auteur . - 2017-2018 . -  + CD. Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :Biotechnologie Mots-clés : Algeria, characterization, genetic diversity, Ficus carica L., valuation. Algérie, caractérisation, diversité génétique, Ficus carica L., valorisation. Résumé : The objective of this research is to evaluate the genetic diversity of 73 common fig tree accessions, Ficus carica L. (2n = 26) using five specific microsatellite markers (MFC2, MFC4, MFC5, MFC7 and MFC8) and 66 international morphological descriptors (26 quantitative and 40 qualitative). Molecular analysis revealed a number of alleles per locus of between 2.2 and 3.0 depending on the population, as well as an average total number per population of 2.64. Two homozygous loci (MFC5 and MFC7) were detected while the observed average heterozygosity was higher (0.730) than the expected heterozygosity (0.593). Phylogenetic relationships have divided the five populations into three groups that are characterized by spatial genetic structuring due to the membership of the accessions to a common ancestor and their selection from pre-existing plant material. The analysis of the clustering made it possible to detect several cases of homonymies and synonymies among the accessions, whose structuring is independent of the type of tree or its origin but probably the consequence of the human factor. A list of varieties can hardly be exhaustive, especially since the exchange of plant material from one region to another has been facilitated through cuttings. The results of the analysis of variance, at the threshold of 0.0001, revealed that among the 25 quantitative morphological characters studied, only the number of lobes per leaf and the thickness of the petiole were not significant and not useful for differentiation varietal. Soluble solids content of between 15.33 - 28.23% is a high quality index for most varieties. The evaluation of chemical pomological properties revealed an excellent fruit quality and very good scores in 18 varieties that can thus compete with the best genotypes of fig tree in the world. Among these varieties, 'Meroudji', 'Chetoui' and 'Harcha' offer new opportunities for fig producers and need to be planted on a large scale. The varieties 'Enk El H'mam' and 'Ramliya' record the best qualitative performances with respective scores of 824 and 770 and deserve to be candidates for the labeling. The molecular and morphological markers used in this study have been shown to be efficient for genetic polymorphism analysis of fig tree resources. Their conservation will be used for future research as well as for the establishment of a national database. La présente recherche a pour objectif l’évaluation de la diversité génétique de 73 accessions de figuier commun, Ficus carica L. (2n = 26) à l’aide de cinq marqueurs microsatellites spécifiques (MFC2, MFC4, MFC5, MFC7 et MFC8) et de 66 descripteurs morphologiques internationaux (26 quantitatifs et 40 qualitatifs). L’analyse moléculaire a révélé un nombre d’allèles par locus compris entre 2,2 et 3,0 selon la population ainsi qu’un nombre total moyen par population de 2,64. Deux locus homozygotes (MFC5 et MFC7) ont été détectés alors que l’hétérozygotie moyenne observée est plus élevée (0,730) que l’hétérozygotie attendue (0,593). Les relations phylogénétiques ont répartit les cinq populations en trois groupes qui sont caractérisés par une structuration génétique spatiale en raison de l’appartenance des accessions à un ancêtre commun et à leur sélection à partir d’un matériel végétal préexistant. L’analyse du regroupement a permis de détecter plusieurs cas d’homonymies et de synonymies parmi les accessions, dont la structuration est indépendante du sexe de l’arbre ou de son origine mais probablement la conséquence du facteur humain. Un listing de variétés peut difficilement être exhaustif, surtout que l’échange du matériel végétal d’une région à une autre a été facilité grâce au bouturage. Les résultats de l’analyse de variance ont révélé au seuil de 0,0001 que, parmi les 25 caractères morphologiques quantitatifs étudiés, seuls le nombre de lobes par feuille et l’épaisseur du pétiole se sont pas significatifs pour la différenciation variétale. L’obtention de teneurs en extrait sec soluble comprises entre 15,33 et 28,23 % constitue un indice de qualité élevée chez la plupart des variétés. L’évaluation des propriétés pomologiques chimiques a révélé une excellente qualité des fruits et de très bons scores chez 18 variétés.Parmi ces variétés, ‘Meroudji’, ‘Chetoui’ et ‘Harcha’ offrent de nouvelles opportunités aux producteurs de figues et doivent être plantées à grande échelle. Les variétés ‘Enk El H’mam’ et ‘Ramliya’ enregistrent les meilleures performances qualitatives avec des scores respectifs de 824 et 770 et méritent d’être candidats à la labellisation. Les marqueurs moléculaires et morphologiques utilisés dans cette étude se sont avérés efficients pour l’analyse du polymorphisme génétique des ressources du figuier. Leur conservation servira pour de futurs travaux de recherches ainsi que pour la constitution d’une base de données nationale. Directeur de thèse : BENCHEIKH Mohamed

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Étude du complexe Artemisia herba-alba Asso d’Algérie par des approches pluridisciplinaires: cytogénétique classique, cytogénétique moléculaire, phylogénie et phylogéographie / BOUGOUTAIA Youcef 

Public ISBD Titre : Étude du complexe Artemisia herba-alba Asso d’Algérie par des approches pluridisciplinaires: cytogénétique classique, cytogénétique moléculaire, phylogénie et phylogéographie Type de document : texte imprimé Auteurs : BOUGOUTAIA Youcef, Auteur Année de publication : 2017-2018 Accompagnement : CD Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :Biotechnologie Mots-clés : ADN chloroplastique, Anthemideae, Artemisia herba-alba, Asteraceae, cytogénétique, hybridation in situ fluorescente, taille du génome, phylogénie, phylogéographie, polyploïdie. Anthemideae, Artemisia herba-alba, Asteraceae, chloroplast DNA, cytogenetic, fluorescent in situ hybridization, genome size, phylogeny, phylogeography, polyploidy. Résumé : Le projet d’étude porte sur une caractérisation génétique par des approches de cytogénétique classique et moléculaire et de phylogénie et phylogéographie de différentes populations d’Artemisia herba-alba couvrant toute l’aire de répartition de ce taxon en Algérie Au terme de cette étude, deux nombres chromosomiques 2n = 2x = 18 et 2n = 4x = 36 chez l’espèce Artemisia herba-alba de l’Algérie, ont été révélés, avec une coexistence des deux cytotypes dans la même population dans deux populations, occupant une position géographique plus ou moins centrale dans la zone étudiée. Le cytotype diploïde 2n = 2x = 18 a été détecté pour la première fois en Algérie. Quatre signaux (2 loci) ont été détectés par le FISH dans les cytotypes diploïdes et huit (4 loci) dans des cytotypes tétraploïdes pour les deux gènes d'ADN ribosomique. Les deux gènes se colocalisent sur le même site chromosomique, et présentent en conséquence, une organisation de type L (liée). La taille du génome reflète bien les deux niveaux de ploïdie, avec une réduction relative de la quantité d’ADN nucléaire dans les cytotypes polyploïdes. La température minimale de janvier «tm» semble être le facteur déterminant dans la distribution spatiale des deux cytotypes. L’étude phylogénétique et phylogéographique par l’utilisation des séquences de l’ADNcp, portée sur 17 populations d’Artemisia herba-alba a montré un faible niveau de diversité génétique. Toutefois, il y a suffisamment de variation sur l’ADNcp pour qu’un signal phylogéographique soit détecté. La région du Centre-Est s’est montré la plus diversifiée. L’origine d’Artemisia herba-alba dans le Hoggar est probablement dérivée des populations situées dans la limite sud de la zone étudiée par le biais de corridors biologiques établis à la fin du Miocène entre les écosystèmes méditerranéens et sahariens centraux. Les montagnes du Sahara Central ont constitué ainsi des refuges biogéographiques cruciaux pour ce taxon. The project concerns a genetic characterization by classical and molecular cytogenetic approaches and phylogeny and phylogeography of different populations of Artemisia herbaalba covering the whole range of this taxon in Algeria. At the end of this study, two chromosome numbers 2n = 2x = 18 and 2n = 4x = 36 in the species Artemisia herba-alba from Algeria were revealed, with a coexistence of two cytotypes in the same population in two populations, occupying a more or less central geographic position in the study area. The diploid cytotype 2n = 2x = 18 was detected for the first time in Algeria. Four signals (2 loci) were detected by FISH in diploid cytotypes and eight (4 loci) in tetraploid cytotypes for both ribosomal DNA genes. Both genes are colocalized on the same chromosomal site, and therefore have an L (linked) organization. The genome size reflects both poidy levels, with a relative reduction of nuclear DNA amount in the polyploid cytotypes. The minimum temperature of January "tm" seems to be the determining factor in the spatial distribution of the two cytotypes. The phylogenetic and phylogeographic studies using cpDNA sequences in 17 populations of Artemisia herba-alba showed a low level of genetic diversity. However, there is enough variation on the cpDNA for a phylogeographic signal to be detected. The Central-East region was the most diverse. The origin of Artemisia herba-alba in Hoggar is probably derived from populations in the southern boundary of the study area through late Miocene biological corridors between Mediterranean and central Saharan ecosystems. The mountains of the Central Sahara have thus become crucial biogeographic refuges for this taxon. Directeur de thèse : KAID-HARCHE Meriem Étude du complexe Artemisia herba-alba Asso d’Algérie par des approches pluridisciplinaires: cytogénétique classique, cytogénétique moléculaire, phylogénie et phylogéographie [texte imprimé] / BOUGOUTAIA Youcef, Auteur . - 2017-2018 . -  + CD. Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :Biotechnologie Mots-clés : ADN chloroplastique, Anthemideae, Artemisia herba-alba, Asteraceae, cytogénétique, hybridation in situ fluorescente, taille du génome, phylogénie, phylogéographie, polyploïdie. Anthemideae, Artemisia herba-alba, Asteraceae, chloroplast DNA, cytogenetic, fluorescent in situ hybridization, genome size, phylogeny, phylogeography, polyploidy. Résumé : Le projet d’étude porte sur une caractérisation génétique par des approches de cytogénétique classique et moléculaire et de phylogénie et phylogéographie de différentes populations d’Artemisia herba-alba couvrant toute l’aire de répartition de ce taxon en Algérie Au terme de cette étude, deux nombres chromosomiques 2n = 2x = 18 et 2n = 4x = 36 chez l’espèce Artemisia herba-alba de l’Algérie, ont été révélés, avec une coexistence des deux cytotypes dans la même population dans deux populations, occupant une position géographique plus ou moins centrale dans la zone étudiée. Le cytotype diploïde 2n = 2x = 18 a été détecté pour la première fois en Algérie. Quatre signaux (2 loci) ont été détectés par le FISH dans les cytotypes diploïdes et huit (4 loci) dans des cytotypes tétraploïdes pour les deux gènes d'ADN ribosomique. Les deux gènes se colocalisent sur le même site chromosomique, et présentent en conséquence, une organisation de type L (liée). La taille du génome reflète bien les deux niveaux de ploïdie, avec une réduction relative de la quantité d’ADN nucléaire dans les cytotypes polyploïdes. La température minimale de janvier «tm» semble être le facteur déterminant dans la distribution spatiale des deux cytotypes. L’étude phylogénétique et phylogéographique par l’utilisation des séquences de l’ADNcp, portée sur 17 populations d’Artemisia herba-alba a montré un faible niveau de diversité génétique. Toutefois, il y a suffisamment de variation sur l’ADNcp pour qu’un signal phylogéographique soit détecté. La région du Centre-Est s’est montré la plus diversifiée. L’origine d’Artemisia herba-alba dans le Hoggar est probablement dérivée des populations situées dans la limite sud de la zone étudiée par le biais de corridors biologiques établis à la fin du Miocène entre les écosystèmes méditerranéens et sahariens centraux. Les montagnes du Sahara Central ont constitué ainsi des refuges biogéographiques cruciaux pour ce taxon. The project concerns a genetic characterization by classical and molecular cytogenetic approaches and phylogeny and phylogeography of different populations of Artemisia herbaalba covering the whole range of this taxon in Algeria. At the end of this study, two chromosome numbers 2n = 2x = 18 and 2n = 4x = 36 in the species Artemisia herba-alba from Algeria were revealed, with a coexistence of two cytotypes in the same population in two populations, occupying a more or less central geographic position in the study area. The diploid cytotype 2n = 2x = 18 was detected for the first time in Algeria. Four signals (2 loci) were detected by FISH in diploid cytotypes and eight (4 loci) in tetraploid cytotypes for both ribosomal DNA genes. Both genes are colocalized on the same chromosomal site, and therefore have an L (linked) organization. The genome size reflects both poidy levels, with a relative reduction of nuclear DNA amount in the polyploid cytotypes. The minimum temperature of January "tm" seems to be the determining factor in the spatial distribution of the two cytotypes. The phylogenetic and phylogeographic studies using cpDNA sequences in 17 populations of Artemisia herba-alba showed a low level of genetic diversity. However, there is enough variation on the cpDNA for a phylogeographic signal to be detected. The Central-East region was the most diverse. The origin of Artemisia herba-alba in Hoggar is probably derived from populations in the southern boundary of the study area through late Miocene biological corridors between Mediterranean and central Saharan ecosystems. The mountains of the Central Sahara have thus become crucial biogeographic refuges for this taxon. Directeur de thèse : KAID-HARCHE Meriem

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Étude expérimentale et in-silico de l’activité biologique de certains dérivés de la molécule du Camphre et son activité antivirale. / Wahiba HAMZI 

Public ISBD Titre : Étude expérimentale et in-silico de l’activité biologique de certains dérivés de la molécule du Camphre et son activité antivirale. Type de document : texte imprimé Auteurs : Wahiba HAMZI, Auteur Année de publication : 16-12-2020 Importance : 156 p. Présentation : ill. Format : A4 Accompagnement : CD Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :Biotechnologie Mots-clés : Virus de la grippe, Antivirale, Camphre, Dérivés de diimines, DFT, RSA, RQSA. Résumé : En raison de la capacité du virus de la grippe à développer une résistance aux médicaments, la mise au point de nouveaux antiviraux est un objectif important de la science médicale et des systèmes de soins de santé. Le but de cette thèse est d’étudier l’activité antivirale in vitro et in silico de la molécule du Camphre 1,7,7-triméthylbicyclo,heptan-2-one. Nous avons évalué l'activité antivirale in vitro avec trois différentes concentrations, le calcul de la DCIT50 à donner les valeurs suivantes 104,83 ,104 pour les concentrations choisies, un faible pourcentage d'effet cytopathogène de 5% a révélé l'absence de l'effet antiviral du Camphre sur les cellules MDCK inoculées avec le virus de la grippe (G243/12AH1N1pdm09). Dans le but de réaliser une étude in-silico, on a utilisé des méthodes de modélisation moléculaire dans notre travail Hartree-Fock et la théorie de la densité Fonctionnelle afin de déterminer les paramètres structuraux, électroniques et énergétiques associés aux molécules étudiées. La nature de type du substituant influe sur les paramètres électroniques et énergétiques de la molécule du Camphre. En effet, cette étude nous permet de prédire la réactivité chimique des dérivés du Camphre, nous concluons aussi que la méthode DFT (B3LYP) avec la base 6-311G+(d,p) est la meilleure méthode pour approfondir notre recherche. Nous avons également effectué une analyse des relations structure-activité(RSA) appliquée à vingt-cinq molécules de diimines symétriques à base de camphre, un modèle de régression linéaire multiple a été utilisé pour corréler les relations entre l'activité biologique des dérivés de diimines symétriques à base de camphre, la prédiction du modèle est estimée par validation croisée avec la méthode d'exclusion. Les résultats que nous avons obtenus suggèrent un modèle relation quantitative structure-activité (RQSA) basé sur différents les descripteurs parmi eux le volume moléculaire (VM), l’énergie d’hydratation (EH) la polarisabilité (POL), réfractivité molaire (RM), énergie totale (Et) pour l'inhibition de la reproduction du virus de la grippe afin de confirmer le pouvoir prédictif des modèles. La forte corrélation entre les données expérimentales et les données prévues a été observée, ce qui indique la bonne qualité du modèle RQSA. Due to the influenza virus ability to improve resistance to drugs, the development of new antivirals is an important goal of medical science and health care systems. The aim of this thesis is to study the antiviral activity in vitro and in silico of the molecule of Camphor 1,7,7trimethylbicyclo, heptan-2-one. We evaluated the antiviral activity in vitro with three different concentrations, the calculation of the DCIT50 to give the following values 104.83, 104 for the selected concentrations, a low percentage of cytopathogenic effect of 5% revealed the absence of the antiviral effect of Camphor on MDCK cells inoculated with influenza virus (G243 / 12AH1N1pdm09). In order to carry out an in-silico study, we used molecular modeling methods used in our work are: Hartree-Fock and Functional density theory in order to determine the structural, electronic and energy parameters associated with the molecules studied. The nature of the type of substituent influences the electronic and energetic parameters of the Camphor molecule. Indeed, this study allows us to predict the chemical reactivity of camphor derivatives, we have also concluded that the DFT method (B3LYP) with the base 6-311G + (d, p) is the best method to deepen our research.We also performed a structure-activity relationship (SAR) analysis applied to twenty-five symmetrical camphor-based diimine molecules, a multiple linear regression model was used to correlate the relationships between the biological activity of diimine derivatives symmetrical based on camphor, the model prediction is estimated by crossvalidation with the exclusion method. The results we obtained suggest a quantitative structure-activity relationship (QSAR) model based on different descriptors among them molecular volume (MV), energy of hydration (EH) polarizability (POL), molar refractivity (MR ), total energy (Et) for inhibition of influenza virus reproduction in order to confirm the predictive power of the models. The strong correlation between the experimental data and the predicted data was observed, indicating the good quality of the QSAR model. Directeur de thèse : TCHOUAR Noureddine Étude expérimentale et in-silico de l’activité biologique de certains dérivés de la molécule du Camphre et son activité antivirale. [texte imprimé] / Wahiba HAMZI, Auteur . - 16-12-2020 . - 156 p. : ill. ; A4 + CD. Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :Biotechnologie Mots-clés : Virus de la grippe, Antivirale, Camphre, Dérivés de diimines, DFT, RSA, RQSA. Résumé : En raison de la capacité du virus de la grippe à développer une résistance aux médicaments, la mise au point de nouveaux antiviraux est un objectif important de la science médicale et des systèmes de soins de santé. Le but de cette thèse est d’étudier l’activité antivirale in vitro et in silico de la molécule du Camphre 1,7,7-triméthylbicyclo,heptan-2-one. Nous avons évalué l'activité antivirale in vitro avec trois différentes concentrations, le calcul de la DCIT50 à donner les valeurs suivantes 104,83 ,104 pour les concentrations choisies, un faible pourcentage d'effet cytopathogène de 5% a révélé l'absence de l'effet antiviral du Camphre sur les cellules MDCK inoculées avec le virus de la grippe (G243/12AH1N1pdm09). Dans le but de réaliser une étude in-silico, on a utilisé des méthodes de modélisation moléculaire dans notre travail Hartree-Fock et la théorie de la densité Fonctionnelle afin de déterminer les paramètres structuraux, électroniques et énergétiques associés aux molécules étudiées. La nature de type du substituant influe sur les paramètres électroniques et énergétiques de la molécule du Camphre. En effet, cette étude nous permet de prédire la réactivité chimique des dérivés du Camphre, nous concluons aussi que la méthode DFT (B3LYP) avec la base 6-311G+(d,p) est la meilleure méthode pour approfondir notre recherche. Nous avons également effectué une analyse des relations structure-activité(RSA) appliquée à vingt-cinq molécules de diimines symétriques à base de camphre, un modèle de régression linéaire multiple a été utilisé pour corréler les relations entre l'activité biologique des dérivés de diimines symétriques à base de camphre, la prédiction du modèle est estimée par validation croisée avec la méthode d'exclusion. Les résultats que nous avons obtenus suggèrent un modèle relation quantitative structure-activité (RQSA) basé sur différents les descripteurs parmi eux le volume moléculaire (VM), l’énergie d’hydratation (EH) la polarisabilité (POL), réfractivité molaire (RM), énergie totale (Et) pour l'inhibition de la reproduction du virus de la grippe afin de confirmer le pouvoir prédictif des modèles. La forte corrélation entre les données expérimentales et les données prévues a été observée, ce qui indique la bonne qualité du modèle RQSA. Due to the influenza virus ability to improve resistance to drugs, the development of new antivirals is an important goal of medical science and health care systems. The aim of this thesis is to study the antiviral activity in vitro and in silico of the molecule of Camphor 1,7,7trimethylbicyclo, heptan-2-one. We evaluated the antiviral activity in vitro with three different concentrations, the calculation of the DCIT50 to give the following values 104.83, 104 for the selected concentrations, a low percentage of cytopathogenic effect of 5% revealed the absence of the antiviral effect of Camphor on MDCK cells inoculated with influenza virus (G243 / 12AH1N1pdm09). In order to carry out an in-silico study, we used molecular modeling methods used in our work are: Hartree-Fock and Functional density theory in order to determine the structural, electronic and energy parameters associated with the molecules studied. The nature of the type of substituent influences the electronic and energetic parameters of the Camphor molecule. Indeed, this study allows us to predict the chemical reactivity of camphor derivatives, we have also concluded that the DFT method (B3LYP) with the base 6-311G + (d, p) is the best method to deepen our research.We also performed a structure-activity relationship (SAR) analysis applied to twenty-five symmetrical camphor-based diimine molecules, a multiple linear regression model was used to correlate the relationships between the biological activity of diimine derivatives symmetrical based on camphor, the model prediction is estimated by crossvalidation with the exclusion method. The results we obtained suggest a quantitative structure-activity relationship (QSAR) model based on different descriptors among them molecular volume (MV), energy of hydration (EH) polarizability (POL), molar refractivity (MR ), total energy (Et) for inhibition of influenza virus reproduction in order to confirm the predictive power of the models. The strong correlation between the experimental data and the predicted data was observed, indicating the good quality of the QSAR model. Directeur de thèse : TCHOUAR Noureddine

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34118	02-34-118	Version numérique et papier	Bibliothèque USTOMB	Thèse de Doctorat	Exclu du prêt

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Étude expérimentale et in-silico de l’activité biologique de certains dérivés de la molécule du Camphre et son activité antivirale. Adobe Acrobat PDF

Etude in sillico de la thalidomide :Apport de la modélisation moléculaire / DERMECHE Keltoum 

Public ISBD Titre : Etude in sillico de la thalidomide :Apport de la modélisation moléculaire Type de document : texte imprimé Auteurs : DERMECHE Keltoum, Auteur Année de publication : 14-12-2017 Accompagnement : CD Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :Biotechnologie Mots-clés : Thalidomide, Enantiomère, Modélisation moléculaire, HF, DFT, QSAR, MLR Résumé : La thalidomide a été commercialisée comme sédatif hypnotique destinée aux femmes enceintes en 1957, puis retirée dans les années 60 due aux malformations congénitales qui ont conduit aux graves problèmes tératogènes provoqués par l’énantiomère S de la thalidomide alors que l’énantiomère R de la thalidomide avait l’effet thérapeutique recherché. Ce travail a pour objectif de discuter les différentes méthodes et approches computationnelles; utilisées dans la conception des médicaments assistée par ordinateur. Les paramètres structuraux, électroniques, énergétiques et les fréquences de vibration des énantiomères S et R de la thalidomide ont été calculés par les méthodes de la modélisation moléculaire: ab initio / HF et DFT/B3LYP. Une étude qualitative de la relation structure-activité a été effectuée également pour une série de dérivés de la thalidomide. La régression linéaire multiple (MLR) a été utilisée pour quantifier les relations entre les descripteurs moléculaires et la propriété de l’activité anti inflammatoire des dérivés de la thalidomide ; La prédiction des modèles obtenus a été confirmé par la méthode de validation croisée LOO. Une forte corrélation a été observée entre les valeurs expérimentales et prédites de l’activité spécifique, ce qui indique la validité et la qualité des modèles QSAR obtenus. Directeur de thèse : TCHOUAR Noureddine Etude in sillico de la thalidomide :Apport de la modélisation moléculaire [texte imprimé] / DERMECHE Keltoum, Auteur . - 14-12-2017 . -  + CD. Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :Biotechnologie Mots-clés : Thalidomide, Enantiomère, Modélisation moléculaire, HF, DFT, QSAR, MLR Résumé : La thalidomide a été commercialisée comme sédatif hypnotique destinée aux femmes enceintes en 1957, puis retirée dans les années 60 due aux malformations congénitales qui ont conduit aux graves problèmes tératogènes provoqués par l’énantiomère S de la thalidomide alors que l’énantiomère R de la thalidomide avait l’effet thérapeutique recherché. Ce travail a pour objectif de discuter les différentes méthodes et approches computationnelles; utilisées dans la conception des médicaments assistée par ordinateur. Les paramètres structuraux, électroniques, énergétiques et les fréquences de vibration des énantiomères S et R de la thalidomide ont été calculés par les méthodes de la modélisation moléculaire: ab initio / HF et DFT/B3LYP. Une étude qualitative de la relation structure-activité a été effectuée également pour une série de dérivés de la thalidomide. La régression linéaire multiple (MLR) a été utilisée pour quantifier les relations entre les descripteurs moléculaires et la propriété de l’activité anti inflammatoire des dérivés de la thalidomide ; La prédiction des modèles obtenus a été confirmé par la méthode de validation croisée LOO. Une forte corrélation a été observée entre les valeurs expérimentales et prédites de l’activité spécifique, ce qui indique la validité et la qualité des modèles QSAR obtenus. Directeur de thèse : TCHOUAR Noureddine

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1448	02-34-101	Version numérique et papier	Bibliothèque USTOMB	Thèse de Doctorat	Exclu du prêt

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Recherche d’activité biologique de molécules végétales pour la lutte contre Fusarium oxysporum f. sp. albedinis / MEBARKI Lakhdar 

Public ISBD Titre : Recherche d’activité biologique de molécules végétales pour la lutte contre Fusarium oxysporum f. sp. albedinis Type de document : texte imprimé Auteurs : MEBARKI Lakhdar, Auteur Année de publication : 2016 Importance : 171 p. Accompagnement : CD Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :Biotechnologie Mots-clés : Bechar  activité biologique  flavonoïdes  Fusarium oxysporum f .sp. albedinis  molécules végétales  polysaccharides pariétaux Bechar  biological activity  flavonoïdes  cell wall polysaccharides  Fusarium oxysporum f. sp. albedinis  plant molecules بشار، النشاط البيولوجي، الفلافونويدات، الفيزاريوم أوكسيسبوروم ن ف البيدينيس، جزيئات نباتية، متعددات السكر الجدرانية. Résumé : Ce travail s’intéresse à la recherche de l’activité antifongique de quelques molécules végétales vis-à-vis Fusarium oxysporum f .sp. albedinis (Foa), agent pathogène responsable à la fusariose vasculaire chez le palmier dattier. Pour cela, des extraits flavonoïdiques et polysaccharidiques pariétaux (cellulose, hémicellulose et pectines méthylées (PM)) ont été préparées à partir des feuilles et des fleurs de trois plantes médicinales (Anvillea radiata, Bubonium graveolens et Cotula cinerea, récoltées dans la région de Bechar, sud ouest Algérien) et ont ensuite été évalués pour leur effet antifongique contre Foa. Parallèlement à cette étude, une analyse phytochimique a été effectuée pour ces trois espèces dont elle a montré leur richesse en métabolites secondaires. L’extraction a montré que le rendement en cellulose était le plus important suivi par l’hémicellulose, les PM et en fin les flavonoïdes. Les résultats de l’activité antifongique ont montré que les flavonoïdes sont plus fongitoxique sur la croissance mycélienne que sur la germination et la sporulation. Par contre, les hémicelluloses et les PM sont plus efficaces sur la sporulation que sur la germination et la croissance radiale. De même, les milieux à base de cellulose sont montrés plus efficaces sur la germination et la sporulation que sur la croissance radiale. Les extraits cellulosiques ont été utilisés aussi pour reconstituer un milieu liquide sur lequel le développement de la biomasse du champignon a été étudié. La biomasse formée en milieux à base de cellulose des 3 plantes médicinales était moins importante comparativement au PDB. Dans une autre partie, ces mêmes extraits ont été additionnés à des sols inoculés par Foa. Les résultats de ce test ont indiqué que les différents extraits utilisés sont montrés actifs dans 59.16 % des tests. Par la suite, Les flavonoides ont été évalués pour leurs effets sur la virulence relative, la mycotoxicogenèse et l’activité cellulasique du Foa. Les résultats ont témoigné que les flavonoïdes ont réduit la virulence relative du Foa dans 80% des tests. Par contre, seuls les flavonoides de B. graveolens ont permis d’empêcher la synthèse des toxines chez le Foa. D’autre part, l’activité cellulasique a été inhibée par les extraits flavonoidiques de toutes les plantes étudiées. This work focuses on the research of the antifungal activity of some plant substances against Fusarium oxysporum f. sp. albedinis (Foa), the causal agent of vascular wilt of date palm. For this, flavonoid extracts and cell wall polysaccharide extracts (cellulose, hemicellulose and methylated pectins (MP)) were prepared from the leaves and flowers of three medicinal plants (Anvillea radiata, Bubonium graveolens and Cotula cinerea which were harvested in the region of Bechar, southwest of Algeria) and then were evaluated for their antifungal effect against Foa. Parallel to this study, a phytochemical analysis was performed for these three species and it has shown that they are rich in secondary metabolites. The extraction showed that the yield of cellulose was the most important, followed by hemicellulose, MP and flavonoids. The results of the antifungal activity showed that the flavonoids are more fungitoxic on mycelial growth compared with the germination and the sporulation. By cons, hemicelluloses and MP are more effective on sporulation compared with the germination and the radial growth. Similarly, cellulosebased media were more effective on germination and sporulation compared with the radial growth. The cellulosic extracts were also used to reconstitute a liquid medium on which the development of the fungal biomass was investigated. The biomass formed into cellulose-based media of 3 medicinal plants was less important compared to the PDB. In another part, these extracts were added to soil inoculated with Foa. The results of this test indicated that the various extracts used were active in 59.16% of the tests. Thereafter, Flavonoids were evaluated for their effects on relative virulence, mycotoxicogenese and cellulase activity of Foa. The results have shown that flavonoids have reduced the relative virulence of Foa in 80% of tests. By cons, only the flavonoids of B. graveolens have prevented the synthesis of Foa toxins. Moreover, the cellulase activity was inhibited by the flavonoid extracts of all plants tested. تهدف هذه الدراسة إلى البحث عن النشاط ضد الفطري لبعض المواد النباتية تجاه الفيزاريوم أوكسيسبوروم ن ف البيدينيس المسبب للذبول الوعائي لنخيل التمر. لهذا الغرض، تم تحضير مستخلصات فلافونويدية و أخرى متعددة السكر الجدرانية )السليلوز ، الهيميسيليلوز و البكتينات المثيلية( من أوراق و أزهار ثلاثة نباتات طبية تم قلعها من منطقة بشار، جنوب غرب الجزائر( ثم Cotula cinerea و Bubonium graveolens ، Anvillea radiata ( بعدها تم اختبار نشاطها ضد الفطري تجاه الفيزاريوم أوكسيسبوروم ن ف البيدينيس .بالمقابل، تم إجراء تحليل فيتوكيميائي أثبت غنو هذه النباتات بالمركبات الثانوية. عملية استخلاص المواد المراد دراستها أثبتت أن مردود السليلوز كان معتبرا متبوعا بالهيميسيليلوز فالبكتينات المثيلية ثم الفلافونويدات. نتائج النشاط ضد الفطري أثبتت أن الفلافونويدات كانت لها أكثر فعالية على النمو الفطري العرض ي مقارنة بإنبات الأبواغ و تشكل الأبواغ. في حين أن مجموعة الهيميسيليلوز و البكتينات المثيلية كانت أكثر تثبيطا لإنبات الأبواغ و تشكل الأبواغ مقارنة بالنمو الفطري العرض ي. كذلك أوساط الاستنبات المشكلة من السليلوز كانت لها أكثر فعالية على إنبات الأبواغ و تشكل الأبواغ مقارنة بالنمو الفطري. المستخلصات السليلوزية استعملت أيضا في تشكيل أوساط استنبات سائلة أين تمت دراسة قدرة الفطر على تشكيل الكتلة الحيوية، حيث أظهرت النتائج أن الكتلة الحيوية المشكلة في أوساط الاستنبات ذات من جهة أخرى ، تمت معالجة عينات من .PDB الدعامة السليلوزية كانت ضعيفة مقارنة بتلك المشكلة في وسط التربة المعقمة بالمستخلصات المدروسة فتم التوصل إلى أن هذه المستخلصات كانت فعالة في 59.16 % من الاختبارات. بعد ذلك، تم تقييم فعالية الفلافونويدات تجاه السمية النسبية، تشكل السموم و على نشاط إنزيم السليلاز لدى الفطر. أظهرت النتائج أن الفلافونويدات أنقصت السمية النسبية للفطر في 80 % من الحالات. في حين وحدها التي ثبطت تشكل السموم لدى الفطر. من Bubonium graveolens أن الفلافونويدات المستخلصة من نبات جهة أخرى تم تثبيط نشاط إنزيم السليلاز من طرف الفلافونويدات المستخلصة من جميع النباتات. Directeur de thèse : KAID-HARCHE Meriem Recherche d’activité biologique de molécules végétales pour la lutte contre Fusarium oxysporum f. sp. albedinis [texte imprimé] / MEBARKI Lakhdar, Auteur . - 2016 . - 171 p. + CD. Langues : Français (fre) Catégories : Biotechnologie :Biotechnologie Mots-clés : Bechar  activité biologique  flavonoïdes  Fusarium oxysporum f .sp. albedinis  molécules végétales  polysaccharides pariétaux Bechar  biological activity  flavonoïdes  cell wall polysaccharides  Fusarium oxysporum f. sp. albedinis  plant molecules بشار، النشاط البيولوجي، الفلافونويدات، الفيزاريوم أوكسيسبوروم ن ف البيدينيس، جزيئات نباتية، متعددات السكر الجدرانية. Résumé : Ce travail s’intéresse à la recherche de l’activité antifongique de quelques molécules végétales vis-à-vis Fusarium oxysporum f .sp. albedinis (Foa), agent pathogène responsable à la fusariose vasculaire chez le palmier dattier. Pour cela, des extraits flavonoïdiques et polysaccharidiques pariétaux (cellulose, hémicellulose et pectines méthylées (PM)) ont été préparées à partir des feuilles et des fleurs de trois plantes médicinales (Anvillea radiata, Bubonium graveolens et Cotula cinerea, récoltées dans la région de Bechar, sud ouest Algérien) et ont ensuite été évalués pour leur effet antifongique contre Foa. Parallèlement à cette étude, une analyse phytochimique a été effectuée pour ces trois espèces dont elle a montré leur richesse en métabolites secondaires. L’extraction a montré que le rendement en cellulose était le plus important suivi par l’hémicellulose, les PM et en fin les flavonoïdes. Les résultats de l’activité antifongique ont montré que les flavonoïdes sont plus fongitoxique sur la croissance mycélienne que sur la germination et la sporulation. Par contre, les hémicelluloses et les PM sont plus efficaces sur la sporulation que sur la germination et la croissance radiale. De même, les milieux à base de cellulose sont montrés plus efficaces sur la germination et la sporulation que sur la croissance radiale. Les extraits cellulosiques ont été utilisés aussi pour reconstituer un milieu liquide sur lequel le développement de la biomasse du champignon a été étudié. La biomasse formée en milieux à base de cellulose des 3 plantes médicinales était moins importante comparativement au PDB. Dans une autre partie, ces mêmes extraits ont été additionnés à des sols inoculés par Foa. Les résultats de ce test ont indiqué que les différents extraits utilisés sont montrés actifs dans 59.16 % des tests. Par la suite, Les flavonoides ont été évalués pour leurs effets sur la virulence relative, la mycotoxicogenèse et l’activité cellulasique du Foa. Les résultats ont témoigné que les flavonoïdes ont réduit la virulence relative du Foa dans 80% des tests. Par contre, seuls les flavonoides de B. graveolens ont permis d’empêcher la synthèse des toxines chez le Foa. D’autre part, l’activité cellulasique a été inhibée par les extraits flavonoidiques de toutes les plantes étudiées. This work focuses on the research of the antifungal activity of some plant substances against Fusarium oxysporum f. sp. albedinis (Foa), the causal agent of vascular wilt of date palm. For this, flavonoid extracts and cell wall polysaccharide extracts (cellulose, hemicellulose and methylated pectins (MP)) were prepared from the leaves and flowers of three medicinal plants (Anvillea radiata, Bubonium graveolens and Cotula cinerea which were harvested in the region of Bechar, southwest of Algeria) and then were evaluated for their antifungal effect against Foa. Parallel to this study, a phytochemical analysis was performed for these three species and it has shown that they are rich in secondary metabolites. The extraction showed that the yield of cellulose was the most important, followed by hemicellulose, MP and flavonoids. The results of the antifungal activity showed that the flavonoids are more fungitoxic on mycelial growth compared with the germination and the sporulation. By cons, hemicelluloses and MP are more effective on sporulation compared with the germination and the radial growth. Similarly, cellulosebased media were more effective on germination and sporulation compared with the radial growth. The cellulosic extracts were also used to reconstitute a liquid medium on which the development of the fungal biomass was investigated. The biomass formed into cellulose-based media of 3 medicinal plants was less important compared to the PDB. In another part, these extracts were added to soil inoculated with Foa. The results of this test indicated that the various extracts used were active in 59.16% of the tests. Thereafter, Flavonoids were evaluated for their effects on relative virulence, mycotoxicogenese and cellulase activity of Foa. The results have shown that flavonoids have reduced the relative virulence of Foa in 80% of tests. By cons, only the flavonoids of B. graveolens have prevented the synthesis of Foa toxins. Moreover, the cellulase activity was inhibited by the flavonoid extracts of all plants tested. تهدف هذه الدراسة إلى البحث عن النشاط ضد الفطري لبعض المواد النباتية تجاه الفيزاريوم أوكسيسبوروم ن ف البيدينيس المسبب للذبول الوعائي لنخيل التمر. لهذا الغرض، تم تحضير مستخلصات فلافونويدية و أخرى متعددة السكر الجدرانية )السليلوز ، الهيميسيليلوز و البكتينات المثيلية( من أوراق و أزهار ثلاثة نباتات طبية تم قلعها من منطقة بشار، جنوب غرب الجزائر( ثم Cotula cinerea و Bubonium graveolens ، Anvillea radiata ( بعدها تم اختبار نشاطها ضد الفطري تجاه الفيزاريوم أوكسيسبوروم ن ف البيدينيس .بالمقابل، تم إجراء تحليل فيتوكيميائي أثبت غنو هذه النباتات بالمركبات الثانوية. عملية استخلاص المواد المراد دراستها أثبتت أن مردود السليلوز كان معتبرا متبوعا بالهيميسيليلوز فالبكتينات المثيلية ثم الفلافونويدات. نتائج النشاط ضد الفطري أثبتت أن الفلافونويدات كانت لها أكثر فعالية على النمو الفطري العرض ي مقارنة بإنبات الأبواغ و تشكل الأبواغ. في حين أن مجموعة الهيميسيليلوز و البكتينات المثيلية كانت أكثر تثبيطا لإنبات الأبواغ و تشكل الأبواغ مقارنة بالنمو الفطري العرض ي. كذلك أوساط الاستنبات المشكلة من السليلوز كانت لها أكثر فعالية على إنبات الأبواغ و تشكل الأبواغ مقارنة بالنمو الفطري. المستخلصات السليلوزية استعملت أيضا في تشكيل أوساط استنبات سائلة أين تمت دراسة قدرة الفطر على تشكيل الكتلة الحيوية، حيث أظهرت النتائج أن الكتلة الحيوية المشكلة في أوساط الاستنبات ذات من جهة أخرى ، تمت معالجة عينات من .PDB الدعامة السليلوزية كانت ضعيفة مقارنة بتلك المشكلة في وسط التربة المعقمة بالمستخلصات المدروسة فتم التوصل إلى أن هذه المستخلصات كانت فعالة في 59.16 % من الاختبارات. بعد ذلك، تم تقييم فعالية الفلافونويدات تجاه السمية النسبية، تشكل السموم و على نشاط إنزيم السليلاز لدى الفطر. أظهرت النتائج أن الفلافونويدات أنقصت السمية النسبية للفطر في 80 % من الحالات. في حين وحدها التي ثبطت تشكل السموم لدى الفطر. من Bubonium graveolens أن الفلافونويدات المستخلصة من نبات جهة أخرى تم تثبيط نشاط إنزيم السليلاز من طرف الفلافونويدات المستخلصة من جميع النباتات. Directeur de thèse : KAID-HARCHE Meriem

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4631	02-34-78	Version numérique et papier	Bibliothèque USTOMB	Thèse de Doctorat	Exclu du prêt

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Recherche d’activité biologique de molécules végétales pour la lutte contre Fusarium oxysporum f. sp. albedinis Adobe Acrobat PDF

Valorisation du Figuier de Barbarie (Opuntia ficus-indica L.) : Isolement et Identification Moléculaire des Bactéries Endophytes à caractère PGPR et Caractérisation des Polysaccharides Pariétaux des Raquettes. / DRAOU Nassima 

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